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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-14 10:15:58 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-9-14 09:27
请教sob老师,我想利用cubegen得到静电势文件,输入命令为:cubegen 0 potential=scf C1a.fchk C1a.cube -1 ...


确保C1a.fchk文件正常
另外把-1改成0再尝试

Gaussian09 D.01开始调整了Mulliken电荷输出的格式,导致gview认不出来。如果是以前G09版本,那应该是输入文件的问题,不规矩。
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发表于 Post on 2015-9-15 21:40:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-14 10:15
确保C1a.fchk文件正常
另外把-1改成0再尝试

谢谢sob老师!如您所说,把-1改成0后就可以算了,而且我的Gaussian 09正好就是D.01版。

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发表于 Post on 2015-9-16 18:26:03 | 只看该作者 Only view this author
请问除了偶极矩还有性质可以说明化合物的极性呢?

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发表于 Post on 2015-9-16 20:32:28 | 只看该作者 Only view this author
我想算一下溶剂分子(不是溶剂化效应)对过渡态的HOMO和LUMO轨道的影响,我能算出气相过渡态的HOMO和LUMO,然后再过渡态的旁边放一个溶剂分子之后计算轨道么?这样做有意义么?

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发表于 Post on 2015-9-16 20:53:55 | 只看该作者 Only view this author
过渡态的自旋多重度是不是必然和原料或产物的一样呢?

如果不一样,我找到过渡态之后能不能直接在这个结构的基础上算该结构不同自选多重度下的能量,以此寻找到合适的自选多重度

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-16 22:51:48 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-9-16 18:26
请问除了偶极矩还有性质可以说明化合物的极性呢?

对于小分子,整个体系的偶极矩才能反映极性。因为整体的偶极矩只是对体系电荷分布的最低阶的描述。
比如一个对称体系,可能两部分的极性是相反的,但是整体偶极矩也是0。
可以用原子电荷、片段的偶极矩、分子表面静电势分布等等来更全面地反映极性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-16 22:53:43 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-9-16 20:32
我想算一下溶剂分子(不是溶剂化效应)对过渡态的HOMO和LUMO轨道的影响,我能算出气相过渡态的HOMO和LUMO, ...

可以,但有可能HOMO、LUMO一定程度上跑到溶剂分子上,这种情况溶剂分子就不单单体现一个环境效应了,如果经过测试确实明显存在这个问题,应当把溶剂分子用背景电荷或者更高级的有效片段势方法来体现。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-16 22:58:10 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-9-16 20:53
过渡态的自旋多重度是不是必然和原料或产物的一样呢?

如果不一样,我找到过渡态之后能不能直接在这个结 ...

要看具体情况。

每个自旋多重度都有对应的势能面,上面都有过渡态,而反应过程中可能不同自旋多重度的势能面会发生交叉。比如反应物基态的自旋多重度是1,那么会有可能到了产物的时候基态的自旋多重度就是3了,而1则成了产物结构下的激发态。可能同时会有自旋多重度为1和为3的过渡态,结构有所不同。如果你要找出这个过程中能量最低的过渡态,那你得在这两种自旋多重度下都尝试找出来过渡态看谁的能量低。
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发表于 Post on 2015-9-17 09:41:36 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!我读的文献中,γ-Al2O3(1 0 0)或(1 1 0)表面会有几种Al原子: tetrahedral Al (AlO4; Al tetra), pentahedral Al (AlO5; Al pen), 以及octahedral Al (AlO6; Al octa)。请问这些Al原子具体是如何区分开来的,是单凭肉眼观察看出来的么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-17 15:59:53 | 只看该作者 Only view this author
EITian 发表于 2015-9-17 09:41
老师您好!我读的文献中,γ-Al2O3(1 0 0)或(1 1 0)表面会有几种Al原子: tetrahedral Al (AlO4; Al te ...

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发表于 Post on 2015-9-22 16:52:29 | 只看该作者 Only view this author

"前线轨道理论给出的图像见下图.即分子A和B的HOMO中的电子分别流向对方的未占LUMO,从而引起化学键的生成和断裂,发生化学反应.只有分子A(或B)的HOMO与分子B(或A)的LUMO的能量比较接近,对称性也互相匹配时,才容易发生电子的流动."

菜鸟问题,我看到这个说法,我想说明实验氢键使得反应物a的homo和lumo轨道能量变化。

我在一些帖子看到这样的说法:把水和A通过氢键连接,算出其能量和轨道能量,用这个结构的前线轨道去对比,而是不是用a的。请问这样对么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-22 17:38:18 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-9-22 16:52
"前线轨道理论给出的图像见下图.即分子A和B的HOMO中的电子分别流向对方的未占LUMO,从而引起化学键的生成 ...

看不到图。
对于讨论氢键问题,我不建议用轨道模型。因为氢键的主要本质就是正负电荷吸引的静电作用,就用最简单的静电的观点考察就行了,完全没必要引入轨道的概念。而且用轨道来讨论,抓不住最关键的物理本质。
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发表于 Post on 2015-9-23 08:39:34 | 只看该作者 Only view this author
请教Sob老师,不同计算方法的ZPE scaling factor到哪里查?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-23 14:27:16 | 只看该作者 Only view this author
vangogh 发表于 2015-9-23 08:39
请教Sob老师,不同计算方法的ZPE scaling factor到哪里查?

常用的三个来源见此文
谈谈谐振频率校正因子
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发表于 Post on 2015-10-3 11:51:51 | 只看该作者 Only view this author
请问对于def2-TZVP基组,什么情况下可以用阉割版def2-TZVP(-f),什么情况下必须用完整版def2-TZVP呢?这与所用泛函有关呢?还是与原子序数有关,还是与所要计算的性质,能量,几何,电荷等等有关?

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