计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

1万

帖子

0

威望

9883

eV
积分
22127

Level 6 (一方通行)

16786#
发表于 Post on 2022-10-17 15:13:00 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-17 03:46
老师,再打扰您一下。1)怎么说一定会有反应物或者产物复合物的存在呢?只要双分子里有一方是中心分子就 ...

(1)因为分子之间的作用能除了静电作用、极化作用(又称诱导作用)和色散作用是随分子间距离多项式衰减的以外,其他作用都是指数衰减的,所以当分子间距离足够远时,只有静电作用、极化作用和色散作用决定分子间是否可以形成复合物。其中极化作用和色散作用都是吸引的。而当分子是中性时,静电作用至少不是排斥的,原因是:(a)当分子里的所有原子都是中性的时候,静电作用为0;(b)当分子里有的原子带正电,有的原子带负电的时候,分子总可以把和另一个分子异号的电荷朝着对方,来让净作用是吸引的。所以结论就是,当分子间距离足够远时,中性分子和其他的分子之间必然是相互吸引的,因而必然可以形成复合物。当然有的复合物的结合能极其弱,乃至于考虑零点能、熵效应以后并不存在,但是不妨碍你优化出这个复合物。
(2)如果搜索反应复合物的话,这属于团簇,只要是若干分子形成的非共价络合物都是团簇,这个定义和这个络合物会不会发生反应无关。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16787#
发表于 Post on 2022-10-17 16:16:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-17 15:13
(1)因为分子之间的作用能除了静电作用、极化作用(又称诱导作用)和色散作用是随分子间距离多项式衰减 ...

谢谢老师,我试一试构型搜索的方法。老师再请教一下:对于这种双分子反应,感觉过渡态初猜结构会相对好构建一些,如果先构建过渡态,再跑IRC,查看两端结构,是不是也是一种找反应物/产物复合物的一种方法呢?

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16788#
发表于 Post on 2022-10-17 16:38:11 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,如果非要使用QC,根据 “如果必须借助此方法SCF才能收敛的话,非常有可能最终并没有收敛到最稳定的波函数,导致得到的能量高于此结构下当前级别的基态的真实值,因此结果无意义。用QC时建议同时加上stable关键词检测一下所得波函数稳定性 ” 除了加上SCF=QC,再加上stable=opt是不是就可以保证波函数稳定了呢?

1万

帖子

0

威望

9883

eV
积分
22127

Level 6 (一方通行)

16789#
发表于 Post on 2022-10-17 16:51:05 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-17 09:16
谢谢老师,我试一试构型搜索的方法。老师再请教一下:对于这种双分子反应,感觉过渡态初猜结构会相对好构 ...

是的,但是只能找到和这个过渡态直接相连的RC、PC结构,不能保证找到最稳定的RC、PC结构。而无论是能垒还是反应能,都应该用最稳定结构来算,对于高精度计算甚至应该把最低的若干构象做Boltzmann平均。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9883

eV
积分
22127

Level 6 (一方通行)

16790#
发表于 Post on 2022-10-17 16:53:44 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-17 09:38
请教各位老师,如果非要使用QC,根据 “如果必须借助此方法SCF才能收敛的话,非常有可能最终并没有收敛到最 ...

是的,只要做stable=opt且最终提示波函数稳定,就可以保证得到稳定的波函数,这个和一开始波函数是用什么方法收敛的无关。
另外注意,scf=qc只是增加了波函数不稳定的概率,不用scf=qc得到不稳定波函数的概率不是0,用scf=qc得到不稳定波函数的概率也不是100%。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

63

帖子

0

威望

867

eV
积分
930

Level 4 (黑子)

16791#
发表于 Post on 2022-10-17 20:34:50 | 只看该作者 Only view this author
老师,对于算超级化率这种需要多次SCF迭代的计算,用guess=read关键词有助于收敛吗?读取的chk文件是不加弥散情况下的超级化率计算结果。是只影响到第一次还是每次都影响?

