计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

2416#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-5 18:17:32 | 只看该作者 Only view this author
是雪 发表于 2016-11-5 14:15
有几个非常简单的问题想问问老师(本科跟了个计算化学方面的导师,但是学的专业是金属材料,所以有很多计算 ...


1 DFT交换势长程行为不对,所以在较远作用距离处用具有正确渐进行为的HF交换势代替DFT交换势。一些讨论见
优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw
http://sobereva.com/346
色散作用和长程校正完全是两码事,这里提了
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

2 对于色散作用对结果影响显著时,wB97XD准得多。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

53

帖子

0

威望

169

eV
积分
222

Level 3 能力者

2417#
发表于 Post on 2016-11-5 23:20:46 | 只看该作者 Only view this author

Sob老师,您好,TST方法计算反应速率常数时,我看了您的表格中用的上面的公式,我看文献中大多用的下面的公式,您使用的公式里多了kT/P项,我用您表格里的数据用下面的公式计算得到的结果与您表格中的结果不同,按道理不是应该一样吗?(我已经把单位换算成一样之后再比较的)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

2418#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-6 02:33:17 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-11-5 23:20
Sob老师,您好,TST方法计算反应速率常数时,我看了您的表格中用的上面的公式,我看文献中大多用的下面的 ...

上面的式子是双分子的,下面的是单分子的
单分子的式子不能用到双分子的情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

129

帖子

0

威望

955

eV
积分
1084

Level 4 (黑子)

2419#
发表于 Post on 2016-11-6 08:57:05 | 只看该作者 Only view this author
如何清除origin模板样式

53

帖子

0

威望

169

eV
积分
222

Level 3 能力者

2420#
发表于 Post on 2016-11-6 12:46:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-6 02:33
上面的式子是双分子的,下面的是单分子的
单分子的式子不能用到双分子的情况

好的,明白了,谢谢老师!但我还有一些疑问:
1.双分子反应比单分子反应的公式里为什么会多出kT/P这一项,我们将这一项称之为什么?
2.我的是双分子反应,但是能形成稳定的复合物,是不是应该按照单分子的反应公式计算速率常数?

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

2421#
发表于 Post on 2016-11-6 13:16:19 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,我想计算水溶液中的阳离子的第一、第二和第三水和层的厚度和溶剂分子数量,用QM/MM的方法来计算时需要添加大量的显式溶剂分子,那么我还需要同时采用隐式溶剂模型吗?
另外,COSMO和SCRF有啥区别?哪个更适用于重元素呢?

谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

2422#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-6 13:24:09 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-11-6 12:46
好的,明白了,谢谢老师!但我还有一些疑问:
1.双分子反应比单分子反应的公式里为什么会多出kT/P这一项 ...

1 没什么具体称谓。
2 是
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

2423#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-6 13:25:04 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-11-6 13:16
请问Sob老师,我想计算水溶液中的阳离子的第一、第二和第三水和层的厚度和溶剂分子数量,用QM/MM的方法来计 ...

需要。
COSMO是SCRF中的一种
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

2424#
发表于 Post on 2016-11-6 13:55:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-6 13:25
需要。
COSMO是SCRF中的一种

谢谢sob老师
另外,在建立模型加入溶剂分子的时候,ADF软件里面可以选择radii和solute factor。我想把溶剂的密度调节成真实的密度(~1g/cm^3),请问您知道这个solute factor与溶剂的密度是什么对应关系吗?
谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

2425#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-6 20:58:35 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-11-6 13:55
谢谢sob老师
另外,在建立模型加入溶剂分子的时候,ADF软件里面可以选择radii和solute factor。我想把溶 ...

不知道,不怎么用ADF
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

2426#
发表于 Post on 2016-11-6 23:36:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-6 20:58
不知道,不怎么用ADF

哦,谢谢老师

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

2427#
发表于 Post on 2016-11-6 23:38:36 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我在计算一个含Pu络合物的优化,但是只进行了第一步就不继续下去了,不知道咋回事,找您帮忙看一下out文件,看看是咋回事谢谢老师

out.txt

779.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

2428#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-6 23:51:59 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-11-6 23:38
Sob老师,我在计算一个含Pu络合物的优化,但是只进行了第一步就不继续下去了,不知道咋回事,找您帮忙看一 ...

不熟ADF,不清楚。末尾看到
*******************************************************************************

                             A D F   E X I T
NORMAL TERMINATION
按说已经正常完成了。也许是用的关键词不对吧
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

2429#
发表于 Post on 2016-11-7 04:37:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-11-7 04:40 编辑
lastzealot 发表于 2016-11-6 23:38
Sob老师,我在计算一个含Pu络合物的优化,但是只进行了第一步就不继续下去了,不知道咋回事,找您帮忙看一 ...

你的输入里有
  1. GEOMETRY
  2.     branch New
  3.     optim Cartesian
  4.     iterations 500
  5. SCF
  6. iterations 500
复制代码
相当于Gaussian里的 opt=(maxcycle=500,cartesian) scf=(maxcycle=500),都是垃圾关键词,参见 http://sobereva.com/331。看此例中不就白费了这么多时间?

你的输出里SCF走满了500个cycle,有下列提示:

  1. SCF NOT CONVERGED
  2. More iterations might be needed
  3. Log OptimizationLoop:Fatal --- Energy calculation failed. Stopping optimization.
复制代码
就是SCF不收敛,解决思路可以参考:http://sobereva.com/61,不过当然关键词不一样(也可能不存在对应的)
(不要按它说的“ More iterations might be needed”做)
以及ADF里SCF不收敛竟然也会接着算下面那些能量分解之类的东西,还Normal。。。简直是默认iop(5/13=1)的即视感


评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

2430#
发表于 Post on 2016-11-7 12:26:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-6 23:51
不熟ADF,不清楚。末尾看到
********************************************************************** ...

谢谢Sob老师,这个软件用的人比高斯少多了,不过感觉功能方面差不多。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 22:43 , Processed in 0.340652 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list