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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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16576#
发表于 Post on 2022-10-1 10:15:15 | 只看该作者 Only view this author

请教知识,ZrO-分子筛体系的HOMO-LOMO轨道各两条,原因是?


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16577#
发表于 Post on 2022-10-1 10:54:44 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-1 10:04
各位老师我想问一下我之前在计算的时候碰到了计算内存不够然后我给他加上自定义内存之后他就算不了,他就报 ...

http://sobereva.com/439
"32bit版Gaussian在运行时对资源限制极大,并行核数最多只能设为4,而且内存最多只能分配1500MB左右"

换Linux版

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所念皆星河

16578#
发表于 Post on 2022-10-1 11:03:51 | 只看该作者 Only view this author
非限制性开壳层方法算的啊。
见此贴(http://bbs.keinsci.com/thread-9402-1-1.html)2L卢老师的slide
心之所向,日复一日,必有精进

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-1 11:38:33 | 只看该作者 Only view this author

只有LUMO,没有LOMO
非限制性计算alpha和beta分别求解,对两种自旋有各自的HOMO和LUMO
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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16580#
发表于 Post on 2022-10-1 13:23:05 | 只看该作者 Only view this author

关于泛函的选择

师好,文章审稿意见中,我原本用泛函是B3LYP/TZVP计算的,审稿人提出考虑长程校正,我就选择CAM-B3LYP/TZVP进行测试,结果计算的吸收波长和实验值对不上,我该怎么解决,

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16581#
发表于 Post on 2022-10-1 14:27:52 | 只看该作者 Only view this author
麻烦问一下,关于社长讲过的“自旋多重度=“alpha电子数-beta电子数+1”的问题。
请问如何普适性的判断alpha电子数和beta电子数?尤其是对于化学直觉太好的人来说~
ps:用Multiwfn计算吗?目前我可以用ocra算单点能和优化结构~

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16582#
发表于 Post on 2022-10-1 15:43:59 | 只看该作者 Only view this author
CAM-B3LYP倾向于高估局域激发的激发能(尽管高估得不如B3LYP对电荷转移激发态低估得多)。
可以考虑用双杂化泛函。另外检查一下计算的时候有没有正确地考虑溶剂效应
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-1 15:46:11 | 只看该作者 Only view this author
zqq19930303 发表于 2022-10-1 13:23
师好,文章审稿意见中,我原本用泛函是B3LYP/TZVP计算的,审稿人提出考虑长程校正,我就选择CAM-B3LYP/TZVP ...

不说清楚体系、电子激发特征,根本没法推荐
本来你的情况都未必适用长程校正的泛函,不适用的情况直接就应该怼回去,推荐更无从谈起
而且别以为误差全都是泛函的锅
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-1 15:48:00 | 只看该作者 Only view this author
ezez 发表于 2022-10-1 14:27
麻烦问一下,关于社长讲过的“自旋多重度=“alpha电子数-beta电子数+1”的问题。
请问如何普适性的判断alp ...

几句话说不清楚
公社论坛首页google框搜诸如: 自旋多重度 判断。 过往的大量讨论都可以作为例子。
跟Multiwfn没直接关系
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发表于 Post on 2022-10-1 17:42:08 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-10-1 10:54
http://sobereva.com/439
"32bit版Gaussian在运行时对资源限制极大,并行核数最多只能设为4,而且内存最 ...

老师我想问一下就是我有些反应的反应能已经用当下的32bit的gaussian算出来了,如果我现在换乘64bit但是是同一个版本版本的gaussian对我的计算结果会有影响吗?还是说之前算的反应的反应能要重算,因为我是想用gaussian算几个反应的反应能进行比较,所以问一下是只要gaussian的版本一样不管是32bit还是64bit计算的结果都是可以进行比较的吗?因为之前好像看到过说不通版本的gaussian计算同一个反应的反应能他算出来的数值会有偏差,所以问一下32bit,和64bit这种改变会有影响吗?

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发表于 Post on 2022-10-1 19:06:49 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,关于HOMO-LUMO gap的计算,在论坛以及视频自学的过程中部分内容产生了混淆和冲突,希望老师能够指点迷津:

1. 请问老师计算HOMO-LUMO gap的流程,是先用opt-freq优化结构之后,再来计算energy吗?但是在此贴中看到您回复(http://bbs.keinsci.com/thread-3053-1-1.html):优化好直接读gap即可,这个是可以理解成,无需走opt-freq的过程,在Gview里绘制好分子直接计算energy即可吗?

2. 如果我使用前段的流程,即先opt-freq优化,之后用.out文件得到的优化后结构再计算energy,那么这两个对于同一分子的连续计算步骤可以分别使用不同的泛函吗?

3. 我看到老师您有说,计算HOMO-LUMO最好使用HF成分20%左右的泛函比较好,但是如果我算大共轭的有机体系,是不是就只能够使用cam-b3lyp或者M06-2X这样的HF成分较高的泛函了呢?

谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-1 19:47:32 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-1 12:06
老师您好,关于HOMO-LUMO gap的计算,在论坛以及视频自学的过程中部分内容产生了混淆和冲突,希望老师能够 ...

1. "优化好直接读gap即可",此处的”优化“显然指优化结构。光画一个分子不叫优化,opt收敛、freq没有额外的虚频才叫”优化好了“。
2. 可以,但是必须有正当理由,也就是如果审稿人问的话,你必须能从理论上解释(1)为什么opt freq必须用A泛函而不能用B泛函;(2)为什么energy必须用B泛函而不能用A泛函。
3. 建议考虑一下你想要HOMO-LUMO gap做什么用,能否改用更加严格、物理意义更加明确的量,比如电离能与电子亲和能之差,又比如第一激发能。如果能的话,就不要算HOMO-LUMO gap,这样就绕开了这个不管选什么泛函都不合适的问题。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-10-1 20:59:30 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-1 17:42
老师我想问一下就是我有些反应的反应能已经用当下的32bit的gaussian算出来了,如果我现在换乘64bit但是是 ...

我之前比较过g09和g16的结果,hartree数值小数点后第6位才出现不同,换算到kcal/mol要到小数点后第三位了,这点差别应该不会对计算结果有什么影响。
版本和位数的差异应该会更小

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发表于 Post on 2022-10-1 21:08:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-1 19:47
1. "优化好直接读gap即可",此处的”优化“显然指优化结构。光画一个分子不叫优化,opt收敛、freq没有额 ...

非常感谢您的回答!我感觉疑惑解开了很多。

针对第2条您的回复“要有正当理由”,请问如果我进行如下描述是否合理呢:(1)在优化结构时,我选用b3lyp/6-31G*泛函及基组,原因是b3lyp泛函的HF成分较小(20%),适合得到HOMO-LUMO gap;(2)在计算单点能(例如HOMO-LUMO各位多少eV)时,改用M06-2X泛函,因为计算的分子为大共轭有机分子,因此用M06-2X计算单点能更为合理。

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发表于 Post on 2022-10-1 21:31:35 | 只看该作者 Only view this author

高斯优化出错

老师好, 我在优化一个小分子体系的T2态时出现这样的错误,是什么原因导致的?下面是我的输入和输出文件


202210012130242420..png (100.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202210012130242420..png

202210012129494299..png (165.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

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