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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2015-8-12 20:32:23 | 只看该作者 Only view this author
如何续算?
我听说过两种,一种是使用restart,第二种方法比较傻瓜式,把输出文件中的结构拿出来,关键词等都不变继续计算。请问第二种方法可行吗?和第一种有什么区别呢?

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发表于 Post on 2015-8-12 22:03:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-8-13 00:40 编辑
fankui1990129 发表于 2015-8-12 20:32
如何续算?
我听说过两种,一种是使用restart,第二种方法比较傻瓜式,把输出文件中的结构拿出来,关键词 ...

讨论学术问题,不要使用“续算”这种既不正式又不精确地表述方式。你是要膜蛤吗?!

重新开始一个中止、失败的Opt或IRC等计算,可以使用restart参数,加在原来的计算路径中,并去掉如CalcFC等读取、计算force constant的参数
如:
  1. # Opt=(TS,Restart,MaxCyc=50)
复制代码
程序会从checkpoint文件中读入之前的计算。
其与提取结构、重新开始计算,用关键词表达是:(读取标题、电荷、多重度、结构、变量声明,别再每次打开GaussView再重新点一遍了)
  1. # geom=allcheck
复制代码
的区别在于opt会继续使用之前的force constant而不需要重新计算,会省一些(很多)时间。



重新开始一个Freq计算需直接使用Restart关键词
  1. # Restart
复制代码
需要保留了rwf文件。
具体问题*请*去查Gaussian说明书,这几乎是直接抄过来的。




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发表于 Post on 2015-8-12 22:09:11 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-8-12 22:03
讨论学术问题,不要使用“续算”这种既不正式又不精确地表述方式。你是要膜蛤吗?!

重新开始一个中止 ...

自学新手,请多包涵

谢谢回复!学习了

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发表于 Post on 2015-8-19 21:09:23 | 只看该作者 Only view this author
今天听到一个说法,据说高斯计算比MS更容易出错。告诉我这个说法的是一个这方面的老师,他过去就是用高斯的,现在用MS。请问是否是这样呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-19 22:58:22 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-8-19 21:09
今天听到一个说法,据说高斯计算比MS更容易出错。告诉我这个说法的是一个这方面的老师,他过去就是用高斯的 ...

没这回事

这种说法根本没法信,乱写关键词自然会出错,不报错也不代表结果就合理可靠。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-8-30 20:43:20 | 只看该作者 Only view this author
自学过程中做了一个练习计算,遇到个问题,前来请教。

我分别用TS和QST2寻找过渡态,找到的过渡态基本一样(如果画成平面图一样,但是在空间上感觉还是不太一样),而计算得到的能量却不一样。单位转换之后,差别还是比较大的。请问,这种情况正常么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-31 17:09:17 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-8-30 20:43
自学过程中做了一个练习计算,遇到个问题,前来请教。

我分别用TS和QST2寻找过渡态,找到的过渡态基本一 ...

确认下是否都没虚频,是否都基本满足了freq后的收敛限。
然后量一下相关的坐标,看看是否是同一个过渡态结构,或者也可以用此方法考察结构差异
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
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发表于 Post on 2015-9-3 00:35:23 | 只看该作者 Only view this author
问题比较多,先谢谢sob老师或者解答的网友
1、冻结和固定有什么区别呢?分别什么时候执行呢?
这两个操作我都会了,但是不了解区别。我查到的资料经常看到“冻结”和“轨道”一起出现。是不是冻结不是简单的固定呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-3 00:37:37 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-9-3 00:35
问题比较多,先谢谢sob老师或者解答的网友
1、冻结和固定有什么区别呢?分别什么时候执行呢?
这两个操作 ...

先明确冻结具体是指的什么。
一种是在几何优化中,想让某些原子坐标或者内坐标不变,这可以说优化中冻结或者固定了这些参数。
另一种是电子相关计算中,高斯等程序默认会将能量很低的那些内核分子轨道在电子相关计算中忽略以降低计算量,这叫冻芯(frozen core)近似。
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发表于 Post on 2015-9-3 00:38:09 | 只看该作者 Only view this author
2、我最近在寻找过渡态的时候,有一个基团一致乱动。我就把它固定了,虽然能得到一个比较满意的结果了。但是,这样的操作我有些不放心,不知道是否合适。

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发表于 Post on 2015-9-3 00:44:25 | 只看该作者 Only view this author
3、自学菜鸟,可能要问一个傻问题。我在一个视频里学来的,Gview中Atom Group Editor下有一个Gaussian Fragmen(不知道准确的中文学名)。

我能明白它是干嘛的,但是我今天计算的时候尝试了一下,发现和不定义没有什么差别。试了我手上的几个都是如此,什么情况下才需要用到这个呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-3 00:51:45 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-9-3 00:38
2、我最近在寻找过渡态的时候,有一个基团一致乱动。我就把它固定了,虽然能得到一个比较满意的结果了。但 ...

如果那个基团和过渡态没什么直接联系倒是可以用,如果关系密切,最好在最后的结构基础上用小步长上限继续优化过渡态。
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fankui1990129 发表于 2015-9-3 00:44
3、自学菜鸟,可能要问一个傻问题。我在一个视频里学来的,Gview中Atom Group Editor下有一个Gaussian Frag ...


Gaussian里有的任务涉及片段定义,比如片段初猜波函数、counterpoise等等,对于这些与片段有关的任务你去设片段才有用(保存的输入文件里面可以看到每个原子后面出现fragment=x字样),对其它和片段无关的任务你设不设片段结果都一样。
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sobereva 发表于 2015-9-3 00:37
先明确冻结具体是指的什么。
一种是在几何优化中,想让某些原子坐标或者内坐标不变,这可以说优化中冻结 ...

Gview中的cartesian coordinate,或者X  23  F(冻结23号)
这个和-1是一个效果么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-3 00:58:57 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-9-3 00:57
Gview中的cartesian coordinate,或者X  23  F(冻结23号)
这个和-1是一个效果么?

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