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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-7-28 12:26:03 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好!

我算了一个分子在非平衡态下各个原子上的力,做了单点计算,关键词里加了Force,取出能量对坐标的梯度值。我们对于力的准确性很在意,这个是在CAM-b3lyp/6-31+G*上算的,请问怎么知道它的准确性呢?这个力是分析梯度还是数值梯度呢?这个力属于Pulay force吗?

另外,高斯做分子优化的时候,是不是把平动和转动的可能性已经排除了?就是说在算力的时候,没有考虑让分子发生平动和转动的力?

请您不吝赐教,多谢!
与其念念不忘,不如相忘于江湖。

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发表于 Post on 2016-7-28 12:56:25 | 只看该作者 Only view this author
在什么级别优化就在什么级别下作振动分析、加热力学校正量。高斯算出来的那不是“校正因子”,校正因子是别人做出来自己乘进去的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-28 13:18:08 | 只看该作者 Only view this author
patience2014 发表于 2016-7-28 12:26
Sob老师您好!

我算了一个分子在非平衡态下各个原子上的力,做了单点计算,关键词里加了Force,取出能量 ...

默认的就已经很准确了。对于DFT显然是解析梯度算的。如果想进一步提升精度,可以再加上int=ultrafine

优化的时候相当于优化内坐标,没有整体运动的事。但是在非平衡结构下计算受力,如果是笛卡尔坐标表示,还是可能有一定转动的力。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-28 13:52:46 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2016-7-28 11:07
请问各位前辈,我用turbomole在CCSD(T)/aug-cc-pVTZ基组下得到单点能,要想得到零点振动相关的能量以及吉布 ...


那不叫“校正因子”!
校正因子是这里说的:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221

你在Gaussian里算的那叫热力学校正量。Gaussian的算的各种热力学校正量可以加到turbomole得到的单点能上得到各种热力学量。
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发表于 Post on 2016-7-28 14:57:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-28 13:52
那不叫“校正因子”!
校正因子是这里说的:
谈谈谐振频率校正因子

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-7-28 21:11:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好。我是一个新手,想问一下,在算储氢的时候分析分子轨道homo、lumo的原因是什么呢?我看了一些文献,有的金属修饰是为了指出反应活性位点,那如果是团簇储氢,那分析轨道又是为了什么呢?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-28 23:01:48 | 只看该作者 Only view this author
1188542uu 发表于 2016-7-28 21:11
sob老师,你好。我是一个新手,想问一下,在算储氢的时候分析分子轨道homo、lumo的原因是什么呢?我看了一 ...


没有前提没有目的就去分析轨道也是毫无意义的,需要在弄清楚目的的前提下再去分析轨道
那些文献去分析轨道也肯定是有目的的,为了说明什么。
根据前线轨道理论,HOMO和LUMO的分布可以分别讨论亲电和亲核反应的位置,例如这两篇有讨论doi: 10.3866/PKU.WHXB201401211、doi: 10.1007/s11426-015-5494-7
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发表于 Post on 2016-7-29 07:35:56 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2016-7-29 09:10:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jhlwc545454 于 2016-7-29 09:29 编辑

sob老师您好,磷酸基的三个中的两个-OH键各脱了一个H,那么自旋多重度是3吗?如果用oniom计算,low层是中性的,high层是上述的PO3 2-,按照chrg_real-low spin_real-low [chrg_model-high spin_model-high [chrg_model-low spin_model-low [chrg_real-high spin_real-high]]],那么电荷和自旋多重度的设置是-2 3 -2 3 0 1吗?这里的model指的是high层,real指的是整个分子吗?具体的gjf在附件中

penta2-.gjf

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发表于 Post on 2016-7-29 11:56:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-28 23:01
没有前提没有目的就去分析轨道也是毫无意义的,需要在弄清楚目的的前提下再去分析轨道
那些文献去分析 ...

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-29 15:22:49 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2016-7-29 09:10
sob老师您好,磷酸基的三个中的两个-OH键各脱了一个H,那么自旋多重度是3吗?如果用oniom计算,low层是中性 ...

你这脱的是H+而不是氢原子,所以是否电离掉H+不会影响自旋多重度。原本如果是单重态的,不管电离掉几个H+还是单重态。

model就是high层原子,real就是整体。
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发表于 Post on 2016-7-29 15:24:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-29 15:22
你这脱的是H+而不是氢原子,所以是否电离掉H+不会影响自旋多重度。原本如果是单重态的,不管电离掉几个H+ ...

谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2016-7-29 17:51:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-11 17:30
多看书,多尝试,多思考,逐渐积累知识和经验

谢谢sob老师,我会加油的

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发表于 Post on 2016-7-29 19:43:50 | 只看该作者 Only view this author

柔性扫描

柔性扫描一般取电子能呢?还是自由能?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-29 23:04:04 | 只看该作者 Only view this author
Scarlett-ww 发表于 2016-7-29 19:43
柔性扫描一般取电子能呢?还是自由能?

柔性扫描直接给出电子能量,哪会给出自由能
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