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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-7-15 21:11:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-15 19:27
这得看具体是什么类型的反应,没法一概而论

好的,谢谢老师啦
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发表于 Post on 2016-7-18 08:47:56 | 只看该作者 Only view this author
对于势能面很平缓的过渡态搜寻好难啊,稍一不留意就走过了找不到想要的过渡态结构,对于这种情况,搜寻过渡态结构应该在关键词和方法上注意那些呢?

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发表于 Post on 2016-7-18 10:22:14 | 只看该作者 Only view this author
pm6经常出现SCF不收敛,好多解决SCF不收敛的方法似乎不太管用,用来xqc可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-20 12:57:13 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-18 10:22
pm6经常出现SCF不收敛,好多解决SCF不收敛的方法似乎不太管用,用来xqc可以吗?

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-20 12:57:38 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-18 08:47
对于势能面很平缓的过渡态搜寻好难啊,稍一不留意就走过了找不到想要的过渡态结构,对于这种情况,搜寻过渡 ...

步长上限设小点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-7-20 16:14:41 | 只看该作者 Only view this author

多谢老师

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发表于 Post on 2016-7-20 17:02:38 | 只看该作者 Only view this author

qchem中使用cdft计算

有感于Sob的帖子《谈谈约束性DFT(CDFT)》http://sobereva.com/271中的最后一个例子想使用qchem计算一把
计算体系:H^+H^-,相距5埃
qchem输入:


$molecule
0 1
H  0.0  0.0  0.0
H  0.0  0.0  5.0
$end

$rem
method b3lyp
basis 6-31G*
SCF_ALGORITHM RCA_DIIS
xc_grid 000075000302
MAX_SCF_CYCLES 100
cdft true
$end

$cdft
2
1 1 1
-1 2 2
$end

计算了N次,总是不能计算成功,谁能够帮忙计算下,或者给点建议?

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发表于 Post on 2016-7-20 21:26:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,notrust什么时候用?calcall和notrust并存吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-21 00:09:54 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-20 21:26
老师,notrust什么时候用?calcall和notrust并存吗?

用maxstep改步长上限时一定要用notrust,否则步长上限之后会自动调整
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-7-21 08:33:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-7-21 08:39 编辑

calcall计算过渡态,发现力收敛线向上走,如图,请问老师这是为什么呢?calcall每一步计算力矩阵,然后走的每一步都是比较精确的,为什么还这样呢?

QQ截图20160721083047.jpg (81.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

QQ截图20160721083047.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-21 10:02:54 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-21 08:33
calcall计算过渡态,发现力收敛线向上走,如图,请问老师这是为什么呢?calcall每一步计算力矩阵,然后走的 ...

再跑到30步看看,毕竟最后又下去了
calcall也没法保证顺利收敛,有时候还是得结合GDIIS、减小步长上限等做法
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发表于 Post on 2016-7-21 11:45:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-21 10:02
再跑到30步看看,毕竟最后又下去了
calcall也没法保证顺利收敛,有时候还是得结合GDIIS、减小步长上限等 ...

好的,多谢老师,已经减少步长了,maxstep=10,notrust。GDIIS这个优化方法的长处或什么时候用,老师给说一下吧,多谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-21 11:55:37 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-21 11:45
好的,多谢老师,已经减少步长了,maxstep=10,notrust。GDIIS这个优化方法的长处或什么时候用,老师给说 ...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

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发表于 Post on 2016-7-21 14:08:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 菩城 于 2016-7-21 14:09 编辑

老师好,我想在单晶硅构型中硅硅之间加入碳,在高斯中优化得到了Si-C的键长,进而计算得到C的坐标,请问怎么设置这种构型的晶胞参数和空间群,以便导入C的坐标?
C:\Users\HE\Desktop\QQ截图20160721140355

QQ截图20160721140355.png (100.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

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发表于 Post on 2016-7-21 15:15:52 | 只看该作者 Only view this author
通过好心人的帮助解决了这个问题
在$rem中加了两行命令:
ithrsh 12
cdft_thresh 4

现将三种方式计算的结果比较下
QChem                 0.4686944064  (此结果莫名其妙)
NWChem            -0.567651263156
Gauss+外电荷     -0.5676521


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