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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-15 10:42:43 | 只看该作者 Only view this author
vangogh 发表于 2016-11-15 09:15
Sob老师,我看你的文章,在绘制紫外的那个专门帖子里面说到:
假设这里我们要考察138.1754 nm的那个峰的成 ...


每个S?->S?跃迁都会对峰产生贡献,只不过贡献的量不同。
Multiwfn给出每个波长位置处不同的S?->S?跃迁产生的贡献
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2016-11-15 15:37:55 | 只看该作者 Only view this author

同种元素不同赝势的输入

我的体系有2个U原子(1,2)     其中1号U原子我要用78核赝势(基组1,赝势1),2号U原子我要用79核赝势(基组2,赝势2)
请问输入文件的最后我是这样写的,为什么输出文件中两个元素用的赝势一样呢,正确该怎么输入?

我的输入方法

C H O N 0
6-31G
****
U 1 0
基组1
****
U 2 0
****
基组2
****

U 1 0
赝势1

U 2 0
赝势2






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发表于 Post on 2016-11-15 15:44:52 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2016-11-15 15:48:05 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我意思是怎么知道310.33658为S0->S3的贡献的值?锋的强度可以从文件里面读出来,但是他的物理来源怎么指认?

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发表于 Post on 2016-11-15 15:58:35 | 只看该作者 Only view this author

谢谢 多加了个空行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-15 16:11:20 | 只看该作者 Only view this author
vangogh 发表于 2016-11-15 15:48
Sob老师,我意思是怎么知道310.33658为S0->S3的贡献的值?锋的强度可以从文件里面读出来,但是他的物理来源 ...

屏幕上会提示你每一列数据对应什么跃迁
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-11-15 20:46:17 | 只看该作者 Only view this author

过度态TS,一步就Link999

寻找过渡态,只优化了一步,就出现Link999,输入和输出如附件,请老师们指点一下,多谢!

C6-Cl1-4-OPT-3-Hg-OPT-TS2.gjf

4.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

C6-Cl1-4-OPT-3-Hg-OPT-TS2.log

223.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2016-11-15 20:48:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,问你几个比较长的问题。
1 用cas计算的时候,同一结构的输出文件,在nroot=3时计算的S1态的能量,和nroot=2时计算的S1态的能量是不同的。能不能简单解释一下这是为什么呢?
   如果取S1态能量作图的话,还是得取nroot=2时计算的S1态的能量是吗?

2 假如我想通过逐步增大键角的方式,去寻找S2/S1的交叉点,这时候扫描键角得到的S2,S1能量,依据的是在nroot=3时输出文件里S2,S1的能量是吗?
   而不能用nroot=2时得到的S1能量和nroot=3时得到的S2能量作为参考认定它是交叉点是吗?

3 我可以这样认为吗,跑任务的时候,比如寻找S2/S1交叉点,应该是在nroot=3进行,而涉及到S1态机理的时候,比如过渡态等,就是在nroot=2时进行了。

QQ截图20161115202825.png (14 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

QQ截图20161115202825.png

QQ截图20161115202843.png (20.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

QQ截图20161115202843.png

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发表于 Post on 2016-11-15 21:11:08 | 只看该作者 Only view this author
opt=(ts, calcfc, noeigentest)

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发表于 Post on 2016-11-15 21:40:17 | 只看该作者 Only view this author

复制chk文件出现错误怎么解决?

复制chk文件出现如图错误怎么解决?谢谢!

cp错误.png (8.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

cp错误.png

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发表于 Post on 2016-11-15 21:56:33 | 只看该作者 Only view this author
名字太长了吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-16 03:16:23 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-11-15 21:40
复制chk文件出现如图错误怎么解决?谢谢!

Disk quota exceeded提示硬盘空间已经不够了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-16 03:31:58 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2016-11-15 20:48
sob老师您好,问你几个比较长的问题。
1 用cas计算的时候,同一结构的输出文件,在nroot=3时计算的S1态的 ...

1 轨道是冲着nroot指定的态优化的,所以两种情况S1能量不一样。通常计算多个激发态能量时候用态平均。

2 用态平均来得到基态、S1和S2的能量,使得在同等权重下最小化三个态能量,否则只冲着一个态来优化轨道是不公平的。
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liyuanhe211 发表于 2016-11-15 21:11
opt=(ts, calcfc, noeigentest)

谢谢老师,这就加上noeigentest,给忘记了,好尴尬

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发表于 Post on 2016-11-17 23:13:43 | 只看该作者 Only view this author

优化出现虚频问题

我的输入文件
%chk=S3-1.chk
%nprocshared=8
%mem=5000MW
#p opt b3lyp/6-31G** freq EmpiricalDispersion=GD3

Title Card Required

0 3



打开log文件时,虚频达到了-200多。这个用消虚频的办法也消不掉吧?一般都是什么原因会导致这么大的虚频出现呢?

本版积分规则 Credits rule

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