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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-7-12 07:45:51 | 只看该作者 Only view this author
过渡态寻找,已经加了关键词cartesian,但是出现如下错误
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Bend failed for angle     1 -     2 -    15
Tors failed for dihedral     6 -     1 -     2 -    15
Tors failed for dihedral     1 -     2 -    15 -    16
Tors failed for dihedral     1 -     2 -    15 -    36
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /home/g09/g09/l103.exe at Mon Jul 11 13:25:58 2016.
请问老师这个是什么原因呢,该添加什么关键词吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-12 07:54:09 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-12 07:45
过渡态寻找,已经加了关键词cartesian,但是出现如下错误
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad ...

肯定没加合适,或者和gdiis联用了(此时无效)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2016-7-12 10:27:26 | 只看该作者 Only view this author

不同温度下高斯计算生成产物的会不会有什么不同

老师您好:
   我现在做解吸附计算,将HgS(为例)吸附于碳基后解吸附,请问这是在Ts还是结构优化opt下计算?不同温度下,高斯计算的解吸附产物会不会有什么不同?我是初学者,如果老师们感觉问题太Low,望请海涵。

jxf.jpg (249.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

jxf.jpg

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发表于 Post on 2016-7-12 11:26:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-12 07:54
肯定没加合适,或者和gdiis联用了(此时无效)

谢谢sob老师,连用了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-12 12:37:57 | 只看该作者 Only view this author
升腾 发表于 2016-7-12 10:27
老师您好:
   我现在做解吸附计算,将HgS(为例)吸附于碳基后解吸附,请问这是在Ts还是结构优化opt下计 ...


你没描述清楚,算什么看你具体研究什么,产物结构、过渡态结构、势垒还是什么东西
温度设定不会影响势能面,所以不会影响优化出来的结构。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-7-12 15:06:07 | 只看该作者 Only view this author
IRC曲线呈W型是为什么呢?找到最小点不是就停了吗?

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发表于 Post on 2016-7-12 15:39:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-12 06:42
截断的CI都不具有大小一致性,ZINDO也是一样(本质上就是半经验轨道上做CIS)

那为什么文献里说是size-consistent的呢?J.phys.chem 1992, 96(1):135--149
CI singles is also a size-consistent method. This last point is well established, since it is a property exploited by the various CEPA methods widely used to approximate ground-state correlationenergies.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-12 17:03:44 | 只看该作者 Only view this author
superrice 发表于 2016-7-12 15:39
那为什么文献里说是size-consistent的呢?J.phys.chem 1992, 96(1):135--149
CI singles is also a size ...

记错了,是尺寸一致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-12 17:07:04 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-12 15:06
IRC曲线呈W型是为什么呢?找到最小点不是就停了吗?


极少有这种情况出现,可能程序判断到达极小点的方式有不科学的地方
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sobereva 发表于 2016-7-12 17:07
极少有这种情况出现,可能程序判断到达极小点的方式有不科学的地方

那老师对于这种情况,我该如何应对呢?

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发表于 Post on 2016-7-12 18:38:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-12 12:37
你没描述清楚,算什么看你具体研究什么,产物结构、过渡态结构、势垒还是什么东西
温度设定不会影响势 ...

嗯嗯,明白了,O(∩_∩)O谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-12 19:52:39 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-12 17:12
那老师对于这种情况,我该如何应对呢?


对IRC上离极小点最近的点优化,看看是否结果确实和W的两个谷底结构基本一样,若是这样就甭管W两边部分了
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发表于 Post on 2016-7-12 20:27:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-12 19:52
对IRC上离极小点最近的点优化,看看是否结果确实和W的两个谷底结构基本一样,若是这样就甭管W两边部分 ...

好的,多谢老师

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发表于 Post on 2016-7-12 20:44:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-12 17:03
记错了,是尺寸一致

那是不是截断的CI,只有CIS才是大小一致?

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发表于 Post on 2016-7-12 22:36:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-7-12 22:38 编辑

centos 7.0安装ifort编译器,前面一切顺利,到了最后一步无法选择,然后回车了,然后which ifort 提示找不到ifort     最后一步的截图如下所示

QQ截图20160712223321.jpg (80.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

第六部安装

第六部安装

QQ截图20160712223434.jpg (14.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

提示

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