简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-9-4 22:38:18

请问ONION模型和混合基组在使用上有什么不区别呢

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-4 23:50:41

fankui1990129 发表于 2015-9-4 22:38
请问ONION模型和混合基组在使用上有什么不区别呢

完全是两种处理思路。
ONIOM在计算形式上有很大变化（洋葱方式计算），混合基组仅仅是常规计算时基组设定不同

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-9-5 00:34:10

sobereva 发表于 2015-9-4 23:50
完全是两种处理思路。
ONIOM在计算形式上有很大变化（洋葱方式计算），混合基组仅仅是常规计算时基组设 ...

是我没有问清楚。

比如我用洋葱模型将金属的机组设置的很大、配体的设置小进行计算，得到的结果和用混合机组进行相同设置得到的结果相同吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-5 00:50:42

fankui1990129 发表于 2015-9-5 00:34
是我没有问清楚。

比如我用洋葱模型将金属的机组设置的很大、配体的设置小进行计算，得到的结果和用混 ...

不一样。
既然你都打算整个体系都用DFT了，那么你用ONIOM就毫无意义，相比用混合基组只会多浪费很多时间还会造成额外的误差。

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-9-5 18:53:43

原料和产物的自选多重态如果不一样的话怎么办呢？能否用TS找过渡态呢？这个时候过渡态的自选多重度又怎么确定呢？

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-9-5 23:19:22

受到sob老师帖子的启发，您看看我能不能这样呢？

我直接用HF的中等机组寻找过渡态，试试看我猜想的过渡态是否有存在的可能（毕竟我猜测的过渡态可能本身就可能不存在）。因为用了HF，很多东西都可以不考虑。然后用在DFT的大机组考虑问题

PS:现在我看到的文章（有机合成方法学掺杂一些计算）都没有人用HF了，如果我不考虑话费的时间和成本。HF和DFT那个可信度更高呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-6 06:33:00

fankui1990129 发表于 2015-9-5 23:19
受到sob老师帖子的启发，您看看我能不能这样呢？

我直接用HF的中等机组寻找过渡态，试试看我猜想的过渡 ...

显然DFT高，你就信M06-2X的就行了（更高级的你可以信双杂化泛函）。

HF根本没人用，只不过更容易把过渡态找出来而已。

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-6 06:42:56

fankui1990129 发表于 2015-9-5 18:53
原料和产物的自选多重态如果不一样的话怎么办呢？能否用TS找过渡态呢？这个时候过渡态的自选多重度又怎么确 ...

这说明势能面发生了交叉，反应物基态的自旋多重度对应的势能面在产物的时候不再是基态。这样的交叉点和过渡态是两码事，可以优化对应的极小能量交叉点(MECP)，见此文
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-9-11 10:32:35

本帖最后由 fankui1990129 于 2015-9-11 10:33 编辑

sob老师，我这个问题可能不属于量化范畴了。由于我不是量化出身，我在找过渡态的时候常常出错，在这种情况下我会更换机理而不是调整关键词（尤其调整iop）。

我想问的是，在这种情况下，是不是更容易找到的机理说明其更合理。我试了一个反应机理，试了十几个只有一个可以顺利结束，其他的怎么调整关键词都没用。我是不是可以认为这个机理最有可能是对的，其他的机理更有可能是错误的。

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-11 11:28:45

fankui1990129 发表于 2015-9-11 10:32
sob老师，我这个问题可能不属于量化范畴了。由于我不是量化出身，我在找过渡态的时候常常出错，在这种情况 ...

如果你确认你的过渡态搜索方式已经考虑很充分了但还是搜不到（即不是操作技术上的问题），而且也尝试过不同计算级别了，而且模型也没什么问题，那搜不到的很可能就是机理本身构思的不对了。

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-9-13 11:36:29

在找过渡态的时候Fragment是否有帮助呢？我人为的定义一下各个原料的电荷。不知道是不是错觉，总觉得计算的时候原料的电荷不对，甚至甚至完全反了

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-13 16:34:02

fankui1990129 发表于 2015-9-13 11:36
在找过渡态的时候Fragment是否有帮助呢？我人为的定义一下各个原料的电荷。不知道是不是错觉，总觉得计算的 ...

这个一般没有任何用处

vigaryang · 发表于 Post on 2015-9-13 16:49:30

请教sob老师：某化合物是由其前体经紫外线照射后异构得到，在可见光条件下又会缓慢变回至前体。如果想在Gaussian里优化该化合物的结构，需要什么特殊设定么？如果按通常的方法去优化，该化合物的结构会不会在优化过程中慢慢变成其前体的结构？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-13 22:15:18

vigaryang 发表于 2015-9-13 16:49
请教sob老师：某化合物是由其前体经紫外线照射后异构得到，在可见光条件下又会缓慢变回至前体。如果想在Gau ...

这个并没有任何专门的设定。此化合物和前体都有对应的基态势能面上的极小点，初猜离哪个近就会收敛到哪个。

vigaryang · 发表于 Post on 2015-9-14 09:27:38

请教sob老师，我想利用cubegen得到静电势文件，输入命令为：cubegen 0 potential=scf C1a.fchk C1a.cube -1 h
然而按下回车后却出现以下错误：
Wanted an integer as input.
Found an end-of-line for input.
?
Error termination via Lnk1e at Mon Sep 14 09:26:38 2015.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 000000000111d4e0, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000001a52, rsp 00007fff1cca1aa8, rbp 00007fff1cca1b00
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000001a52, r8  00002b578e4d66e0
r9  0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000202
r12 0000000000002001, r13 0000000004c74408, r14 000000000111d4a8
r15 00002b578e5fcc88
  --- traceback not available
Aborted

以前进行过很多回类似计算，却从未遇到该错误。请问是什么原因呢？谢谢！

还有个问题，就是我在优化完C1分子的结构，打算在GaussView中查看该分子的Mulliken电荷布居时，发现GaussView中电荷布居界面的选项是灰色、不可操作的，导致无法查看任何电荷信息，请问是什么地方出错了呢？谢谢！

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