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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-9-20 10:42:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-19 20:47
很难算,看此贴
http://bbs.keinsci.com/thread-2516-1-1.html

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-9-20 10:47:45 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好,请问对于单电子转移反应,产物有负离子生成,计算热力学量。优化(包括优化至过渡态),振动分析(获得热力学校正量),跑irc,均是用M062X/6-311G(d,p),然后在M062X/6-311++G(d,p)下算单点,感觉基组是不是很奇怪,二者只差了弥散,前面把弥散去了是为了节省时间,但是不知道在产物有负离子时去掉弥散对结果会不会有很大影响。

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发表于 Post on 2016-9-20 10:55:18 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2016-8-30 09:16
scf=xqc 本身如果要添加,则说明SCF不收敛;你如果算freq 不同样加scf=xqc,那SCF估计还会不收敛的。楼主可 ...

谢谢 我试试

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发表于 Post on 2016-9-20 14:19:16 | 只看该作者 Only view this author
用cas计算的,最后的错误是什么意思呢。。。第一次碰到

QQ截图20160920141853.png (9.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

QQ截图20160920141853.png

foxv.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-20 16:14:11 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-9-20 10:47
Sob老师,您好,请问对于单电子转移反应,产物有负离子生成,计算热力学量。优化(包括优化至过渡态),振 ...

优化、振动分析这类,即便是阴离子体系,去掉弥散也无大碍
算单点时候应当更好点,比如ma-TZVP。给氢原子加弥散的效果只有浪费时间。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-20 16:15:14 | 只看该作者 Only view this author
shangfang 发表于 2016-9-20 14:19
用cas计算的,最后的错误是什么意思呢。。。第一次碰到

这牵扯到程序很内部的算法和提示,只有开发者知道,可以问客服
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发表于 Post on 2016-9-21 08:11:29 | 只看该作者 Only view this author
最近实践证明,使用数值法来优化构型尤其原子数越来越大的体系是很难让其MAX force收敛的从而很难得到稳定的分子几何构型,一天也优化不出来几个稳定的构型,甚是苦恼。请问老师们,针对使用数值法优化结构有没有什么技巧和方法,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-21 08:48:33 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2016-9-21 08:11
最近实践证明,使用数值法来优化构型尤其原子数越来越大的体系是很难让其MAX force收敛的从而很难得到稳定 ...


数值法具体指什么?
凡是几何优化算法原理上皆是多维函数的数值优化方法
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发表于 Post on 2016-9-21 09:03:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-21 08:48
数值法具体指什么?
凡是几何优化算法原理上皆是多维函数的数值优化方法

应该是有限元法吧,我是借用optking程序来产生结构,然后调用自己的势能函数来做能量梯度。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-21 09:52:10 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2016-9-21 09:03
应该是有限元法吧,我是借用optking程序来产生结构,然后调用自己的势能函数来做能量梯度。

有限元不是优化结构用的
优化用的算法这里有介绍http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=105
这些方法对大、小体系都适用。
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发表于 Post on 2016-9-21 10:27:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-20 16:14
优化、振动分析这类,即便是阴离子体系,去掉弥散也无大碍
算单点时候应当更好点,比如ma-TZVP。给氢原 ...

给def2tzvp加ma弥散的方法我看了博文后是这么做的,请老师帮我看下对不对,我先从emsl上拷下def2tzvp的定义,然后粘贴到编辑器里,再从左侧找到aug-cc-pvtz diffuse选项,得到cc-pvtz的弥散定义,对应的加到def2tzvp下面(只保留了s和p的弥散),这样做对吗?还需要哪里注意

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-21 10:37:01 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-9-21 10:27
给def2tzvp加ma弥散的方法我看了博文后是这么做的,请老师帮我看下对不对,我先从emsl上拷下def2tzvp的定 ...


你那么做虽然也可以,也没什么问题,但不是ma-TZVP的准确获得方式。因为ma-不是直接从aug上借过来s,p弥散的指数
你直接去这里拷ma-TZVP定义就完了:
https://comp.chem.umn.edu/basissets/basis.cgi
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发表于 Post on 2016-9-21 11:05:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-21 10:37
你那么做虽然也可以,也没什么问题,但不是ma-TZVP的准确获得方式。因为ma-不是直接从aug上借过来s,p弥 ...

是不是都需要用双精度浮点数的表示法,比如需要写为下面那种形式
-H     0                                          
S   3   1.00
     34.0613410              0.60251978E-02   
      5.1235746              0.45021094E-01   
      1.1646626              0.20189726      
S   1   1.00
      0.32723041             1.0000000        
S   1   1.00
      0.10307241             1.0000000   

   
-H     0                                          
S   3   1.00
      0.3406134100D+02              0.6025197800D-02   
      0.5123574600D+01              0.4502109400D-01   
      0.1164662600D+01              0.2018972600D0  
S   1   1.00
      0.3272304100D0             0.1000000000D+01        
S   1   1.00
      0.1030724100D0             0.1000000000D+01   

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-21 12:42:52 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-9-21 11:05
是不是都需要用双精度浮点数的表示法,比如需要写为下面那种形式
-H     0                             ...

这倒不必
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发表于 Post on 2016-9-21 22:14:29 | 只看该作者 Only view this author

M062X frequency scale factor

基函数是ccpv-tz, 不知道这个method有没有用frequency scale factor的。
目前的问题是用CBS-QB3和m062x方法算两个分子的相对能量结果不一致,E和H的趋势一致,但是G就不一样了,所以可能是S的不同导致结果不同。
CBS里应该用了freq scale,但是Gaussian默认的M062X是不带scale的,所以想问问能不能手动加上或去掉scale factor,使结果一致。
谢谢帮助!

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