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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 03:39:50 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-4 18:44
对于我这种没有化学知识的选手,按照2 4 6去试试算能量,找最低,是适用的方法吧?

对于单个结构,你要找能量最低的态,没有经验和理论知识就把可能的自旋多重度都算算,电子数是奇数就算算2,4,6...,电子数是偶数就算1,3,5...
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 03:40:55 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-4 20:29
老师,在计算自旋量子数的时候,Na和Nb怎么计算呢?

就是alpha和beta电子个数,知道体系化学组成以及是几重态就自然而然知道了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 03:46:00 | 只看该作者 Only view this author
zhoufan88 发表于 2016-7-4 16:44
有两个问题,第一个是我在Gaussian09模拟时发现,若在opt+freq计算时加上 SMD溶剂化模型,两次计算结果之间 ...

1 你是指opt freq scrf=SMD的时候,同一个输入文件跑两次结果不同,甚至有时候能正常跑完有时候报错?
应当再仔细确认是否输入文件完全一致。并行下运算有一些随机性也可能导致一点差异,见
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
如果输入文件确实完全相同,想试图查明细节必须仔细对比输出文件里的信息。

2 量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
你这样优化不收敛,还用原先关键词继续算,几乎完全没有可能让结果收敛。你的做法和加大maxcyc没什么两样。
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发表于 Post on 2016-7-5 11:31:43 | 只看该作者 Only view this author
请问高斯输出文件中DFT积分格点的相关部分在哪里,各输出项的含义是什么?
Precomputing XC quadrature grid using
IXCGrd= 2 IRadAn=           0 IRanWt=          -1 IRanGd=           0 AccXCQ= 0.00D+00.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  76.因为看到这个对重原子没剪裁可能和积分格点相关
NRdTot=    3865 NPtTot=      504680 NUsed=      532515 NTot=      532547
NSgBfM=   617   617   617   618   618 NAtAll=    59    59.
NRdTot NptTot NUsed Ntol是否是相关输出?
谢谢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 12:40:55 | 只看该作者 Only view this author
zhanfei 发表于 2016-7-5 11:31
请问高斯输出文件中DFT积分格点的相关部分在哪里,各输出项的含义是什么?
Precomputing XC quadrature g ...

可以到高斯程序员手册里搜搜这些含义
这些肯定直接和积分格点数密切相关
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发表于 Post on 2016-7-5 17:18:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-5 12:40
可以到高斯程序员手册里搜搜这些含义
这些肯定直接和积分格点数密切相关

谢谢sob sennsei
只找到IRadAn是控制格点输入模式的参数,其他手册暂时没介绍.看来没有简明的输出格点信息
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发表于 Post on 2016-7-5 17:41:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-5 03:46
1 你是指opt freq scrf=SMD的时候,同一个输入文件跑两次结果不同,甚至有时候能正常跑完有时候报错?
...

老师,我的第一个问题指的确实是opt freq scrf=SMD时,同一输入文件跑两次结果不同,输入文件确实完全相同,然后输出的热力学量有些许差异,我甚至有的文件运行了4遍,各个之间都不相同。老师,您说的并行是指两个文件同时运行吗,那我是不是应该相信没有并行情况下的结果呀?

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发表于 Post on 2016-7-5 17:47:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-5 03:40
就是alpha和beta电子个数,知道体系化学组成以及是几重态就自然而然知道了

问题是几重态是根据自旋多重度确定的,自旋多重度怎么确定又是根据Na(alpha)和Nb(beta)确定的。我想说为了求出来几重态或者自旋多重度,就必须要知道Na(alpha)和Nb(beta),但是这两个量怎么算出来呢?

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发表于 Post on 2016-7-5 17:48:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-7-5 17:49 编辑
sobereva 发表于 2016-7-5 03:39
对于单个结构,你要找能量最低的态,没有经验和理论知识就把可能的自旋多重度都算算,电子数是奇数就算算 ...

多谢老师,这个一般需要算到几啊?比如要算1,3,5....这个倒几算合适呢?

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发表于 Post on 2016-7-5 20:51:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-7-5 21:08 编辑

老师,在文献中读到这个RCEP60VDZ基组,但是在EMSL中没找到对应的基组,是名称对应有问题吗,应该怎么找到这个基组呢?

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发表于 Post on 2016-7-5 23:45:36 | 只看该作者 Only view this author
对双核金属化合物(如Co2(CO)8衍生的配合物)
用BP86/6-31G(d)+LanL2DZ做了初步优化,计算量有富余,有无合适的 meta-GGA 来配 3-zeta 基组进行优化?
高精度单点继续用PWPB95/def2-QZVPP(-g,-f)是否合适(掺了HF的不好这个结论是不是也适用于双杂化泛函,未查到相关的测试)?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-6 03:35:30 | 只看该作者 Only view this author
zhoufan88 发表于 2016-7-5 17:41
老师,我的第一个问题指的确实是opt freq scrf=SMD时,同一输入文件跑两次结果不同,输入文件确实完全相 ...


并行是指%nproc>1的情况
体系越大、柔性越高,数值的随机性导致的最终差异肯能越大
但对于中、小分子体系通常差异都是在可以接受的范围内
绝非串行运算比并行运算更准,只不过你没法说每次并行运算,以及串行运算,那个最准。可靠性是等同的。
如果用了int=ultrafine和opt=tight,每次结果间差异应当会更小些。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-6 03:37:10 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-7-5 23:45
对双核金属化合物(如Co2(CO)8衍生的配合物)
用BP86/6-31G(d)+LanL2DZ做了初步优化,计算量有富余,有无 ...


那就M06L/TZVP+lanl2TZ(或SDD)优化
高精度单点用那个没问题,双杂化泛函算配合物是没问题的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-6 03:37:51 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-5 20:51
老师,在文献中读到这个RCEP60VDZ基组,但是在EMSL中没找到对应的基组,是名称对应有问题吗,应该怎么找到 ...

这种非主流基组甭用,没任何好处
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小书童 发表于 2016-7-5 17:48
多谢老师,这个一般需要算到几啊?比如要算1,3,5....这个倒几算合适呢?


有机小分子一般就算1、3就够了
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