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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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2026#
发表于 Post on 2016-8-30 10:54:54 | 只看该作者 Only view this author

Linux系统下如何查看计算任务进程呢?

如题,谢谢大家!!!
另外,还想请教,怎么估算一个分子计算所需要的时间吖...


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给dalao们倒茶

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发表于 Post on 2016-8-30 11:50:32 | 只看该作者 Only view this author
直接top,回车,就可以看见进程。如图1:
可以看sob老师的帖子《使用Gaussian时的几个实用脚本和命令》http://sobereva.com/258,第2项里就写明了。或者http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3722&extra=这个帖子中, 我对sob老师的脚本稍作修改,将时间输入到文件中。

2016-08-30_114749.jpg (151.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

图1

图1
淡泊以明志,宁静以致远。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-30 15:04:52 | 只看该作者 Only view this author
阿花 发表于 2016-8-30 10:54
如题,谢谢大家!!!
另外,还想请教,怎么估算一个分子计算所需要的时间吖...


ps
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都可以看,用法自行google

估算所需时间要凭经验,并且了解理论方法特征,并且看机子、任务类型,算多了自然心里就有数了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2016-8-30 15:20:11 | 只看该作者 Only view this author
我有一个很初级的问题....最近刚接触计算,在linux上装了高斯,安装过程也是follow的论坛上的帖子,也可以算没报错,但是,我好心虚怕没装对,能不能请大家帮我看看吖....我把安装过程写出来了.... 安装过程.txt (639 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

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2030#
发表于 Post on 2016-8-30 15:21:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-30 15:04
ps
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都可以看,用法自行google

明白了,谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-8-30 15:22:05 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2016-8-30 11:50
直接top,回车,就可以看见进程。如图1:
可以看sob老师的帖子《使用Gaussian时的几个实用脚本和命令》htt ...

好的.....谢谢T-T.....

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发表于 Post on 2016-8-30 19:58:14 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,现在我正在算一个成键的共价性离子性。

一些文献中通过键级的大小来定性比较共价性、离子性,比如WBI或MBO的值越大共价性越强、越小离子性越强(文献中是这么说的)。

我不知道这么比较对不对。


一次开会时看到了一个老师提到了"ionic character",用这个参数也可以比较共价性和离子性的大小,这种方法和前两种比是否更好一些呢?

这个ionic character应该如何来计算?

通过Multiwfn是否可以得到呢?

只能用来比较相同的键?还是可以与其它键进行横向比较的呢?


谢谢老师,麻烦您了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-31 01:04:09 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-8-30 19:58
老师您好,现在我正在算一个成键的共价性离子性。

一些文献中通过键级的大小来定性比较共价性、离子性, ...


得看是什么键级。说用WBI、MBO能比较离子性的都是胡说八道,此文里的数据清楚地展现了MBO对键的完全不敏感:J. Phys. Chem. A 2013, 117, 3100−3108,而NLMO、Laplacian键级才对键的极性敏感,才可能被用来讨论离子性。另外,NBO的NRT分析能直接给出键的离子/共价成份。

“ionic character”这词完全意义不明,得搞清楚他怎么定义的。这根本不是众所周知、被广泛承认的什么参数。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-31 01:05:48 | 只看该作者 Only view this author
阿花 发表于 2016-8-30 15:20
我有一个很初级的问题....最近刚接触计算,在linux上装了高斯,安装过程也是follow的论坛上的帖子,也可以 ...

你能正常计算个最简单的体系,诸如水的单点能,没报错就装对了。
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发表于 Post on 2016-8-31 08:30:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-31 01:04
得看是什么键级。说用WBI、MBO能比较离子性的都是胡说八道,此文里的数据清楚地展现了MBO对键的完全不 ...

首先感谢sob老师的帮助,请问
1. NLMO Laplacian键级是不是数值越大共价性越强呢?这是基于什么原理呢
2. NRT分析是啥?直接读取NBO输出文件就可以吗?以前没遇到过这个
3. ionic character我咨询了一下那个老师,他给我发过来一个图片,如下。但是我没看明白,因为图片信息不全。
谢谢老师

ioniccharacter.png (38.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

ioniccharacter.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-31 22:53:26 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-8-31 08:30
首先感谢sob老师的帮助,请问
1. NLMO Laplacian键级是不是数值越大共价性越强呢?这是基于什么原理呢
...


1 比如都是单重键,此时你可以根据NLMO或Laplacian键级与形式键级1.0的偏差来估计离子性,越接近1.0说明共价性越强
2 自然共振理论分析。看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102。Gaussian自带的NBO 3.1实现不了,要用5.0或更高版本
3 这个就是根据构成BD型NBO的两个原子的NHO组合系数算的,在NBO那些资料汇总的文章中你能看得到。
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发表于 Post on 2016-9-1 08:09:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-31 22:53
1 比如都是单重键,此时你可以根据NLMO或Laplacian键级与形式键级1.0的偏差来估计离子性,越接近1.0说 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-9-1 14:48:24 | 只看该作者 Only view this author

选取基组不同导致结构不同

请问各位大神,我用MP2优化出来的log文件保存成gjf文件,在b3lyp下优化,却得到了上述结构的异构体,请问这是什么原因?结构如附件。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-1 15:25:38 | 只看该作者 Only view this author
这个问题完全意义不明。从log看,B3LYP优化用的初始结构根本就不是MP2优化后的最终结构,完全不是你描述的“用MP2优化出来的log文件保存成gjf文件”
而且B3LYP用这种基组的组合实在太恶心,见
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

这种体系就用B3LYP优化就完了,不要用MP2
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发表于 Post on 2016-9-1 20:14:28 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师,文件给错了,但是MP2的得到的那种结构用b3lyp就是优化不出来,而在其他异构体转化成b3lyp的那种结构的IRC的端点也出现了那种结构,提取出来继续优化,还是变成了b3lyp优化出来的构象

本版积分规则 Credits rule

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