简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

lastzealot · 发表于 Post on 2015-7-17 18:34:03

请问sob老师，一般计算出的焓变自由能变和实验值相差多少可以接受
谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-17 19:38:33

lastzealot 发表于 2015-7-17 18:34
请问sob老师，一般计算出的焓变自由能变和实验值相差多少可以接受
谢谢老师

这没法一概而论。
比如计算pka时需要计算电离过程的自由能变，相差1.36kcal/mol算出来的pka就相差一个单位，所以要求很高。
还有计算构象分布的时候也是，如果两个构象能量很接近，自由能差稍微算不准的话，构象分布误差也很大。

反之如果你计算一个化学反应的自由能变，本身反应前后数值就能差比如80kcal/mol，那么差个4、5kcal/mol相对来说都不是什么问题。

lastzealot · 发表于 Post on 2015-7-17 22:04:57

sobereva 发表于 2015-7-17 19:38
这没法一概而论。
比如计算pka时需要计算电离过程的自由能变，相差1.36kcal/mol算出来的pka就相差一个 ...

谢谢sob老师，我计算的结果其实相差不止这么一点，但是趋势是对的，利用趋势可以说明稳定性的大小。
请问这种情况可以发文章吗

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-17 22:15:43

lastzealot 发表于 2015-7-17 22:04
谢谢sob老师，我计算的结果其实相差不止这么一点，但是趋势是对的，利用趋势可以说明稳定性的大小。
请 ...

可以

lastzealot · 发表于 Post on 2015-7-17 22:17:09

sobereva 发表于 2015-7-17 22:15
可以

谢谢老师，我就等着这句话呢
不然一直很郁闷
这回放心了

zidu113 · 发表于 Post on 2015-7-18 10:58:24

谢谢Sob老师，

，有点不好意思，又有简单问题要麻烦请教您。请问：
1）BOMD与traj这两个关键词在gaussian中有什么区别？
2）为什么gaussviewer中没有bomd这个关键词（gaussviewer的calculition setup 的Job type中看起来有BOMD选项，但是实际是traj）？
3）BOMD与traj这两个关键词在输入文件的要求以及最终的结果有什么不同？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-18 11:45:00

zidu113 发表于 2015-7-18 10:58
谢谢Sob老师，，有点不好意思，又有简单问题要麻烦请教您。请问：
1）BOMD与traj这两个关键词在gaus ...

没有traj关键词
BOMD关键词里面倒是有ntraj关键词，来决定BOMD模拟过程总共跑几次轨迹
别管gview，很多关键词在它的图形界面里根本没有，必须自己设定

高斯里做从头算动力学的就两个关键词，BOMD和ADMP

zidu113 · 发表于 Post on 2015-7-18 12:00:48

本帖最后由 zidu113 于 2015-7-18 12:06 编辑

sobereva 发表于 2015-7-18 11:45
没有traj关键词
BOMD关键词里面倒是有ntraj关键词，来决定BOMD模拟过程总共跑几次轨迹
别管gview，很多 ...

奥，谢谢老师的及时解答，确实向您说的，我在高斯说明书里也没有找到traj关键词，可是我在gview的calculition setup 的Job type中看到有BOMD选项，可是选择该BOMD选项后，关键词显示是traj，而不是BOMD。
我使用以下输入：
%chk=ret.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# traj hf/3-21g geom=connectivity
在g09里也能跑计算，所以我不知道这个 traj 和BOMD有什么区别？
麻烦sobereva 老师了。

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-18 13:18:51

zidu113 发表于 2015-7-18 12:00
奥，谢谢老师的及时解答，确实向您说的，我在高斯说明书里也没有找到traj关键词，可是我在gview的calculi ...

别管gview
按手册里的写

zidu113 · 发表于 Post on 2015-7-18 14:42:00

sobereva 发表于 2015-7-18 13:18
别管gview
按手册里的写

好的，谢谢sobereva 老师

刘星 · 发表于 Post on 2015-7-20 09:14:42

老师，您好。我现在做一个反应的量化计算。已知的是甲醇和二氧化氮的总包反应式，高斯软件计算的是基元反应，所以，老师，如何从总包反应中得到基元反应？我是非化学专业出身，所以，问题可能有时候比较Low.。请谅解。

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-20 10:59:04

刘星发表于 2015-7-20 09:14
老师，您好。我现在做一个反应的量化计算。已知的是甲醇和二氧化氮的总包反应式，高斯软件计算的是基元反应 ...

你得根据化学直觉和相关的文献去猜出其中的各个基元反应，然后依次用高斯计算。

huanyizhen · 发表于 Post on 2015-7-21 09:06:11

老师：将六肽二聚体一条链上的一个赖氨酸的-NH2质子化变成-NH3后，两者之间的binding energy会减小约20kcal/mol（变得更负了）。请问这样的现象该如何解释呢？有相关解释现象的文献吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-21 09:57:46

huanyizhen 发表于 2015-7-21 09:06
老师：将六肽二聚体一条链上的一个赖氨酸的-NH2质子化变成-NH3后，两者之间的binding energy会减小约20kcal ...

不看结构不好说。
比如考虑是否增加了静电互斥之类

vigaryang · 发表于 Post on 2015-7-21 22:41:50

请问老师，对于一些比较大的计算任务，如果想用两个服务器节点计算同一个任务，是不是一定要安装linda版本的Gaussian？我在网上找了很久这个版本都没找到。

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