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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-10-31 22:38:15 | 只看该作者 Only view this author

果然是gaussian 版本问题。多谢sob 老师。

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发表于 Post on 2016-11-1 11:42:58 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好!  我看文献中关于运用Marcus理论计算单电子转移反应的速率常数时,对于重组能的算法不是很理解,希望老师指点一下,不胜感激!

我看的文献中均是用上面ΔE − ΔG公式计算反应重组能的。但我看了您的博文计算重组能需要以下步骤 (a) 优化中性状态结构
(b) 在(a)的结构下算中性状态的能量E1  (c) 在(a)的结构下算阳离子状态的能量E2  (d) 优化阳离子状态结构
(e) 在(d)的结构下算中性状态的能量E3  (f) 在(d)的结构下算阳离子状态的能量E4
重组能为 λ(I)=|E3-E1|  λ(II)=|E2-E4|  λh= λ(I)+λ(II)  
我的问题是:1. 文献中的算法是不是重组能的近似算法?比如文献中的反应A与B•反应,生成A+•以及B- ,是不是拿(生成物的能量-反应物的能量)+(生成物的自由能-反应物的自由能)就可以了?
2.若采用博文中的算法,对于该反应是不是采用以上步骤先求得A到A+•的重组能加上B•到B-的重组能,就等于该反应的重组能?

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发表于 Post on 2016-11-1 16:26:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-29 15:42
确认GAUSS_SCRDIR环境变量设好了,并且那个路径确实存在
如果你不打算直接通过gview调用Gaussian做计算 ...

好的,感谢老师的耐心回复,谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-1 18:50:17 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-11-1 11:42
Sob老师,您好!  我看文献中关于运用Marcus理论计算单电子转移反应的速率常数时,对于重组能的算法不是很 ...

博文里就是严格、直接的计算方法
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2016-11-2 23:23:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-27 07:23
E2就相当于从Lewis式描述的定域化电子结构变成分子轨道理论描述的较为真实的允许电子离域的电子结构过 ...

多谢老师的解答,最近看了看文献,这东东的用处还真是够多的

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发表于 Post on 2016-11-2 23:32:30 | 只看该作者 Only view this author
老师,我遇到这样的情况,一个反应两条反应路径A和B,他们过渡态的结构两个分子取向是反的,分别比较了两条路径的能垒deltaE和势垒deltaG.deltaE:A比B大了0.25kcal/mol,而deltaG:A比B只小了0.02kcal/mol.我个人觉得明显B路径在热力学和动力学上会更易于发生,但之前提过应该以deltaG的大小为准,我应该怎么取舍呢?谢谢老师了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-3 01:06:14 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-11-2 23:32
老师,我遇到这样的情况,一个反应两条反应路径A和B,他们过渡态的结构两个分子取向是反的,分别比较了两条 ...

都可能发生
何况目前的计算级别根本精确不到0.02kcal/mol的程度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-11-3 08:51:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-3 01:06
都可能发生
何况目前的计算级别根本精确不到0.02kcal/mol的程度

嗯嗯,多谢老师。

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发表于 Post on 2016-11-4 15:41:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-31 08:02
对于DFT来说
最便宜:都用lanl2DZ
中等:主族用Lanl08,过渡金属用lanl2TZ

老师CEP-121G和lanl2DZ及lanl2TZ相比那一个更好一些呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-4 16:11:37 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-11-4 15:41
老师CEP-121G和lanl2DZ及lanl2TZ相比那一个更好一些呢?

忘掉CEP
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发表于 Post on 2016-11-5 09:02:57 | 只看该作者 Only view this author

关于高斯计算的临时文件

高斯计算时,后缀名为rwf的文件是干什么用的啊,为何如此之大,用W1BD很简单的六原子分子就三十几个G

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发表于 Post on 2016-11-5 11:09:11 | 只看该作者 Only view this author
计算的中间结果,给后续计算用。
不是RWF文件大,是W1BD方法需很多硬盘,W1BD是是极高的方法。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-5 13:28:04 | 只看该作者 Only view this author
didi_dudu 发表于 2015-3-18 15:43
请问一下常用ECP中如ECPXXMDF的MDF是什么意思?是multiconfiguration Dirac±Hartree±
Fock (MCDHF) 的进 ...

DF是dirac-fock
M/S表达拟合赝势时的参考体系,S是只考虑价电子,M是都考虑。
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发表于 Post on 2016-11-5 14:15:08 | 只看该作者 Only view this author

长程校正

有几个非常简单的问题想问问老师(本科跟了个计算化学方面的导师,但是学的专业是金属材料,所以有很多计算化学方面的基本知识不是很清楚)
1、DFT中的长程校正是怎么回事?为什么会存在长程校正?范德华力和长程校正有什么区别和联系?色散力呢?
2、在高斯中常用B3LYP和WB97XD两种泛函,但优化结果很不相同,哪种更贴近实际的实验情况?
谢谢老师~

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发表于 Post on 2016-11-5 14:46:49 | 只看该作者 Only view this author

好的,立刻换掉这个基组

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