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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-10 23:21:36 | 只看该作者 Only view this author
niobium 发表于 2016-12-10 23:01
如题,请大佬们指点,谢谢!

IOp(5/33=3)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-10 23:22:38 | 只看该作者 Only view this author
286792125 发表于 2016-12-10 21:16
请问老师,我用VMware分了40g的空间装了Ubuntu,在里面装了高斯软件后,运行高斯里自带的例子进行计算,跑 ...

尝试D.01或E.01,还不行就改用CentOS
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发表于 Post on 2016-12-10 23:29:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-10 23:22
尝试D.01或E.01,还不行就改用CentOS

好的 我试试 谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-12-11 12:22:29 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师博文中“”讲究的人:先用B3LYP/6-31G*优化体系,然后在考虑B3LYP/6-31G*级别下ZPE、焓升温、熵的频率校正因子的情况下计算出吉布斯热校正量”。是指分别用ZPE、焓升温、熵的频率校正因子计算三次吗?此外,关于焓升温、熵的频率校正因子常用的都有哪些?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-11 15:25:41 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2016-12-11 12:22
请问sob老师博文中“”讲究的人:先用B3LYP/6-31G*优化体系,然后在考虑B3LYP/6-31G*级别下ZPE、焓升温、熵 ...


是的。嫌麻烦的话,可以算频率的时候不设校正因子(假定焓升温和熵的频率校正因子就是1),从而得到焓升温和熵的值,然后用freqchk处理一下chk,此时用ZPE的频率校正因子来得到ZPE。
校正因子的汇总看这个http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3805
找不到焓升温和熵的校正因子时直接当成1就完了,不会导致多大误差。
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发表于 Post on 2016-12-11 17:29:30 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢sob老师的解答

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发表于 Post on 2016-12-12 11:56:23 | 只看该作者 Only view this author
老师,跑IRC跑到一半,计算机重启了,怎么restart呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-12 17:15:44 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2016-12-12 11:56
老师,跑IRC跑到一半,计算机重启了,怎么restart呢?

在IRC里添加restart关键词即可,需要有之前的chk文件。例如之前任务跑15*2+1=31个点中途中断 # IRC(calcfc,maxpoint=15) b3lyp/6-31g(d)

将这些点继续跑完: # IRC(restart,maxpoint=15) b3lyp/6-31g(d)
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发表于 Post on 2016-12-12 20:31:43 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问您一个小问题
看文献中提到,MF MCl MBr (M=metal)三种络合物的紫外光谱相比,MBr谱线处在波长较大的区域,MF谱线处在波长较小的区域。
请问是否可以这样理解:F Cl Br三种元素的给电子能力为Br > Cl > F,在与M配位的时候,电子由L转移至M的HOMO轨道,使得整个络合物分子的HOMO轨道能级升高,供电子能力越强,升高的程度越大,因此 HOMO轨道的能级顺序为 MBr > MCl > MF。而HOMO能级升高的结果为E(LUMO-HOMO)减小,因此gap的顺序为 MF > MCl > MBr,因此MBr与MF相比在较高的波长处

请问是否可以这样理解
谢谢老师

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发表于 Post on 2016-12-12 21:32:15 | 只看该作者 Only view this author

请问scan计算的能量势面能编写吗?2个Scan计算能编写在一起吗?

请问,用高斯做了一个扫描,结果发现少了一组数据,又做了一下这组数据的扫描,2个scan能否结合?

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发表于 Post on 2016-12-12 22:05:14 | 只看该作者 Only view this author
自己把能量都读出来用origin作图

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发表于 Post on 2016-12-13 01:06:20 | 只看该作者 Only view this author
上次发错位置了,不好意思。
Sob老师,在您的大作http://sobereva.com/46中提到:
BSSE校正后的真实的相互作用能这样计算:E_interaction = E_corrected - (E_A` + E_B`),其中E_A`和E_B`分别是A和B在孤立状态下经过优化后的能量。注意,相互作用能是复合物(考虑了BSSE时)减去单体在孤立状态时的能量差,单体在孤立状态的结构与在复合物中的结构并不相同,尤其单体结构呈柔性、分子间相互作用比较强时差异会较为明显。在实际中为了方便、省时往往做这样的近似:E_A`=E_A,E_B`=E_B,即是说计算单体能量时使用处在复合物状态下的结构,这个能量在计算E_BSSE时就已经顺便计算了,所以省得再单独算,此时相互作用能公式也有另一种等价写法E_interaction = E_AB - E_A,bAB - E_B,bAB,可见E_A和E_B并没被用到,其实可以不用在counterpoise任务中计算。
这段文字中的E_A,bAB和E_B,bAB所指的是不是分子A和分子B结合之前的孤立状态下的能量E_A和E_B减去其各自的BSSE啊?还是在结合后的结构下,单独计算A片段和B片段下的能量呢?

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-13 01:31:19 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-12-13 01:06
上次发错位置了,不好意思。
Sob老师,在您的大作http://sobereva.com/46中提到:
BSSE校正后的真实的相 ...

结构都是复合物里的结构
E_A,bAB代表在复合物结构下,同时出现AB基函数的情况时计算的A的单点能。
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发表于 Post on 2016-12-13 08:22:36 | 只看该作者 Only view this author

找过渡态出错

老师们好,我现在在找一个硝基苯氯代的反应过渡态,这是我的输入文件和输出文件报错的地方。显示内存段异常,是哪的原因呢?我该怎么解决呢

360反馈意见截图16520824273760.png (3.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

输入

输入

360反馈意见截图1625010185103140.png (12.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

输出

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发表于 Post on 2016-12-13 08:22:55 | 只看该作者 Only view this author
麻烦老师了  谢谢谢谢

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