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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-6 03:40:47 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-5 17:47
问题是几重态是根据自旋多重度确定的,自旋多重度怎么确定又是根据Na(alpha)和Nb(beta)确定的。我想 ...


实际中根本没必要先去获得Na、Nb。
非要知道这玩意,你先搞清楚要算几重态(决定了alpha和beta电子数之差),再根据化学组成,一算就知道了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2016-7-6 08:28:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-6 03:37
这种非主流基组甭用,没任何好处

可是近几年的文献用的这个基组(对于Hg的计算)。好奇心太强,老师还望您不厌其烦,告诉一下

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发表于 Post on 2016-7-6 08:28:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-6 03:38
有机小分子一般就算1、3就够了

恩恩,多谢老师

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发表于 Post on 2016-7-6 08:29:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-6 03:40
实际中根本没必要先去获得Na、Nb。
非要知道这玩意,你先搞清楚要算几重态(决定了alpha和beta电子数 ...

恩恩,那我明白了,多谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-6 08:29:42 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-6 08:28
可是近几年的文献用的这个基组(对于Hg的计算)。好奇心太强,老师还望您不厌其烦,告诉一下


用主流的Lanl2DZ、lanl2TZ、SDD、def2多好,非用那种只有少数人用的非主流的干嘛,到时候审稿人问起还得去解释。
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发表于 Post on 2016-7-6 08:30:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-6 08:29
用主流的Lanl2DZ、lanl2TZ、SDD、def2多好,非用那种只有少数人用的非主流的干嘛,到时候审稿人问起还 ...

恩恩,好的,多谢老师

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发表于 Post on 2016-7-6 09:59:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-6 03:37
那就M06L/TZVP+lanl2TZ(或SDD)优化
高精度单点用那个没问题,双杂化泛函算配合物是没问题的

我明白了,十分感谢!

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发表于 Post on 2016-7-7 11:06:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-7-7 11:08 编辑

IRC寻找失败,TS已经用calcall寻找得到(应该是准确的找到了),但是ts走了三步就停了,想不明白为什么?现将TS和IRC的输入和输出文件附上,麻烦老师指导一下。

C7-N2O-1-OPT-TS-1.gjf

2.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

TS-gjf

C7-N2O-1-OPT-TS-1.log

1.51 MB, 下载次数 Times of downloads: 2

TS-log

C7-N2O-1-OPT-TS-1-IRC.gjf

2.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

IRC-gjf

C7-N2O-1-OPT-TS-1-IRC.log

289.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

IRC-log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-7 11:17:40 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-7 11:06
IRC寻找失败,TS已经用calcall寻找得到(应该是准确的找到了),但是ts走了三步就停了,想不明白为什么?现 ...

你这根本就不是化学反应的过渡态,只是N2微小幅度摇摆,这种情况走IRC也毫无意义,而且本身IRC也就只能走几步,因为极小点和TS离得很近
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发表于 Post on 2016-7-7 11:36:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-7 11:17
你这根本就不是化学反应的过渡态,只是N2微小幅度摇摆,这种情况走IRC也毫无意义,而且本身IRC也就只能走 ...

多谢老师,那虚频数值多大才可以算是过渡态呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-7 14:31:36 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-7 11:36
多谢老师,那虚频数值多大才可以算是过渡态呢?

几百、上千是常见的
几十是极少见的
你的虚频才个位数,明显不是
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发表于 Post on 2016-7-7 14:40:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-7 14:31
几百、上千是常见的
几十是极少见的
你的虚频才个位数,明显不是

哦哦,谢谢老师

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发表于 Post on 2016-7-8 15:25:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我在优化团簇Ti8C12阴性结构时,出现了不收敛情况l508.exe错误,之后我按照您在论坛中给的解决不收敛的方法一一尝试,仍然报同样的错误。输入文件和报错信息如下:
输入文件(在优化好的中性结构基础上把电荷改为-1,自旋态为2):
%nprocshared=30
%mem=8GB
#p opt freq b3lyp/6-311+g(d) geom=connectivity scf=xqc

1

-1 2
Ti                 0.00000000    1.72889800    0.59157200
Ti                 0.00000000    0.00000000    2.95860700
Ti                -2.43934400    1.40835600   -1.01140200
...
...
...
报错信息(最后几行):
...
...
LinEq1:  Iter= 60 NonCon=     1 RMS=2.60D-08 Max=1.02D-06
LinEq1:  Iter= 61 NonCon=     1 RMS=2.40D-08 Max=1.16D-06
LinEq1:  Iter= 62 NonCon=     1 RMS=1.02D-08 Max=5.66D-07
LinEq1:  Iter= 63 NonCon=     0 RMS=4.06D-09 Max=2.20D-07
Linear equations converged to 3.870D-08 3.870D-07 after    63 iterations.
Angle between quadratic step and gradient=  82.86 degrees.
     ILin= 1 X=0.000D+00 Y=-7.253223626193D+03 DE= 0.00D+00
Density matrix breaks symmetry, PCut= 1.16D-01
Rerun with SCF=IntRep.
Error termination via Lnk1e in /home/wang/g09/l508.exe at Fri Jul  8 14:31:27 2016.
Job cpu time:  2 days 10 hours 18 minutes 20.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    497 Int=      0 D2E=      0 Chk=     13 Scr=      1

请问sob老师这种情况该如何对对该隐型结构进行优化呢?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-8 16:40:54 | 只看该作者 Only view this author
linuxprobe 发表于 2016-7-8 15:25
sob老师您好,我在优化团簇Ti8C12阴性结构时,出现了不收敛情况l508.exe错误,之后我按照您在论坛中给的解 ...


甭用xqc
去掉弥散再试。非得用弥散的时候noincfock、novaracc是一定要试的
也可尝试用nosymm,可能初始结构就不合理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-7-9 11:04:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-1 00:26
你用柔性扫描就完了,诸如opt=modredundant,坐标后空一行写
1 12 S 10 36.0
柔性扫描时整个基团都会 ...

sobereva老师您好:    为何CCSDT无法进行柔性扫描呢?
    我的输入和输出文件是:


非常感谢!

c2-chlorotoluene-scan.gjf

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c2-chlorotoluene-scan02.out

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