1万

帖子

0

威望

9883

eV
积分
22127

Level 6 (一方通行)

16792#
发表于 Post on 2022-10-17 21:02:12 | 只看该作者 Only view this author
星纹c 发表于 2022-10-17 13:34
老师,对于算超级化率这种需要多次SCF迭代的计算,用guess=read关键词有助于收敛吗?读取的chk文件是不加弥 ...

那叫超极化率,不叫超级化率
只有数值超极化率需要多次SCF计算,解析超极化率只需要做一次SCF,然后是CPHF迭代,guess=read不能加速CPHF迭代。一般来说,当初猜波函数和当前计算只是弥散函数的有无的差别时,guess=read有助于SCF收敛。我估计只影响第一次SCF
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

63

帖子

0

威望

867

eV
积分
930

Level 4 (黑子)

16793#
发表于 Post on 2022-10-17 22:48:30 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-17 21:02
那叫超极化率,不叫超级化率
只有数值超极化率需要多次SCF计算,解析超极化率只需要做一次SCF,然后是CP ...

谢谢老师。
又打错了,下次注意

35

帖子

0

威望

217

eV
积分
252

Level 3 能力者

16794#
发表于 Post on 2022-10-18 10:11:17 | 只看该作者 Only view this author
请教sob老师,我在论坛上看到了关于双自由基计算的文章,题目是:CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算。 在这里面提到了使用高斯对双自由基进行CASSCF计算时要先用#P UHF/6-31G* guess=mix计算来得到对称破缺波函数, 再用#P HF/6-31G* guess=(naturalorbitals,read,save,only) 得到UNO轨道信息,最后在用#P CAS(2,2)/6-31G* guess=read 计算。目前我比较疑惑的是,如果我使用molpro用CASSCF对一个双自由基进行结构优化,需不需要像高斯一样考虑对称破缺呢?

31

帖子

0

威望

230

eV
积分
261

Level 3 能力者

16795#
发表于 Post on 2022-10-18 11:18:54 | 只看该作者 Only view this author
想请问下各位老师,如果我要比较几个非平面聚合物的共轭程度(例如聚苯胺,聚吡咯,聚氢醌等)可以用什么描述符来比较呢?因为我看好多描述符如用multiwfn直接算的Π电子密度分布都是考察的某一个点的数值,但是我想比较不同聚合物整体的一个共轭程度,所以想请问老师们有什么描述符可以用来比较的嘛?

175

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1232

Level 4 (黑子)

16796#
发表于 Post on 2022-10-18 13:34:38 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,请教一个修稿回复的问题!审稿人问我,单原子金属锚定后为何两个表面氧原子,一个电荷增加了,一个电荷减少了,这种应该怎么解释呢?

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

16797#
发表于 Post on 2022-10-18 13:52:53 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,如何计算液态水的定压热容呀?用高斯软件可以算吗?单个水分子优化频率计算和实验值对不上。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

16798#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 16:21:39 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2022-10-18 13:52
sob老师您好,如何计算液态水的定压热容呀?用高斯软件可以算吗?单个水分子优化频率计算和实验值对不上。

这是GROMACS干的事。北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里专门讲怎么算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

16799#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 16:22:06 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2022-10-18 13:34
老师们好,请教一个修稿回复的问题!审稿人问我,单原子金属锚定后为何两个表面氧原子,一个电荷增加了,一 ...

发个图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

16800#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 16:40:04 | 只看该作者 Only view this author
white-album 发表于 2022-10-18 11:18
想请问下各位老师,如果我要比较几个非平面聚合物的共轭程度(例如聚苯胺,聚吡咯,聚氢醌等)可以用什么描 ...

对于共轭程度和几何平面性直接相关的情况,按下文的方法表征几何平面性
使用Multiwfn定量化和图形化考察分子的平面性(planarity)
http://sobereva.com/618http://bbs.keinsci.com/thread-25272-1-1.html

图形化直接从电子结构层面展现共轭程度看
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 15:34 , Processed in 0.216900 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list