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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-7-21 16:28:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!我最近计算金属合金团簇(PtCu)在可见光下的吸收,并且在团簇上吸附氧气,再做吸收。通过TDDFT计算,发现较强的吸收大部分是由占据轨道到占据轨道的跃迁,而不是占据轨道到空轨道的跃迁,这个是为什么?应该怎么解释?谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-7-21 19:23:01 | 只看该作者 Only view this author
菩城 发表于 2016-7-21 14:08
老师好,我想在单晶硅构型中硅硅之间加入碳,在高斯中优化得到了Si-C的键长,进而计算得到C的坐标,请问怎 ...

问题已解决,多谢老师啦。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-21 19:27:07 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-7-21 16:28
sob老师您好!我最近计算金属合金团簇(PtCu)在可见光下的吸收,并且在团簇上吸附氧气,再做吸收。通过TDD ...

不可能有占据轨道到占据轨道的跃迁,肯定是你读取数据时候弄错了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-21 19:40:45 | 只看该作者 Only view this author
菩城 发表于 2016-7-21 14:08
老师好,我想在单晶硅构型中硅硅之间加入碳,在高斯中优化得到了Si-C的键长,进而计算得到C的坐标,请问怎 ...

可以在论坛的第一性原理版块发帖,晶体方面的问题主要在那里讨论
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发表于 Post on 2016-7-22 14:48:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-21 19:40
可以在论坛的第一性原理版块发帖,晶体方面的问题主要在那里讨论

好的,谢谢老师!
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发表于 Post on 2016-7-24 10:21:30 | 只看该作者 Only view this author

请教

请教大家,高斯优化几何结构的root mean square deviation如何得到?多谢啦!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-24 12:41:39 | 只看该作者 Only view this author
guoguoupc 发表于 2016-7-24 10:21
请教大家,高斯优化几何结构的root mean square deviation如何得到?多谢啦!

这是个相对的量,你得说清楚跟什么相对照来计算RMSD,否则根本没法说。
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发表于 Post on 2016-7-24 16:40:55 | 只看该作者 Only view this author
谢谢Sob老师,是将BHandH泛函优化的结构和B3LYP优化的结构参数进行比较

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发表于 Post on 2016-7-24 16:48:54 | 只看该作者 Only view this author
guoguoupc 发表于 2016-7-24 16:40
谢谢Sob老师,是将BHandH泛函优化的结构和B3LYP优化的结构参数进行比较

比较不同泛函的几何优化结果分别比较各个键长、键角、二面角就行了。

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发表于 Post on 2016-7-25 08:54:12 | 只看该作者 Only view this author
看到文献里面,有用这个参数分析泛函对结构影响的,查了半天搞不懂,就来请教高手们了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-25 11:11:07 | 只看该作者 Only view this author
guoguoupc 发表于 2016-7-25 08:54
看到文献里面,有用这个参数分析泛函对结构影响的,查了半天搞不懂,就来请教高手们了!


你就在两个泛函下分别优化,然后按此文的方式计算笛卡尔坐标的RMSD
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
如果你的目的是获得键长、键角、二面角这些内坐标的RMSD,自己提取数值,按照RMSD的共识一算就完了

PS:BHandHLYP和B3LYP比较并没什么意义,几乎一定不会比后者更好,前者也很不流行。要比较还不如用流行的M06-2X之类比较
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发表于 Post on 2016-7-27 11:15:41 | 只看该作者 Only view this author

公式求解

k=A*exp(G barrier/kT)
有谁知道这个公式是什么意思吗?G代表什么?G/kT里面的k代表什么呀?
急,非常感谢!

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发表于 Post on 2016-7-27 12:02:53 | 只看该作者 Only view this author

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15whyhq 发表于 2016-7-27 11:15
k=A*exp(G barrier/kT)
有谁知道这个公式是什么意思吗?G代表什么?G/kT里面的k代表什么呀?
急,非常感 ...

如果这个指过渡态理论公式,G_barrier指自由能垒。看
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310

如果这个指阿伦尼乌斯公式,G_barrier指的拟合出来的活化能,物化书上都有,此时用G这个符号会导致严重歧义。
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发表于 Post on 2016-7-28 11:07:12 | 只看该作者 Only view this author

矫正因子的使用问题

请问各位前辈,我用turbomole在CCSD(T)/aug-cc-pVTZ基组下得到单点能,要想得到零点振动相关的能量以及吉布斯自由能相关的能量是不是可以加上高斯在b3lyp/aug-cc-pVTZ基组下得到的log文件里的ZPE矫正因子以及吉布斯自由能矫正因子。

管理员注:回复在1832L

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