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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-11-13 22:25:13 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,我看了关于分子半径计算的博文,想请问一下,对于蒽用矩形盒子模型计算分子半径时,是先用Multiwfn计算出盒子的尺寸大小,然后矩形盒子对角线的一半就是分子的半径的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-13 23:37:03 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-11-13 22:25
Sob老师您好,我看了关于分子半径计算的博文,想请问一下,对于蒽用矩形盒子模型计算分子半径时,是先用Mul ...


蒽这个分子明显偏离球形,用椭球模型适合得多
但如果非要用半径来描述,multiwfn得到盒子最长的那个边长后除以2
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-11-14 09:50:43 | 只看该作者 Only view this author
一篇文章审稿提出如下问题:No mention about the convergence criterion for geometry and wave function optimization, about checks on frequency to ensure that the structure is actually a local minimum, any benchmarking available for the method etc.Gaussian09中结构和波函数优化的收敛限,根据频率确定结构是的确是局部极小值,要benchmarking。请问老师这个问题我该怎么回答呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-14 10:46:32 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-11-14 09:50
一篇文章审稿提出如下问题:No mention about the convergence criterion for geometry and wave function  ...

不知道你之前怎么做的。如果你之前没做过振动分析确认有无虚频,要做一下检验。或者如果做过了、确认了但在文中没提,要在文中提到。
如果你用的理论方法在文中没说为什么选这个,也提一下,证明用的理论方法适合当前体系。
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发表于 Post on 2016-11-14 10:55:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-13 23:37
蒽这个分子明显偏离球形,用椭球模型适合得多
但如果非要用半径来描述,multiwfn得到盒子最长的那个边 ...

1.是这样的,我计算的反应速率常数,是由扩散速率控制的,因此表观速率常数不能直接由TST理论计算。图中k由TST求得,kD是稳态扩散速率常数,D是扩散系数,求D时,公式中有个溶质半径a,文献中也没讲是怎么求的,我就根据博文的方法算,我的溶质是个平面分子结构,根据博文应该适合矩形盒子模型,但是具体怎么算还不是很清楚。希望老师指点一下,感激不尽!
2.通过Multiwfn的定量分子表面分析功能实现的话,是不是分子是球形用这个方法比较好,对于蒽这类适合吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-14 11:07:18 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-11-14 10:55
1.是这样的,我计算的反应速率常数,是由扩散速率控制的,因此表观速率常数不能直接由TST理论计算。图中k ...


1 你式子中这种半径没有严格的计算方法。要想准确得到,唯一的做法就是根据实验数据反解出来。如果通过我博文里说的一些定义得到半径,有可能用在这个式子里结果好,也可能不好。
2 虽然可以算,但对于蒽这种长条形的没那么理想
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发表于 Post on 2016-11-14 12:09:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-14 10:46
不知道你之前怎么做的。如果你之前没做过振动分析确认有无虚频,要做一下检验。或者如果做过了、确认了但 ...

在文中没有提及收敛限和做频率分析验证无虚频,后面的我知道怎么回答了,但是前半句结构优化和波函数的convergence criterion这个是多少呢?OPT是默认计算。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-14 12:33:29 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-11-14 12:09
在文中没有提及收敛限和做频率分析验证无虚频,后面的我知道怎么回答了,但是前半句结构优化和波函数的co ...

输出文件里就告诉你了当前收敛限是多少
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发表于 Post on 2016-11-14 14:42:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-14 12:33
输出文件里就告诉你了当前收敛限是多少

好的,多谢老师提醒

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发表于 Post on 2016-11-14 15:17:20 | 只看该作者 Only view this author
寻找TS,走了一步就Link999了,请问老师这是为什么呢?

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发表于 Post on 2016-11-14 15:39:38 | 只看该作者 Only view this author
新手求助,老师,最近在做有机体系的电荷计算,发现multiwfn输出文件中电荷单位是a.u.,但文献中均为e,不知道怎么转换这个单位?

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发表于 Post on 2016-11-14 15:44:32 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2016-11-14 15:39
新手求助,老师,最近在做有机体系的电荷计算,发现multiwfn输出文件中电荷单位是a.u.,但文献中均为e,不 ...

问题解决,老师不用回复了

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发表于 Post on 2016-11-14 16:29:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-14 11:07
1 你式子中这种半径没有严格的计算方法。要想准确得到,唯一的做法就是根据实验数据反解出来。如果通过 ...

好的,知道啦,谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-11-14 20:48:29 | 只看该作者 Only view this author
使用tinker7.1.3版本程序来算amoebapro13的能量,能量分解发现有torsion-torsion相互作用项,但是查amoeba的一系列文献都没找到它的公式,程序源代码也没太看明白,请问一下老师该项公式的形式,非常感谢~

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发表于 Post on 2016-11-15 09:15:17 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我看你的文章,在绘制紫外的那个专门帖子里面说到:
假设这里我们要考察138.1754 nm的那个峰的成份。于是在spectrum_curve.txt里找到与这个波长对应的那一行,内容为
    138.17536   4667.80738      0.14608    310.33658   4272.69585      2.31729      0.00000
其中4667.80738显然就是这个峰的高度。第4列(S0->S3)贡献的值为310.33658,第5列(S0->S5)贡献的值为4272.69585,因此我们就可以说138.1754 nm的峰包含了310.33658/4667.80738=6.65%的S0->S3成份,以及4272.69585/4667.80738=91.53%的S0->S5成份。

请问老师,S0->S5   S0->S3是那个锋怎么指派(归属)?或者说那个锋对应的S?->S??

本版积分规则 Credits rule

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