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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-15 18:25:39 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-15 18:19
各位老师我想问一下Gaussian里面的energy计算参数算出来的能量和opt+freq里面显示的能量有什么区别吗?我发 ...

你用同一结构同一级别算出来的单点能当然一样,不过freq会另外给出熵、焓、自由能。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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发表于 Post on 2022-10-15 21:35:36 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-15 18:25
你用同一结构同一级别算出来的单点能当然一样,不过freq会另外给出熵、焓、自由能。

好的,老师那其实freq计算其实就是包含更多信息的energy是吗?

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发表于 Post on 2022-10-15 21:38:52 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下用Gaussian计算有没有办法判断出类似于下面图片各个轨道成键的相关信息呢?

202210152137556830..png (36.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202210152137556830..png

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发表于 Post on 2022-10-15 21:58:10 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-15 21:35
好的,老师那其实freq计算其实就是包含更多信息的energy是吗?

振动分析,计算分子的简正振动频率和红外光谱,热力学量是附带功能。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-10-15 22:01:05 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-15 14:38
各位老师我想问一下用Gaussian计算有没有办法判断出类似于下面图片各个轨道成键的相关信息呢?

提问格式不符合论坛规定,按http://sobereva.com/620的要求修改帖子,直到你的问题明确、毫无歧义为止
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-16 04:17:26 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-15 21:38
各位老师我想问一下用Gaussian计算有没有办法判断出类似于下面图片各个轨道成键的相关信息呢?

Gaussian算双原子体系,自动就会对轨道指认这些符号
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-16 04:19:56 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-15 21:35
好的,老师那其实freq计算其实就是包含更多信息的energy是吗?

算电子能量只不过是freq任务中的第一个过程而已,freq任务自动先算电子能量不是为了得到电子能量本身,而是为了得到波函数,从而之后能进一步算能量的导数,再进而得到振动频率、热力学校正量等信息。
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发表于 Post on 2022-10-16 09:47:08 | 只看该作者 Only view this author
社长在《通过柔性力常数考察键的强度》http://sobereva.com/364里在演示第三个例子的时候说:中间那个氢键在伸缩时会连带着旁边两个氢键一起伸缩(因为允许其它坐标的弛豫),确实我们从C矩阵的第一列非对角元上也可以看到它与另外两个氢键在运动上的耦合很大,因此它运动起来费劲,体现为柔性力常数比较大。而两边的氢键,播放动画时会看到它的伸缩也会明显牵动中间氢键发生伸缩,但另一头的氢键不怎么动,因此运动所受阻碍相对较小,体现出的柔性力常数就没那么大了。这里可见,虽然柔性力常数总是有物理意义的,但也并不是说什么时候都能和键的强度对应起来
我的疑问是,既然“它运动起来费劲”,是否可以理解为它在受力的时候更难断开呢?如果是这样,不就能说从柔性力常数的角度这个键是更“强”的吗,为何最后又说这种时候不能和键的强度对应起来呢?


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发表于 Post on 2022-10-16 16:52:34 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2022-10-16 02:47
社长在《通过柔性力常数考察键的强度》http://sobereva.com/364里在演示第三个例子的时候说:中间那个氢键 ...

柔性力常数是和势能面在平衡位置处的二阶导有关的,所以衡量的是在平衡位置附近、运动幅度小的时候运动是否费劲,不能衡量像断键这么大幅度的运动是否费劲。
这就好比掰饼干比拉橡皮筋费劲,但是把饼干掰开需要的力小于把橡皮筋拉断需要的力。

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-10-16 19:15:03 | 只看该作者 Only view this author

求助,碘负离子和甲苯结构优化时结构变化过大出错频繁

很苦恼,试了很多次了,求教。碘负离子和甲苯结构优化时结构变化过大出错频繁:
Switching to full accuracy and repeating last cycle.
Spurious integrated density or basis function:
NE=  104 NElCor=    0 El error=5.68D-01 rel=5.52D-03 Tolerance=1.00D-03
Shell    11     absolute error=9.70D-06              Tolerance=1.20D-02
Shell    11       signed error=9.70D-06              Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /opt/pub/softwares/Gaussian/16.A03/g16/l502.exe at Sun Oct 16 16:01:05 2022.
Job cpu time:       0 days  2 hours 57 minutes  8.5 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  6 minutes 32.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     16 Int=      0 D2E=      0 Chk=      4 Scr=      1

结构变得混乱:




输入文件如下:# opt freq b3lyp/gen

# opt freq b3lyp/gen

Title Card Required

-1 1
C      0.00000000    0.00000000    0.00000000
C      0.00000000    0.00000000    1.41160500
C      1.22005081    0.00000000    2.08289188
C      2.41365632    0.01129021    1.40268863
C      2.44160276    0.01494393   -0.00260569
C      1.22481661    0.00730828   -0.70162503
H     -0.92748107   -0.00387923   -0.53789737
H     -0.92168447   -0.00227995    1.95832661
H      1.36386882    0.00964117    3.10297969
H      1.22552543    0.00948930   -1.77382206
C      3.65924465    0.02903891    2.30254609
H      4.25603551   -0.84584124    2.12445182
H      4.24579239    0.90619133    2.10171523
H      3.32100834    0.02895071    3.33460308
H      3.37465062    0.02508721   -0.53069844
I      1.78828147   -0.38680881    5.98110137

C H  0
6-31G*
****
I  0
def2sv
****


初始结构如下:



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发表于 Post on 2022-10-16 19:20:13 | 只看该作者 Only view this author
建议:给碘加弥散,给方法加D3BJ校正

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-16 19:23:27 | 只看该作者 Only view this author
loovfnd 发表于 2022-10-16 19:15
很苦恼,试了很多次了,求教。碘负离子和甲苯结构优化时结构变化过大出错频繁:
Switching to full accura ...

没给碘定义赝势。仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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发表于 Post on 2022-10-16 19:56:08 | 只看该作者 Only view this author

G09W C版本运行时 出错

Tina,您好。大家好
最近我在使用G09W C版本输出的.out文件里出现了
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
NTrRot=    。。 NTRed=       NAtoms=    。。 NSkip=   。。。 IsLin=。
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in F:\G09W\l103.exe at .。。。。。
并且伴有severe error message #2070
The processing of the last link ended abnormally.All processing has been aborted.文本框出现
原先的gif文件代码里是
%mem=1000MB
%nprocshared=4
# opt=modredundant freq b3lyp/6-31++g(d,p) geom=connectivity iop(6/45=8000) scf=direct
volume
由于我不太了解代码,所以想让您指导一下具体解决的步骤

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发表于 Post on 2022-10-16 20:04:30 | 只看该作者 Only view this author
BellaLiu 发表于 2022-10-16 12:56
Tina,您好。大家好
最近我在使用G09W C版本输出的.out文件里出现了
GradGradGradGradGradGradGradGradGra ...

http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html里搜索你的报错信息,按对应的方法解决
以后遇到高斯报错都先在这个帖子里搜,搜不到再来问
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-10-17 10:46:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-14 23:43
(1)两个可能:产物一经生成自动解离到无穷远,因此没有复合物;或者作者知道即使算出来了PC也不改变结 ...

老师,再打扰您一下。1)怎么说一定会有反应物或者产物复合物的存在呢?只要双分子里有一方是中心分子就会有复合物吗,为什么呢?2)对于构型搜索,我没有分子动力学程序的使用经历,像文献这种自由基+中心分子双分子反应的例子,这不属于团簇吧老师,使用molclus自带的genmer来搜索构型可以吗?

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