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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-8-2 10:13:29 | 只看该作者 Only view this author
体系太大,内存溢出了

更改 %mem=26GB   内存数为 节点最大内存的一半 (而不是接近全部)
如果还是同样的情况的话,在gaussian09 的安装目录下 一般是 g09/下编辑 Default.Route 文件
更改或者添加    -M- ****MB
****为内存数值,不要超过节点内存的一半
然后在输入文件中删除  %mem=**GB  行

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发表于 Post on 2016-8-2 10:29:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 冰释之川 于 2016-8-2 15:52 编辑

当我们用“MO分子轨道对”来描述某一激发态的波函数时,如果要图形显示“轨道对”,例如HOMO -> LUMO, (1)那么这里的MO分子轨道对是直接采用基态的(优化完的任务或单点任务)分子信息文件(例如*.fchk)来可视化的对吗? (2)MO分子轨道是否有基态和激发态之说? 还是说(正则)分子轨道就是指基态下获得?而自然轨道则有基态(post-HF级别下的基态计算)和激发态(TDHF、TDDFT 并加上density关键词)之分?

----------P.s.------------
经过查阅资料,我对分子轨道(MO)和自然轨道(NO)又有了新的见解,还望Sob老师指正:
【1】分子轨道是HF/DFT下直接解Hartree-Fock-Roothaan方程得出,每个轨道占据数为整数,并有相应的能量值(对应于Fock/KS算符的本征值)
【2】自然轨道是post-HF计算产生的,是post-HF密度矩阵的本征函数,价层自然轨道占据数为分数,没有能量值的概念。其中post-HF包括除了CI、MPn、CC、TDHF和TDDFT
其中对于描述某一激发态的波函数时,分子轨道可用于电子(态)跃迁描述,而自然轨道不能用于电子(态)跃迁描述。

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发表于 Post on 2016-8-2 10:30:15 | 只看该作者 Only view this author
对于算A分子和B分子的反应,A和B经过反应生成A-B,在计算反应物A和B的总能量时,分别计算A的能量和B的能量,相加得到总体反应物的能量。这个时候A分子大(30个原子),B分子小(3个原子),A和B用同样的方法和基组计算能量不太合适,A用B3lyp/6-31g(d),B用CCSD(T)/cc-pvtz,算完能量相加,但是怎么又觉得计算的方法和基组不统一,总觉得怪怪的呢?这样做对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-2 16:07:44 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2016-8-2 10:29
当我们用“MO分子轨道对”来描述某一激发态的波函数时,如果要图形显示“轨道对”,例如HOMO -> LUMO, (1 ...


MO一般是基态计算获得的。但是如果你用delta-SCF方式计算激发态,也能得到对应于激发态的MO。
其它的你说得都对。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-2 16:27:31 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-8-2 10:30
对于算A分子和B分子的反应,A和B经过反应生成A-B,在计算反应物A和B的总能量时,分别计算A的能量和B的能量 ...

不对。必须统一
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发表于 Post on 2016-8-2 17:33:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-2 16:27
不对。必须统一

如果统一的话,小分子的(3个原子)用B2plyp算能量,这样是不是粗糙了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-2 18:38:32 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-8-2 17:33
如果统一的话,小分子的(3个原子)用B2plyp算能量,这样是不是粗糙了。

你得照顾整个体系,计算级别是整个体系都能算得动的级别
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发表于 Post on 2016-8-2 18:58:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-2 18:38
你得照顾整个体系,计算级别是整个体系都能算得动的级别

哦哦,原来这样,谢谢老师。我之前没有统一,心里只是觉得怪,现在知道应该统一照顾整个体系,但是不清楚为什么统一?老师您能简单说一下原因吗?多谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-3 02:41:47 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-8-2 18:58
哦哦,原来这样,谢谢老师。我之前没有统一,心里只是觉得怪,现在知道应该统一照顾整个体系,但是不清楚 ...

都不统一怎么相互比较?你算A-B过渡态的时候只能用一种级别,减去A和B各自的能量求势垒的时候显然不可能两种计算级别都出现

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sobereva 发表于 2016-8-3 02:41
都不统一怎么相互比较?你算A-B过渡态的时候只能用一种级别,减去A和B各自的能量求势垒的时候显然不可能 ...

哦哦,谢谢老师指点,现在明白了。多谢多谢!

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发表于 Post on 2016-8-3 14:02:03 | 只看该作者 Only view this author

QST2方法寻找过渡态

我用QST2过渡态寻找过渡态正常结束,但是出现两个虚频,请问一下各位前辈,这是什么原因导致的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-3 18:07:32 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2016-8-3 14:02
我用QST2过渡态寻找过渡态正常结束,但是出现两个虚频,请问一下各位前辈,这是什么原因导致的?

Hessian不精确所致,这里讨论了
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

之后用QST2得到的过渡态结构再按上文方式用opt=TS结合适当关键词(比如calcall,算不动的话先尝试opt=tight int=ultrafine)进一步优化
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发表于 Post on 2016-8-4 11:42:41 | 只看该作者 Only view this author
用不同多重度去结构优化,对于多重度为1的,计算了1、1U(开壳层,guess=mix),3,5。寻找能量最低的结构,发现有的时候能量最低的构型已经扭曲或者并不是我要找的结构,这个时候我应该舍去扭曲结构和非目标结构吗?这种情况往往发生在多重度为1的计算情况,1U和3.5可以得到目标结构,我可以不要1计算出来的机构,在1U,3,5中选择能量最低的作为基态吗?

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发表于 Post on 2016-8-4 13:17:30 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-8-4 11:42
用不同多重度去结构优化,对于多重度为1的,计算了1、1U(开壳层,guess=mix),3,5。寻找能量最低的结构, ...

“1U”的能量一定小于等于1,如果不是这种情况一定哪里有错,不可能存在你说的dilemma.

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发表于 Post on 2016-8-4 16:09:40 | 只看该作者 Only view this author

正常结束的过渡态走IRC错误

我用TS优化和QST2两种方法都得到了一个相同的过渡态结构,但是走IRC却出现了下图的情况,请问这个过渡态找的是否正确?


管理员注:回复在1876L


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