简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-10-20 21:59:07

本帖最后由 fankui1990129 于 2015-10-20 22:11 编辑

请问这个错误一般时什么原因造成的
EOF while reading ECP pointer card.
Error termination via Lnk1e in /home-gg/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l301.exe

顺便问一下什么地方整理了这些常见的错误，并列出解决方法呢？ps：我找了几个，貌似不是很全

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-20 23:36:02

fankui1990129 发表于 2015-10-20 21:59
请问这个错误一般时什么原因造成的
EOF while reading ECP pointer card.
Error termination via Lnk1e i ...

一看英文就知道什么原因，明显是读取ECP定义的时候初的错，检查这部分格式。

哈哈宝 · 发表于 Post on 2015-10-21 08:29:55

sobereva 发表于 2015-10-20 17:04
可以。合理
但如果没特殊必要（比如对Sb必须用小核赝势），Sb和Er都有SDD就完了，没必要分开。

非常感谢Sob老师

zhanfei · 发表于 Post on 2015-10-21 10:55:49

sennsei您好，如果想做一个类似几何优化的优化，变几何结构优化其他目标函数，分成几个小组，组间和每个组内结构分别变化，并且使用数值梯度，想参照下类似情形的量化程序几何优化的代码，哪个开源的程序会更适合参考？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-21 18:29:00

zhanfei 发表于 2015-10-21 10:55
sennsei您好，如果想做一个类似几何优化的优化，变几何结构优化其他目标函数，分成几个小组，组间和每个组 ...

这个我倒觉得没必要参考现有的代码，毕竟算法上容易。反倒是看现有的程序，看不着什么有用的，搞懂其代码还很花功夫。
就是用常用的牛顿法、最陡下降法之类优化就行了。
但是你说的分几个小组，目的和具体实现方式我就不清楚了。

zhanfei · 发表于 Post on 2015-10-21 18:53:07

本帖最后由 zhanfei 于 2015-10-21 18:58 编辑

sobereva 发表于 2015-10-21 18:29
这个我倒觉得没必要参考现有的代码，毕竟算法上容易。反倒是看现有的程序，看不着什么有用的，搞懂其代 ...

谢谢sennsei 优化算法上很容易直接找个优化算法包就行，我是想看看几何坐标变化时候有什么讲究没有，因为平时做几何优化的时候我们一般不会设置原子的变动范围，也不清楚分组后组内相对位置变化和自由变化的时候有什么区别。分组的话就是类似配合物的配体之间的相对位置和配体内部各原子的相对位置这种情形。

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-21 19:14:56

zhanfei 发表于 2015-10-21 18:53
谢谢sennsei 优化算法上很容易直接找个优化算法包就行，我是想看看几何坐标变化时候有什么讲究没有，因为 ...

按照那些现成的算法计算原子移动矢量就行了。至于你说的变动范围，高斯几何优化里有置信半径这东西，就是发现步长超过置信半径了，就把位移矢量乘上那个因子使得移动的步长恰好设定的置信半径。

还是不清楚你说的分组的意思。分组的目的是什么？

zhanfei · 发表于 Post on 2015-10-22 00:27:55

sobereva 发表于 2015-10-21 19:14
按照那些现成的算法计算原子移动矢量就行了。至于你说的变动范围，高斯几何优化里有置信半径这东西，就是 ...

谢谢sennsei。分组的目的就是让比较刚性的部分像联吡啶这种部分变动很小，但是由于实验精度又需要让它变动，我只是想知道类似这种配体结构变化的合理范围。因为查不到这类研究的文献，就想看看这些软件在几何优化设分组后，分组内的原子相对位置变化范围。比如我在orca中金属配合物按配体分组后，配体和中心原子的相对位置变化比较明显，配体内相对位置变化很小。

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-22 01:09:55

zhanfei 发表于 2015-10-22 00:27
谢谢sennsei。分组的目的就是让比较刚性的部分像联吡啶这种部分变动很小，但是由于实验精度又需要让它变 ...

