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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-14 16:43:50 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-14 15:24
有关系,如果是4-3-2-1,那么4-3-2是一个平面,3-2-1是另一个平面,3-2是两平面交线,想象两个平面相交张 ...

好的,多谢老师解释

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发表于 Post on 2022-10-14 16:47:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-10-14 16:49 编辑

请教各位老师,文献里提到 “ 对于环丙烷与氧原子的反应,有两个可以分别视为对应于3A''和3A’态的势能面 ”。请问这个3A''和3A态是什么意思呢?

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发表于 Post on 2022-10-14 17:04:33 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-14 09:47
请教各位老师,文献里提到 “ 对于环丙烷与氧原子的反应,有两个可以分别视为对应于3A''和3A’态的势能面  ...

不可约表示。注意不能漏掉撇号,A、A'、A''是截然不同的意思
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-10-14 17:12:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-14 17:04
不可约表示。注意不能漏掉撇号,A、A'、A''是截然不同的意思

老师,这个不可约表示不是指轨道的吗?文献是什么意思呢,是说过渡态结构有两个构象吗?

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发表于 Post on 2022-10-14 17:23:46 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-14 10:12
老师,这个不可约表示不是指轨道的吗?文献是什么意思呢,是说过渡态结构有两个构象吗?

仔细把http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=%C8%BA%C2%DB这本书看了。这是最基础的群论知识,不能不懂
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-10-14 17:25:20 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,扫描环丁烷开环形成的双自由基四个C原子形成的二面角4 3 2 1 ,本来是想看看这个二面角的改变会不会得到更稳定的双自由基,但是为什么扫描曲线会出现双自由基-环丁烷-两个乙烯的变化呢?

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发表于 Post on 2022-10-14 19:08:18 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-14 17:25
请教各位老师,扫描环丁烷开环形成的双自由基四个C原子形成的二面角4 3 2 1 ,本来是想看看这个二面角的改变 ...

完全有可能,柔性扫描有时会有意想不到的结果。而且加上二面角4-3-2-1=X这个限定条件,在某种情况下两个乙烯应该就是能量最低的结构,建议限定二面角的扫描范围,或者再扫描其他的变量看看。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-10-14 19:31:14 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-14 19:08
完全有可能,柔性扫描有时会有意想不到的结果。而且加上二面角4-3-2-1=X这个限定条件,在某种情况下两个 ...

谢谢老师,我看第三个点就已经变成环丁烷。那我从初始结构,限定在10°的扫描范围看看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 20:03:01 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-14 16:47
请教各位老师,文献里提到 “ 对于环丙烷与氧原子的反应,有两个可以分别视为对应于3A''和3A’态的势能面  ...

电子态的符号
左上角是自旋多重度,A'和A''学点群论的知识就会懂,是电子态的不可约表示,可以看Cotton的《群论在化学中的应用》
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2022-10-14 20:53:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-14 20:03
电子态的符号
左上角是自旋多重度,A'和A''学点群论的知识就会懂,是电子态的不可约表示,可以看Cotton ...

谢谢老师回复,我下来自己查漏补缺,能请您解释一下:文献里不是正在说环丙烷与O原子进行H提取反应的过渡态吗,为什么会提到3A'和3A''的电子态呢?两个电子态对应的过渡态结构还有一点差异?烦请老师解释一些,谢谢

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发表于 Post on 2022-10-14 21:02:41 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,看了一篇介绍环丙烷与自由基发生双分子H提取/加成反应的文献,RC是反应络合物、PC是产物络合物。有些问题想请教:①为什么有些反应有PC的形成而有些则没有?例如环丙烷与CH3的反应没有PC-abs形成?②RC如何构建呢,比如发生反应的俩分子的位置、距离等怎么设置呢?单纯把反应的两个分子放在一起吗,有什么需要注意的吗(加成/H提取我看作者提供的坐标是“加成从侧面进攻,H提取从上方”)③在这样一个从双分子反应物——到最终H提取的双分子产物过程,例如cC3H6 + CH3 = cC3H5 + CH4总包反应的速率常数如何计算呢?谢谢各位老师

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发表于 Post on 2022-10-14 23:17:48 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-14 13:53
谢谢老师回复,我下来自己查漏补缺,能请您解释一下:文献里不是正在说环丙烷与O原子进行H提取反应的过渡 ...

简单来说,3A'和3A''一个是基态,一个是激发态(很可能是第一激发态)。剩下的你学了群论就懂了
此外,虽然我没看文献全文,但是感觉这里的3应该是上角标才对,像现在这种写法指的是能量第3低的A'态、能量第3低的A''态,那就是两者都是激发态,但这种激发态是没办法用MP2算的。如果写成上角标,表示的是三重态,这个估计比较符合作者的本意
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-10-14 23:43:58 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-14 14:02
请教各位老师,看了一篇介绍环丙烷与自由基发生双分子H提取/加成反应的文献,RC是反应络合物、PC是产物络合 ...

(1)两个可能:产物一经生成自动解离到无穷远,因此没有复合物;或者作者知道即使算出来了PC也不改变结论,所以懒得算。但是对于两个产物至少有一个是中性的情况,可以证明必然有PC存在,除非计算没有考虑色散。这种情况下要么就是作者懒得算,要么就是作者忘了加色散校正,后者情况下作者理应重算。
(2)通过构型搜索确定,参见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html。当然对于很小的体系,即使不做构型搜索也能手动穷尽RC所有的摆放方式,但是总归不如构型搜索靠谱,因为审稿人不知道你手动摆的时候试的构型数够不够。
(3)用http://sobereva.com/506的方法计算。不过如果对精度要求高,建议考虑隧穿的贡献
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发表于 Post on 2022-10-15 18:13:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-14 13:48
如果是指看轨道图形,看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269(http://bbs.keinsci.com/ ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-15 18:19:28 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下Gaussian里面的energy计算参数算出来的能量和opt+freq里面显示的能量有什么区别吗?我发现好像opt+freq算出来的结果summary里面的能量显示的数值和energy里面summary显示的能量是一样的

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