简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

dingniu2 · 发表于 Post on 2016-9-25 15:35:07

请问老师，在做RDG散点图和等值面图对比分析时有几个问题:
1.有些spike未未完全戳到底也有意义，但有些spike距离底部x轴特别远，在y轴0.5以上才有，这样是否不算spike呢？spike是否要戳到y轴0.5以下才好呢？
2.横坐标正负0.005内区域为范德华相互作用，请问老师强氢键、弱氢键、静电大致范围大概是多少？
3.如果在散点图上小于 -0.01有spike，而在等值面图上没有蓝色区域该如何解释？

chengxing545946 · 发表于 Post on 2016-9-25 17:00:35

请问老师，用传统过渡态计算反应速率时，公式中的反应路径简并度这个值如何确定？

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-25 20:58:01

chengxing545946 发表于 2016-9-25 17:00
请问老师，用传统过渡态计算反应速率时，公式中的反应路径简并度这个值如何确定？

看此文Theor Chem Account (2007) 118:813–826

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-25 21:00:40

dingniu2 发表于 2016-9-25 15:35
请问老师，在做RDG散点图和等值面图对比分析时有几个问题:
1.有些spike未未完全戳到底也有意义，但有些spi ...

1 那些离底部很远的就不管了
2 没有确切范围，只是程度问题。蓝的是强氢键、卤键等静电主导的吸引作用，色散占的比例小；淡氢是弱氢键、弱卤键等，色散也占一定比例但没静电大。
3 没具体例子不好说

2732020942 · 发表于 Post on 2016-9-26 21:37:07

高斯软件优化图后怎么抓图

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-9-26 22:35:22

“高斯软件优化图后”啥意思。句子不通表意不明

1130240115 · 发表于 Post on 2016-9-26 23:15:03

如果想获得图片，file-save image file可以获得很清晰的png图片文件。

下午茶 · 发表于 Post on 2016-9-27 16:37:19

各位大神，怎么用cubegen计算静电势呀？谢谢

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-9-27 16:44:58

http://sobereva.com/253
http://sobereva.com/196

下午茶 · 发表于 Post on 2016-9-27 17:31:47

小范范1989 发表于 2016-9-27 16:44
http://sobereva.com/253
http://sobereva.com/196

谢谢，但是我的分子太大，用这两种方法都不行

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-9-27 20:42:30

下午茶发表于 2016-9-27 17:31
谢谢，但是我的分子太大，用这两种方法都不行

分子到底有多大，是什么体系、量化是什么水平算的、试过哪些方法，不行是怎么不行都说清楚。非要别人回答了才说。。。

下午茶 · 发表于 Post on 2016-9-27 21:30:33

Now we invoke cubegen to calculate ESP at these points. Run the command like below in
MS-DOS/Linux/Mac OS X command-line window. (Beware that the N-phenylpyrrole.fch
provided herein may or may not be incompatible with your cubegen version)
cubegen 4 potential N-phenylpyrrole.fch result.cub -5 h < cubegenpt.txt
where the argument 4 means using 4 threads for parallel calculation; potential means calculating
ESP; -5 means the points to be calculated are inputted by users manually or redirected in from an
external file (cubegenpt.txt in this case); h means the output file, namely result.cub, will be a
formatted plain text file. For more detail about cubegen utility please consult Gaussian manual.大神，别生气嘛，能帮我看看这段话怎么在MS-DOS/Linux/Mac OS X command-line window.生成.cub文件吗？谢谢啦！这是Multiwfn手册4.12.7节的内容.

shangfang · 发表于 Post on 2016-9-27 21:51:45

老师，您好。
我看了好多遍高斯手册也没弄明白guess=only到底是什么意思。。做cas的时候首先用savenbos保存自然轨道找符合的轨道，加上guess=only和不加此命令，可视化后的轨道排布截然不同，这是为什么呢？
另外，可视化轨道后右侧本该表示能量的那一列上的数字是什么意思，不太明白。。。。

小书童 · 发表于 Post on 2016-9-27 22:18:07

B2PLYP/def2-tzvp计算单点能，报错如下 Leave Link  801 at Tue Sep 27 09:15:07 2016, MaxMem=  2147483648 cpu:       4.4
(Enter /home/g09/g09/l906.exe)
DoSCS=T DFT=T ScalE2(SS,OS)=  0.270000  0.270000
FulOut=F Deriv=F AODrv=F NAtomX= 33
MMem=       55  MDisk=       55 MDiskD=       55
  W3Min= 38740020 MinDsk= 38052153 NBas6D=       948
NBas2D=    451950 NTT=    449826 LW2=    2000000
MDV=  2144064401 MDiskM=    11297 NBas2p=    168296
Fully direct method using O(OVN) memory.
IMap= 1 2 3 4 5 6 7 8 9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
IMap=  21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
IMap=  41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55
Internal consistency failure #1 in GetIJB.
Error termination via Lnk1e in /home/g09/g09/l906.exe at Tue Sep 27 09:15:08 2016.
请问老师这个是为什么，该如何解决？多谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-27 22:31:55

不要同时在群里和论坛里问同样的问题，要不然得回复两遍！（除非其中一个地方问了之后24小时之内没人回复）
@下午茶

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