每个组的原子怎么变动是自发的啊，会优化到极小点。本身柔性小的组自然而然也就不会有多大变化。

限制性优化能让某个组的结构不变，但你又允许它变，故不算限制性优化。

如果是想在优化到极小点过程中，刻意让某些组的结构变动比较小，那就只能增加个限制势了。

vangogh · 发表于 Post on 2015-10-22 09:47:22

Sob老师，我有一个碳笼，输入卡如下：
%nprocshared=20
%mem=12GB
# opt b3lyp/gen  pseudo=read  nosymm

Lu3N

0 1
N                -1.25137900 0.04856800 -0.01870900
C                -1.42037800 1.87632300 -3.67380100
C                -1.48885900 0.51181500 -4.10488700
C                -0.05725200 2.17010200 -3.32655600
C                2.12366700 2.12970500 0.63983900
C                1.14614200 -1.63006300 2.81102700
C                3.18686900 -0.16652000 -0.01944800
C                1.96983600 -1.77505600 1.64338300
C                5.10296100 -2.74514700 0.22185100
C                -1.12918700 -1.78014800 3.65034200
C                0.25735600 3.77063400 0.57368700
C                5.37749500 2.96807100 1.01494900
C                2.13457700 0.42864100 2.33659000
C                -2.48584000 -2.07192200 3.28837000
C                4.98063100 -3.55039400 -0.92301400
C                4.74230000 -0.22905100 -0.02854800
C                -3.97177900 -3.05073900 0.01541300
C                1.08930000 -2.72491600 -1.83819200
C                -4.54770300 1.90990200 -1.66861800
C                -2.51773500 2.50838700 -3.00179900
C                -4.51182800 2.48162100 0.69582900
C                5.39501500 2.24423600 -0.18776400
C                -2.77828000 -2.98390400 2.23025800
C                -4.18941200 2.84266700 -0.64451200
C                -0.10349900 -3.50678500 -1.59750400
N                5.61920800 0.80799900 -0.11995300
C                1.35563700 2.80526100 -1.44988700
C                2.20802600 -0.73612500 -2.46202900
C                5.36284200 2.86233800 -1.44770200
C                -0.33672600 -3.40384900 2.00137000
C                6.92125700 0.32512300 -0.09235100
C                2.12304900 1.58288300 -1.63524200
C                0.02415300 3.45366900 1.97041100
C                -3.71427500 1.83541200 2.78796700
C                5.16073900 5.01678600 -0.30403700
C                4.65029800 -4.89454800 -0.72845900
H                4.53390000 -5.53220400 -1.60128100
C                -3.04846100 3.67205900 -0.85843200
C                -1.05258000 -0.39457300 4.06188500
C                -5.16587300 0.63477400 -1.35867600
C                4.66729900 -4.61096600 1.65641700
H                4.56292400 -5.02518700 2.65617300
C                4.99739000 -3.25912500 1.52519300
N                5.50284300 -1.35678900 0.05933800
C                -5.40703100 -1.18870700 0.32986100
C                -1.69845200 -3.68071700 1.62557400
C                -1.71897100 -4.01869900 0.22502100
C                -4.67237300 -0.32240600 -2.34051400
C                -3.34294700 -2.34509600 -2.63738400
C                -2.46953400 -1.64614000 -3.54809700
C                -2.65763000 -0.26838700 -3.84405100
C                0.04946300 -1.43861600 -3.68679900
C                -0.84427800 4.12173200 -0.25094100
C                -2.19705200 4.04625300 0.23896000
C                1.61814600 -2.71274300 0.61985900
C                -0.86227200 3.78714800 -1.65550800
C                1.36559000 3.13537000 -0.06379100
C                2.60813300 -0.52872800 1.37140000
C                -2.56951500 1.51728500 3.58799500
C                -3.66691500 2.86770000 1.79121200
C                -2.38811900 0.15359500 3.94724000
C                0.21990300 3.08814600 -2.26116200
C                -2.22046600 3.49938200 -2.02283900
