简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-9-10 17:16:47

本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-9-11 00:02 编辑

通过分子动力学对有机分子进行构象搜索时，需设置的温度是否应当与分子的大小大致有关？较大、原子数较多的分子大致应该用更高的温度才能将各个自由度充分弛豫么？

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-11 10:10:07

liyuanhe211 发表于 2016-9-10 17:16
通过分子动力学对有机分子进行构象搜索时，需设置的温度是否应当与分子的大小大致有关？较大、原子数较多的 ...

分子越大势能面维度越高，极小点数目越多分布越广。在有限的模拟时间内，为了让大分子也能尽可能充分地在势能面各个区域采样，设的温度更高是合理的。

dingniu2 · 发表于 Post on 2016-9-11 10:12:10

请问老师atomic charge或charge transfer 值的单位是au还是e？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-9-11 16:41:08

dingniu2 发表于 2016-9-11 10:12
请问老师atomic charge或charge transfer 值的单位是au还是e？

原子单位中的电荷单位本来就是元电荷e

小书童 · 发表于 Post on 2016-9-11 21:16:12

高斯结构优化出现如下问题，请问老师该如何解决呢？
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
FormGI is forming the generalized inverse of G from B-inverse, IUseBI=4.
Internal  Forces:  Max    0.059476630 RMS    0.004409750
Search for a local minimum.
Step number  29 out of a maximum of  270
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
RMS Force = .44097D-02 SwitMx=.10000D-02 MixMth= 1
Mixed Optimization -- RFO/linear search
Update second derivatives using D2CorX and points 16 17 18 29 19
ITU=  0  0  0  0  0  0  0  0  0 -1  1  1 -1  0  0 -1 -1  1  1  1
ITU=  1  1  0  0  0  0  0  0  0
Use linear search instead of GDIIS.
Energy rises -- skip Quadratic/GDIIS search.
Quartic linear search produced a step of -0.86811.
Linear angle in Bend.
Error termination via Lnk1e in /home/g09/g09/l103.exe at Sun Sep 11 09:01:01 2016.

niubaotian85 · 发表于 Post on 2016-9-11 22:39:14

sobereva 发表于 2016-9-10 01:52
对这些元素aug-cc-pVTZ根本没有定义。-PP是赝势版本，不带-PP是全电子版本（只对前四周期才有定义）。

谢谢sob老师，那么我想要优化含有这类元素的结构的话，用什么样的基组更好呢？aug-cc-pvtz是太耗时了么？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-9-12 00:14:52

小书童发表于 2016-9-11 21:16
高斯结构优化出现如下问题，请问老师该如何解决呢？
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradG ...

opt=cartesian

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-12 03:50:32

niubaotian85 发表于 2016-9-11 22:39
谢谢sob老师，那么我想要优化含有这类元素的结构的话，用什么样的基组更好呢？aug-cc-pvtz是太耗时了么？

选择基组需要先明确的前提这里说了，绝对不是光看元素
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

librakitty · 发表于 Post on 2016-9-12 08:23:10

sobereva 发表于 2016-9-9 12:18
三参数拟合还有个温度系数项
如果三参数拟合得好用三参数也行

嗯嗯，多谢老师。

小书童 · 发表于 Post on 2016-9-12 08:23:40

liyuanhe211 发表于 2016-9-12 00:14
opt=cartesian

老师能告诉我为什么用OPT=cartesian吗？我记得出现优化过程中角度为180会报错，用这个关键词可以解决，但是我这个错误是什么导致的呢？希望老师再明示一下，多谢李老师！

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-9-12 08:35:15

小书童发表于 2016-9-12 08:23
老师能告诉我为什么用OPT=cartesian吗？我记得出现优化过程中角度为180会报错，用这个关键词可以解决，但 ...

内坐标优化本身定义的问题，若1-2-3优化过程中恰好接近直线，则1-2-3-X、X为任意一枚原子、这个二面角就表示不了了

小书童 · 发表于 Post on 2016-9-12 11:02:32

liyuanhe211 发表于 2016-9-12 08:35
内坐标优化本身定义的问题，若1-2-3优化过程中恰好接近直线，则1-2-3-X、X为任意一枚原子、这个二面角就 ...

哦哦，原来这样，老师您解释的是2075楼的问题的原因吗？

chengxing545946 · 发表于 Post on 2016-9-12 11:14:23

sobereva 发表于 2016-9-7 05:39
优化、找过渡态、走IRC可以不加，算能量时加上（至少给带负电荷的位点的原子加上）

sob老师，你好，感谢你的耐心解答，opt与freq的基组要在同一级别是不是，我在优化时的基组不加弥散，基组暂且称为级别1，计算单点能时加上弥散，基组称为级别2，得到HF能量，可是那样得到的吉布斯自由能与HF能量就不在同一级别上的了，这样可以吗？还是我应该理解为：先用级别1进行opt freq,这里的freq只是用来检验我找的点是不是驻点，然后再拿opt后的结果用级别2的基组再进行一次freq的计算？这与opt与freq的基组要在同一级别又矛盾了

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-12 13:49:40

chengxing545946 发表于 2016-9-12 11:14
sob老师，你好，感谢你的耐心解答，opt与freq的基组要在同一级别是不是，我在优化时的基组不加弥散，基组 ...

比如你用6-31G*优化，然后在这个优化完的结构下算频率的时候也必须用6-31G*。
你算单点时候用什么基组都没关系，不需要和优化一致。

chengxing545946 · 发表于 Post on 2016-9-12 16:56:43

sobereva 发表于 2016-9-12 13:49
比如你用6-31G*优化，然后在这个优化完的结构下算频率的时候也必须用6-31G*。
你算单点时候用什么基组都 ...

好的，谢谢老师，明白了，感谢感谢，实在不好意思，再问一个问题。但是这样我算频率的时候得到H与G值，算单点时得到的E值，H,G与E就是在不同的基组下得到的了，这个我该怎么解释

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