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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-22 18:05:04 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-11-22 14:27
对银配合物使用SMD方法计算溶剂化自由能,因Ag不在SMD参数化时使用的6-31G(d)基组里,对Ag用什么基组/赝势 ...

lanl2TZ(f)、SDD之类常用的都可以,没有什么确切的说法,毕竟原文里也没考虑这种情况。
毕竟只是一个原子,特征相似的基组的不同选择也不会带来多大差异。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-11-22 18:27:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-22 18:05
lanl2TZ(f)、SDD之类常用的都可以,没有什么确切的说法,毕竟原文里也没考虑这种情况。
毕竟只是一个原 ...

好的,我明白了!谢谢

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发表于 Post on 2016-11-23 10:49:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,我用DFT/6-311++g**优化13个原子的有机分子,只包含CHNO,频率计算后出现四个YES,根据计算所得的热化学参数
Sum of electronic and zero-point Energies=           -635.289230
Sum of electronic and thermal Energies=              -635.280478
Sum of electronic and thermal Enthalpies=            -635.279534
Sum of electronic and thermal Free Energies=         -635.324867
计算H=-1661.419188KJ/mol,和实验值120.1KJ/mol差距太大。计算方法-635.279534X2.6255,不知道是不是方法错了?正确的该怎么计算?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-23 18:52:05 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2016-11-23 10:49
老师,我用DFT/6-311++g**优化13个原子的有机分子,只包含CHNO,频率计算后出现四个YES,根据计算所得的热 ...


实验测的是化学过程的相对能量变化,你这里是绝对能量,完全没有可比性。另外也不知道你的2.6255是哪来的,1Hartree=2625.5kJ/mol。
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发表于 Post on 2016-11-23 20:11:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,我最近想算一些里德堡态,想请教您如何判断选取的基组包含了描述一些高于价轨道的一些轨道,如C和O的3s 3p 3d 4s  5s等轨道,看到网上说加弥散函数,加弥散函数和对应的原子轨道间有什么联系?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-23 20:28:49 | 只看该作者 Only view this author
风影月瞳 发表于 2016-11-23 20:11
老师,我最近想算一些里德堡态,想请教您如何判断选取的基组包含了描述一些高于价轨道的一些轨道,如C和O的 ...


跟原子轨道没直接对应关系
只能说有充分弥散函数的时候才能描述好里德堡轨道
aug-cc-pVTZ一般足够用,但定量高精度描述甚至要d-aug
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发表于 Post on 2016-11-24 08:42:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-23 18:52
实验测的是化学过程的相对能量变化,你这里是绝对能量,完全没有可比性。另外也不知道你的2.6255是哪来 ...

高斯计算他给的单位是H/P,我不知道怎么换算,我根据计算得到的四个热力学量和H=E+RT推导出直接×2.5265 KJ/mol. 老师这样做是不是错了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-24 09:13:58 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2016-11-24 08:42
高斯计算他给的单位是H/P,我不知道怎么换算,我根据计算得到的四个热力学量和H=E+RT推导出直接×2.5265 K ...


高斯给的单位是Hartree,不是Hartree/Particle,输出文件里单位写得不对
求出两个状态的焓,相减得到焓变,然后再乘以单位换算因子和实验对比
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发表于 Post on 2016-11-24 21:37:19 | 只看该作者 Only view this author

强相互作用与弱相互作用

如何区别强相互作用与弱相互作用?分子间存在强相互作用吗,在什么情况下分子间存在强相互作用?
帮忙给些链接及帖子,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-25 10:22:52 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-11-24 21:37
如何区别强相互作用与弱相互作用?分子间存在强相互作用吗,在什么情况下分子间存在强相互作用?
帮忙给些 ...


强相互作用指化学键
分子间哪来的强相互作用,有强相互作用就不叫分子间了
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发表于 Post on 2016-11-30 18:15:28 | 只看该作者 Only view this author
做计算研究镧系元素Er的Lewis酸-有机酮配合物的反应,如果对稀土用SDD计算量有富裕,有没有对镧系有定义的、质量更好的基组?(或计算量与SDD相近质量更好的赝势基组)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-30 22:47:58 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-11-30 18:15
做计算研究镧系元素Er的Lewis酸-有机酮配合物的反应,如果对稀土用SDD计算量有富裕,有没有对镧系有定义的 ...

貌似没有更好的了。如果特别闲得非要再多糟蹋一些资源,可以用even-temper方式给原先SDD基组增加弥散函数。
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发表于 Post on 2016-11-30 23:18:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-30 22:47
貌似没有更好的了。如果特别闲得非要再多糟蹋一些资源,可以用even-temper方式给原先SDD基组增加弥散函数 ...

好。这样就踏实用SDD了。谢谢!

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发表于 Post on 2016-12-2 01:39:24 | 只看该作者 Only view this author
我有一个分子想查看一下各个构象的稳定性,构象搜索以后使用G09D01优化(# opt M062X/6-311+g(d,p) int=ultrafine),但是其中一个构象得到了如下的结果:

我觉得不太科学,咪唑环上的氢酸性怎么能比羧酸更强呢?我又试着用 b3LYP-D3 (# opt b3lyp/6-311+g(d,p) EmpiricalDispersion=GD3BJ) 优化,但是结果差不多:

请问老师是我的计算方法有问题,还是实际上它就是一个混合态,H有概率出现在C和O之间的任何位置?图中出现的这么一个结构,可以用来计算单点能和别的构象来比较吗?谢谢!

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发表于 Post on 2016-12-2 23:14:04 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian 最小值计算有负频率

我有一个Gaussian最小值计算

opt freq b3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity empiricaldispersion=gd3bj
  scf=tight int=grid=ultrafine



计算出来的结果一直有一个负的频率,但这个结构肯定不是过渡态,而且因为我要计算Gibbs自由能,负频率对结果有很大影响。

求助各位老师,用什么关键字可以消除那个负频率? 这个结构本身肯定是没有问题的,肯定不是过渡态,就是Minimum

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