C                0.76100900 0.99178100 -3.57247400
C                -0.14924500 -0.05330500 -4.04142000
C                -1.20935900 -3.26652700 -2.45875700
C                0.48398400 -3.53744800 0.82506600
C                -0.01728900 1.85372100 3.72070200
C                2.60271800 1.19262400 -0.33758000
C                2.56980200 -1.09658600 -1.09477600
C                1.89943300 -2.30526000 -0.73252100
C                -2.55448300 -3.34909300 -1.96642000
C                -3.78816400 0.37663400 -3.24532900
C                -3.71749000 1.74539300 -2.82832200
C                -2.82077300 -3.67982400 -0.60498800
C                5.23354600 4.25373000 -1.47443900
H                5.18920800 4.75279500 -2.43932800
C                5.25089900 4.35713800 0.92608100
H                5.22125600 4.93670500 1.84553300
C                -5.50439200 0.24294900 -0.00652300
C                4.46735600 -5.43827100 0.54714400
C                -4.46749000 -1.70292100 -2.00457300
C                -4.87394800 -2.14195800 -0.67405200
C                -2.46638400 3.60744900 1.56431100
C                -4.77169500 -1.54178800 1.60479800
C                -3.27037200 -0.88053800 3.47402800
C                -0.36482700 -3.93555700 -0.26958900
C                1.25341800 -1.77965700 -2.92630500
C                -1.33824400 3.32937700 2.42362900
C                -4.36636500 -0.57168300 2.60535600
C                -5.10055300 1.19276600 1.00254800
C                -4.58749800 0.79964200 2.30215200
C                -1.38065200 2.33769400 3.46712800
C                -1.14398200 -2.21054700 -3.44383300
C                0.13785000 0.40573300 3.92399600
C                6.84736200 -1.02054600 0.01908700
H                7.61083200 -1.77982500 0.07576900
C                1.92994100 0.68627200 -2.76075600
C                -0.04363300 -2.40748500 2.97416100
C                -3.92692700 -2.69273900 1.40242000
C                0.87634200 2.56054800 2.76020300
C                1.23522100 -0.26261700 3.25698200
C                1.92083300 1.83077700 2.03724300
C                4.05060700 -6.87846900 0.72219300
H                2.95670000 -6.95875300 0.76581900
H                4.39146300 -7.50071400 -0.11160900
H                4.44590100 -7.30197300 1.65133700
C                5.21908400 -3.01492200 -2.31460300
H                4.50748200 -2.22397100 -2.57303300
H                6.22778900 -2.59604700 -2.42018900
H                5.11338800 -3.81415900 -3.05290100
C                5.26579500 -2.41454200 2.74785100
H                6.30517400 -2.06214000 2.77321300
H                4.61543500 -1.53474100 2.78100500
H                5.09093900 -2.99496300 3.65751700
C                4.97070000 6.51300700 -0.36794700
H                5.42919600 6.93872900 -1.26651000
H                3.90276200 6.76593700 -0.39503900
H                5.40228900 7.01106800 0.50628200
C                5.51142200 2.29012200 2.35827900
H                5.44576300 3.02498400 3.16485700
H                4.72440900 1.54707600 2.52354900
H                6.47506300 1.77382400 2.45644600
C                5.48097300 2.07467200 -2.73056400
H                4.66082400 1.35867600 -2.84557900
H                5.45503200 2.74576300 -3.59315000
H                6.42059800 1.50991300 -2.77641500
H                7.76218200 0.99700100 -0.15263100
Lu                0.14842800 -0.23369400 -1.49811800
Lu             -0.33984000 0.95765500 1.58338500
Lu             -3.21407400 -0.50976900 -0.10115800

