计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

2161#
发表于 Post on 2016-9-21 22:24:03 | 只看该作者 Only view this author

24

帖子

0

威望

156

eV
积分
180

Level 3 能力者

2162#
发表于 Post on 2016-9-21 22:51:47 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-9-21 22:24
ccpv-tz是什么鬼畜的写法

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3805&extr ...

谢大神!
应该是cc-pvtz, 嘿嘿

104

帖子

2

威望

3243

eV
积分
3387

Level 5 (御坂)

2163#
发表于 Post on 2016-9-22 00:21:56 | 只看该作者 Only view this author
看到Sob老师帖子说用DFT-D3计算弱相互作用的基组须加弥散,至少须用到6-31+G**的水平。我的问题是:对于一个分子的不同结构片段间可能存在弱相互作用的体系,如果要做单个分子的几何优化是否也须用加弥散的基组?我看到文献中对类似的分子是在BLYP-D3/def2-TZVP水平做的优化。我的分子要比此文献的大,能否用小点的基组,如TZVP,甚至6-31G(d)?如果必须用大的基组优化,那么频率计算得用什么水平的基组?问题有点多,不好意思。先谢了!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

2164#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-22 01:15:46 | 只看该作者 Only view this author
wxy 发表于 2016-9-22 00:21
看到Sob老师帖子说用DFT-D3计算弱相互作用的基组须加弥散,至少须用到6-31+G**的水平。我的问题是:对于一 ...


即便是色散作用主导的,几何优化是3-zeta也就够了
def2-TZVP用来优化完全不划算,6-311G**优化结果已经不错了。
色散主导的,6-31G*优化就太烂了。静电主导的,6-31G*优化没问题。如果牵扯氢键用6-31G**或def2SVP优化。
频率和优化一致。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

104

帖子

2

威望

3243

eV
积分
3387

Level 5 (御坂)

2165#
发表于 Post on 2016-9-22 09:43:47 | 只看该作者 Only view this author
明白了。非常感谢Sob老师及其团队的耐心指导!

45

帖子

0

威望

95

eV
积分
140

Level 2 能力者

2166#
发表于 Post on 2016-9-22 10:47:07 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好。
我做CAS经常碰到scf迭代不收敛的情况,通过您的指点也明白了这样的错误。
但是有的任务maxcycle设置到很大,很是出现scf迭代不收敛的情况,这时候该怎么办呢。
我也发现好像是计算的能量一直在震荡,这时候应该怎么解决呢。

11.png (24.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

11.png

1.gjf

147 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

1.log

112.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

2167#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-22 11:51:13 | 只看该作者 Only view this author
shangfang 发表于 2016-9-22 10:47
老师,您好。
我做CAS经常碰到scf迭代不收敛的情况,通过您的指点也明白了这样的错误。
但是有的任务maxc ...

通过换基组,或者换初猜(比如较小基组收敛后当大基组的初猜),或者调整活性空间设置等等
Gaussian的CASSCF收敛做得很一般,molpro、molcas这些专业CAS的程序收敛性更好。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

45

帖子

0

威望

95

eV
积分
140

Level 2 能力者

2168#
发表于 Post on 2016-9-22 22:00:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-22 11:51
通过换基组,或者换初猜(比如较小基组收敛后当大基组的初猜),或者调整活性空间设置等等
Gaussian的CA ...

好的,谢谢老师

97

帖子

0

威望

337

eV
积分
434

Level 3 能力者

2169#
发表于 Post on 2016-9-23 14:15:58 | 只看该作者 Only view this author
你好, 老师

我想用TDC的方法计算transition density, input file类似如下,

%chk=xxx.chk
%mem=20GB
%nproc=8
# geom=allcheck guess=(read,only) density=(checkpoint,transition=1) cube=full

xxxx.cub

但是正常运行结束后, gview打开output file, 在results-->surfaces/contours里面总是显示total density, 而不是期望的transition density, 不知道错在哪里, 请指教?

ps, xxx.chk是基于优化的基态后运行TDDFT所得。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

2170#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-23 15:01:17 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2016-9-23 14:15
你好, 老师

我想用TDC的方法计算transition density, input file类似如下,


绘制跃迁密度要用multiwfn,看Multiwfn手册4.18.1节的例子(Analyze transition density and transition dipole moment那一小节后面专门讨论这个)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

53

帖子

0

威望

169

eV
积分
222

Level 3 能力者

2171#
发表于 Post on 2016-9-23 15:29:37 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好,有个关于重组能的问题不是很清楚,看了博文“使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子”关于重组能(reorganization energy)的计算,最近看见好几篇文献使用Marcus理论计算单电子转移反应,λ=ΔE-ΔG,请问这样也是对的吗?比如这篇文献

图片1.png (114.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

重组能的计算

重组能的计算

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

2172#
发表于 Post on 2016-9-24 20:52:11 | 只看该作者 Only view this author

quantum theory of atoms in molecules (QTAIM)

想了解quantum theory of atoms in molecules (QTAIM)  求相关链接及文献,越详细越好!自己没有搜到详细资料,谢谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

2173#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-24 22:18:01 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-9-24 20:52
想了解quantum theory of atoms in molecules (QTAIM)  求相关链接及文献,越详细越好!自己没有搜到详细资 ...

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

43

帖子

0

威望

1650

eV
积分
1693

Level 5 (御坂)

2174#
发表于 Post on 2016-9-25 11:48:52 | 只看该作者 Only view this author
现在高斯09说明书中,output关键词后面可以选择输出wfn和wfnx,请问wfx和wfnx有啥区别,wfnx可以导入Multiwfn分析吗?谢谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

2175#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-25 14:53:14 | 只看该作者 Only view this author
zycz138 发表于 2016-9-25 11:48
现在高斯09说明书中,output关键词后面可以选择输出wfn和wfnx,请问wfx和wfnx有啥区别,wfnx可以导入Multiw ...


wfn就是wfx
差异看此文第三节
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 10:52 , Processed in 0.177780 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list