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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-1 22:05:14 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-1 14:08
非常感谢您的回答!我感觉疑惑解开了很多。

针对第2条您的回复“要有正当理由”,请问如果我进行如下 ...

这个理由不成立,因为大共轭有机分子不仅单点能需要HF成分大,结构优化也需要HF成分大。比如sob老师那个18碳环的例子,讲的就是B3LYP算18碳环的结构不可靠,而不是能量不可靠。而HOMO-LUMO gap也并不是一定要在结构优化的理论级别下计算得到,也可以从单点能的理论级别下计算得到,在结构优化的理论级别下计算HOMO-LUMO gap只是因为更方便一点(少做一次单点能计算),而不是因为必须这样算。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-10-1 22:06:32 | 只看该作者 Only view this author
自己在http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html里搜报错信息
以后遇到高斯报错问题,都先在这个帖子里搜,搜不到再来问
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-2 04:02:24 | 只看该作者 Only view this author
@zqq19930303  


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-2 04:14:22 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-1 17:42
老师我想问一下就是我有些反应的反应能已经用当下的32bit的gaussian算出来了,如果我现在换乘64bit但是是 ...

不用管32bit和64bit版本的差异,只看Gaussian的大版本和修订版
参看下文
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-2 04:17:24 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-10-1 20:59
我之前比较过g09和g16的结果,hartree数值小数点后第6位才出现不同,换算到kcal/mol要到小数点后第三位了 ...

g09和g16对比时,g16应当带g09default关键词保持结果和g09一致

一般情况虽然没什么明显差异,但对于个别情况差异可能很大
比如带大量弥散函数(如LPol-ds基组)算超极化率时,g09和g16默认的CPHF格点的差异可能令结果有不小的差别
以及M06-2X优化弱相互作用复合物,可能g09默认的int=fine极难收敛,或者收敛后出现虚频。g16默认int=ultrafine使得这个概率大为降低了(但仍然有时存在,甚至不得不用int=superfine)
g09和g16在溶剂模型的实现上差异也不小,个别情况可能有明显分歧
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-2 04:19:42 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-1 19:06
老师您好,关于HOMO-LUMO gap的计算,在论坛以及视频自学的过程中部分内容产生了混淆和冲突,希望老师能够 ...

2 量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
http://sobereva.com/415http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-2 04:21:40 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-1 21:08
非常感谢您的回答!我感觉疑惑解开了很多。

针对第2条您的回复“要有正当理由”,请问如果我进行如下 ...

对大共轭体系,B3LYP优化也是不妥的,看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

哪怕不是大共轭的有机分子,如今做研究时,单点计算也应该用至少不比M06-2X差的泛函(而B3LYP就差远了),看
坚持使用B3LYP算有机体系能量的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html
不是因为是大共轭才用
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发表于 Post on 2022-10-2 09:35:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-2 04:17
g09和g16对比时,g16应当带g09default关键词保持结果和g09一致

一般情况虽然没什么明显差异,但对于个 ...

多谢社长,学习了

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发表于 Post on 2022-10-2 23:09:13 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我有这样一个疑问,比如
(1)化合物A在20%乙醇水溶液中,用杂化溶剂模型,在化合物A外放2个水与8个乙醇,同时查表设置介电常数,计算它与乙醇和水的结合能;
(2)化合物A在50%乙醇水溶液中,用杂化溶剂模型,在化合物A外放5个水与5个乙醇,同时查表设置介电常数,计算它与乙醇和水的结合能;
请问老师,如果在相同计算级别下,这两种情况下算出的结合能有比较意义吗?就类似于说情况1中的结合能比情况2高。

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-10-2 23:15:40 | 只看该作者 Only view this author
qq286792125 发表于 2022-10-2 23:09
sob老师好,我有这样一个疑问,比如
(1)化合物A在20%乙醇水溶液中,用杂化溶剂模型,在化合物A外放2个水 ...

这种情况比较复杂,可能A会倾向于与其中一种溶剂分子结合,因此第一溶剂化壳层的水与乙醇的比例不一定与溶剂整体的比例相符,典型例子是过渡金属离子。建议查一下文献,或者跑个MD。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-10-3 14:49:14 | 只看该作者 Only view this author

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]: .... aborting the run

问问各位大佬ORCA运行出现这个问题,该怎么解决?
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

SBIST~AP2]X8R7RJHYR(I@T.png (43.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

ORCA出错

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-3 14:56:17 | 只看该作者 Only view this author
dengyh 发表于 2022-10-3 14:49
问问各位大佬ORCA运行出现这个问题,该怎么解决?
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... abort ...

MSMPI没装好
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发表于 Post on 2022-10-3 14:58:29 | 只看该作者 Only view this author

奥,老师,是没安装成功还是路径不对

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发表于 Post on 2022-10-3 15:26:50 | 只看该作者 Only view this author
dengyh 发表于 2022-10-3 07:58
奥,老师,是没安装成功还是路径不对

都有可能
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发表于 Post on 2022-10-3 17:06:45 | 只看该作者 Only view this author

输出文件不收敛报错如何纠正?

想请教一下各位 有类似体系不收敛报错的吗?请问可以优先尝试帖子中哪种方法一试?http://sobereva.com/61
之前有试过类似报错解决 但未成功 故想请教一下

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