C H N 0
6-31G*
*****
Lu 0
SDD
*****

Lu 0
SDD
算出来原子价态好像不对：

Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms:
            1
   1  N -0.934600
   2  C -0.044383
   3  C -0.038403
   4  C -0.048133
   5  C -0.040624
   6  C -0.042880
   7  C -0.005739
   8  C -0.021206
   9  C 0.040762
10  C -0.023279
11  C 0.034667
12  C 0.218453
13  C -0.074456
14  C -0.048723
15  C 0.234364
16  C 0.462228
17  C -0.085009
18  C -0.098448
19  C -0.036597
20  C 0.078370
21  C -0.023673
22  C 0.036615
23  C 0.074834
24  C 0.049029
25  C 0.057449
26  N -0.420830
27  C -0.033144
28  C -0.052065
29  C 0.218259
30  C -0.036781
31  C 0.177976
32  C -0.073157
33  C -0.077174
34  C -0.024211
35  C 0.225148
36  C -0.136605
38  C -0.030193
39  C -0.073596
40  C -0.094941
41  C -0.137429
43  C 0.228461
44  N -0.480286
45  C -0.044135
46  C -0.044505
47  C -0.033821
48  C -0.085099
49  C -0.043925
50  C -0.031518
51  C 0.052445
52  C -0.014807
53  C -0.031097
54  C -0.045504
55  C 0.050417
56  C -0.027800
57  C -0.049798
58  C -0.078298
59  C 0.027960
60  C -0.045598
61  C -0.043101
62  C 0.045731
63  C -0.042538
64  C -0.089102
65  C -0.088773
66  C -0.042470
67  C -0.051027
68  C -0.041983
69  C -0.150301
70  C -0.134526
71  C -0.031178
72  C -0.045203
73  C -0.034341
74  C -0.043649
75  C 0.053403
76  C -0.136596
78  C -0.138130
80  C 0.020574
81  C 0.229006
82  C -0.015088
83  C -0.048604
84  C 0.072681
85  C -0.069905
86  C -0.022773
87  C -0.033130
88  C -0.059908
89  C -0.088112
90  C 0.021374
91  C -0.087684
92  C -0.045378
93  C -0.073268
94  C -0.041320
95  C 0.006579
96  C 0.314997
97  C -0.004095
98  C 0.053042
99  C -0.083647
100  C -0.048390
101  C -0.103538
102  C -0.033647
103  C -0.021820
107  C -0.032529
111  C -0.028819
115  C -0.019204
119  C -0.011862
123  C -0.012542
128  Lu 0.913030
129  Lu 0.924607
130  Lu 0.988186

Lu应该算+3的，这么出来比较好？

zhanfei · 发表于 Post on 2015-10-22 12:05:27

sobereva 发表于 2015-10-22 01:09
每个组的原子怎么变动是自发的啊，会优化到极小点。本身柔性小的组自然而然也就不会有多大变化。

限 ...

谢谢 sob sennsei 因为我的目标函数是去拟合其他实验数据和势能面极小点不一定是重合的，并不是去找势能面的极小点，所以目标函数优化好的时候可能所处势能面位置可能就不太合理，比如柔性小的组就可能变化略大。但是做多目标拟合的话加个dft单点能甚至加个半经验的计算，计算量都会增加很多，因为拟合中走的步数会很多。请问限制势这个操作有没有现有的文献参考？

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-22 13:23:23

vangogh 发表于 2015-10-22 09:47
Sob老师，我有一个碳笼，输入卡如下：
%nprocshared=20
%mem=12GB

比较长的文件最好直接作为附件发上来。
价态那种概念本来就是人为臆测的，根本没有量化上对应的量，无论是哪种原子电荷计算方法也不可能对得上。你的情况很正常。

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-22 13:28:44

zhanfei 发表于 2015-10-22 12:05
谢谢 sob sennsei 因为我的目标函数是去拟合其他实验数据和势能面极小点不一定是重合的，并不是去找势能 ...

一般就是加个谐振势作为惩罚项，和偏离原先内坐标距离的二次方呈正比，比例系数越大限制程度越高。

zhanfei · 发表于 Post on 2015-10-22 14:10:12

sobereva 发表于 2015-10-22 13:28
一般就是加个谐振势作为惩罚项，和偏离原先内坐标距离的二次方呈正比，比例系数越大限制程度越高。

谢谢 sob sennsei

Maggie · 发表于 Post on 2015-10-23 04:03:15

sob老师，你好。有两个问题想请教一下，麻烦了。
1.用CCSD(T)-f12c计算有机金属化合物中有机物部分的能量时，如果给出的键长过长会导致无法收敛是为什么呢？
PS：这部分能量是unrelaxed without basis set of the other，就是不包含金属那一部分的basis set
2.同样的分子和算法，如果算有机物部分的能量，但是是unrelaxed with basis set of the other part,但是使用aug-cc-pVTZ-pp的话，要去掉ecp的那一部分，是为什么呢？
（抱歉，这些是导师的原话，因为我原来没有学过计算，所以不知道中文的专业表达是什么，就照搬了）。
不知道有没有表达清楚，完全的新手想哭

见谅

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