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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-22 06:23:00 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-7-21 22:41
请问老师,对于一些比较大的计算任务,如果想用两个服务器节点计算同一个任务,是不是一定要安装linda版本 ...

是的。
但是高斯跨节点效率很低
linda版这里有 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=175,不过比较老
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2015-7-22 19:17:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-22 06:23
是的。
但是高斯跨节点效率很低
linda版这里有 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid= ...

好的,谢谢!

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发表于 Post on 2015-7-22 20:46:50 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-7-9 22:27
我是有机专业的,最近自学了一些简单的计算方法,并用到我的具体实验里。现在勉强算入门了,但是想系统的学 ...

如果你是在windows下运行gaussian出现2070错误,则可能是因为内存不够导致的。建议换用在linux下进行计算试试。我之前也总是出现2070的错误,后来在linux下计算就没有问题啦。
别的情况就不清楚啦。

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发表于 Post on 2015-7-23 09:43:14 | 只看该作者 Only view this author
现在是遇到技术问题啦,还是关于RESP方法拟合电荷的,还望Sob老师及其它大神多多指教。
最近想用AmberTools工具完成离子液体的RESP电荷拟合。教程参照http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1/section1.htm。 但是在计算完静电势之后就卡住了,也没有解决办法。
esp.sh内容如下:
#!/bin/csh
xlf /usr/local/apps/amber9/src/resp/readit.f  注:这一步我直接改成了readit.f所在的路径。
grep "Atomic Center " $1 > a
grep "ESP Fit" $1 > b
grep "Fit    " $1 > c
./a.out
rm -f a b c a.out readit.o
之后的一步是:
>./esp.sh IL0721.gout

然后我发现这个教程里的高斯输入文件的后缀都是gin,输出文件的后缀都是gout。而我的输出文件是.log格式。我将后缀自作主张改为.gout之后,提示的是bash: IL0721.gout: command not found。

问题有两个:
(1)什么情况下高斯的输入文件格式是.gin,输出文件格式为.gout ?
(2)这个问题有没有解决办法呢?不知道是不是可以通过antechamber实现格式的转换?

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发表于 Post on 2015-7-23 10:40:38 | 只看该作者 Only view this author

高斯算band gap

弱弱的问一句,高斯算band gap 是HOMO-LUMO 还是LUMO-HOMO?

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-23 11:36:49 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2015-7-23 10:40
弱弱的问一句,高斯算band gap 是HOMO-LUMO 还是LUMO-HOMO?

谢谢!

定义是E(LUMO)-E(HOMO)
这和用什么程序算无关
文献中通常写为HOMO-LUMO gap,指的就是E(LUMO)-E(HOMO)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-7-23 14:28:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-23 11:36
定义是E(LUMO)-E(HOMO)
这和用什么程序算无关
文献中通常写为HOMO-LUMO gap,指的就是E(LUMO)-E(HOMO)

太谢谢您了~

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发表于 Post on 2015-7-26 10:51:38 | 只看该作者 Only view this author
求助:在我利用nohup cubergen命令计算一个三组分络合体系的静电势cube文件时,服务器运行一段时间后(大概两个小时)就会发现计算结束,与此同时在nohup.out文件的末尾出现了如下信息:
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   rdx 000000000000099b, rsp 00007fff9c0313a8, rbp 00007fff9c031920
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000000099b, r8  00002b8a0eb8e6e0
   r9  0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000202
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fff9c031968
   r15 00000000000003e6
  --- traceback not available
There are a total of     3727675 grid points.
ElSum from          density=      219.7884059346
There are a total of      475200 grid points.
ElSum from          density=      214.8788034502

根据以往经验,这似乎意味着计算出错吗。请问这可能是什么原因造成的呢?是因为我的计算体系太大吗(58个原子)?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-26 11:52:04 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-7-26 10:51
求助:在我利用nohup cubergen命令计算一个三组分络合体系的静电势cube文件时,服务器运行一段时间后(大概 ...

大体系,计算静电势格点数据非常耗时。
你可以先尝试用低精度的格点(设大格点间距)去计算

不清楚你的具体目的,一般是有其它办法可以避免去计算整个静电势格点数据的
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发表于 Post on 2015-7-26 12:14:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-26 11:52
大体系,计算静电势格点数据非常耗时。
你可以先尝试用低精度的格点(设大格点间距)去计算

我已经把计算精度调到"coarse“了。我的最终目的是获得这个络合体系的表面最小静电势和表面最小平均局域电离能。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-26 13:57:43 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-7-26 12:14
我已经把计算精度调到"coarse“了。我的最终目的是获得这个络合体系的表面最小静电势和表面最小平均局域 ...


根本没必要计算静电势格点数据。

如Multiwfn手册4.12.7节所示,Multiwfn做分子表面静电势分析的时候可以把要算的分子表面的顶点导出成文本文件,只让cubegen算这些点就行了,比你让cubegen算静电势格点数据快一个数量级以上。
即便是coarse,对于大体系,要算的点也是极多的。
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发表于 Post on 2015-7-26 14:50:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-26 13:57
根本没必要计算静电势格点数据。

如Multiwfn手册4.12.7节所示,Multiwfn做分子表面静电势分析的时候 ...

好的,我试试Multiwfn,谢谢!

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发表于 Post on 2015-7-28 17:00:17 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,wiberg bond index、mayer bond index、M-H键级都是如何得到的呢?关键词是什么呢?
不同的键级理论有何区别呢?哪一种更加常用呢?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-28 19:58:38 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-7-28 17:00
请问sob老师,wiberg bond index、mayer bond index、M-H键级都是如何得到的呢?关键词是什么呢?
不同的 ...


高斯生成fch文件,载入进Multiwfn主功能9就能计算Mayer键级和Wiberg键级,Multiwfn手册4.9节有例子。M-H键级不知道你具体指什么。

键级的差异几句话说不清楚。一般Mayer键级用得最多,但注意不能用弥散函数。
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发表于 Post on 2015-7-28 21:32:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-28 19:58
高斯生成fch文件,载入进Multiwfn主功能9就能计算Mayer键级和Wiberg键级,Multiwfn手册4.9节有例子。M- ...

谢谢老师
请问用什么关键词?pop(nbo)?
那个fch文件如何得到

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