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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-15 11:54:37 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-9-15 08:13
多谢sob老师。我所说的正、负是结构化学上说的波函数的正负,这个与homo、lumo图两种颜色代表的相位是一回 ...

一样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-9-15 19:10:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-12 03:50
选择基组需要先明确的前提这里说了,绝对不是光看元素
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/ ...

非常感谢sob老师

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发表于 Post on 2016-9-15 22:03:17 | 只看该作者 Only view this author
sob老师中秋快乐,我有个简单的问题想请教一下,比如-2价的CH3CHOHCH3PO4如果用oniom方法,碳链CH3-CH-CH3为low层,侧链OH和PO4位high层,这么设置可以吗。如果可以多选自重度应该都是1吧,OH和PO4这样是加起来-3价,low层+1价,整体-2价吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-15 22:09:32 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2016-9-15 22:03
sob老师中秋快乐,我有个简单的问题想请教一下,比如-2价的CH3CHOHCH3PO4如果用oniom方法,碳链CH3-CH-CH3 ...


这么点体系还用ONIOM只会添乱,省时不了多少还导致精度严重下降。况且又是阴离子,负电荷会离域到整体,更造成片段电荷难以合理设定。而且即便是中性体系,那么分层也毫无意义。
ONIOM能不用就不用。用混合基组节约耗时比这强得多。
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发表于 Post on 2016-9-15 22:13:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jhlwc545454 于 2016-9-15 22:17 编辑
sobereva 发表于 2016-9-15 22:09
这么点体系还用ONIOM只会添乱,省时不了多少还导致精度严重下降。况且又是阴离子,负电荷会离域到整体 ...

我理解sob老师的意思,我只是举个例子想理解一下关于oniom分层时不同层次多选自重度和电荷的选择,因为我不是化学专业的所以这个基础知识不太懂。。实际的输出文件是这个,不知道对不对。。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-16 07:54:51 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2016-9-15 22:13
我理解sob老师的意思,我只是举个例子想理解一下关于oniom分层时不同层次多选自重度和电荷的选择,因为我 ...


不要把烷烃链的OH也加入高层,毫无意义
如果假定额外的负电荷都集中在团簇和PO4那块,高层就设-2
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发表于 Post on 2016-9-16 09:39:14 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想计算分析范德华表面穿透程度来分析反应受位阻作用影响大小,对过渡态作了分析,发现总体趋势上呈现出位阻大的,穿透程度越大,这个趋势咋感觉怪怪的?能理解成由于位阻的作用,要维持过渡态的稳定性,需要相互作用更强才能把位阻的作用抵消掉吗?谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-16 10:29:00 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-9-16 09:39
老师,我想计算分析范德华表面穿透程度来分析反应受位阻作用影响大小,对过渡态作了分析,发现总体趋势上呈 ...

可以这么理解
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发表于 Post on 2016-9-16 10:36:18 | 只看该作者 Only view this author

好的,多谢老师

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发表于 Post on 2016-9-16 18:41:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-12 19:24
你算H、G的时候,用小基组得到热力学校正量,加到大基组得到的E上,这就是比较准确的E、G。比起直接用小 ...

Sob老师,你好,中秋节快乐!有问题请教一下:1.我算反应的能垒,是不是应该用能够获得准确的ZPE的校正因子  2. # M062X/6-311g(d,p) opt freq scale=0.97 scrf=smd temperature=310  这样对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-16 18:54:14 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-9-16 18:41
Sob老师,你好,中秋节快乐!有问题请教一下:1.我算反应的能垒,是不是应该用能够获得准确的ZPE的校正因 ...

1 病句,不理解你的意思。算反应能垒关键是算电子能量用尽可能高的级别,找过渡态和做振动分析获得热力学校正量用不着高级别,中等级别足矣。
2 如果这一步是获得热力学校正量,没错。如果是算过渡态的自由能之类热力学量,也可以。
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发表于 Post on 2016-9-16 19:50:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好。我遇到一个问题,在算一个体系的时候,单重态和三重态能量相差非常小,当不用零点能校正时,单重态能量低,用零点能校正三重态低,相差的能量小于0.1kcal/mol,使用的是def2tzvp基组,后来使用augccpvtz基组尝试了一下,还是一样的问题,我用的方法是B3LYP,需要CCSD(T)讨论么?

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发表于 Post on 2016-9-16 20:31:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-16 18:54
1 病句,不理解你的意思。算反应能垒关键是算电子能量用尽可能高的级别,找过渡态和做振动分析获得热力学 ...

我想获得热力学校正量,可校正因子分为好多种,比如用于获得准确基频的校正因子,用于用于获得准确谐振频率的校正因子,我不清楚哪种情况下要用哪种校正因子,所以第一问问的是这个意思,优化、找过渡态高级别与中等级别的算出的优化结构差异一般情况下大么

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发表于 Post on 2016-9-16 23:12:54 | 只看该作者 Only view this author
1188542uu 发表于 2016-9-16 19:50
sob老师,你好。我遇到一个问题,在算一个体系的时候,单重态和三重态能量相差非常小,当不用零点能校正时 ...

B3LYP用Aug-cc-pVTZ十分浪费,且 B3LYP 配 Triple zeta 远远不能精确到0.1kcal/mol。
需要非常精确的自由能可以用热力学组合方法。

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发表于 Post on 2016-9-16 23:15:01 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-9-16 20:31
我想获得热力学校正量,可校正因子分为好多种,比如用于获得准确基频的校正因子,用于用于获得准确谐振频 ...

用哪个校正因子看:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221

只要较低的级别选择合理;用很高的级别优化不如均衡一下、用低级别优化,省出时间上高级别算个单点。

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