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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-12-3 02:58:02 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

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发表于 Post on 2016-12-3 07:11:46 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-12-3 02:58
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-12-3 10:14:32 | 只看该作者 Only view this author

scf=tight是默认的,没必要写

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发表于 Post on 2016-12-3 10:43:47 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2016-12-3 10:14
scf=tight是默认的,没必要写

scf=tight 和opt=tight 是不是一个东西 ?

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发表于 Post on 2016-12-3 12:30:47 | 只看该作者 Only view this author
fresco604 发表于 2016-12-3 10:43
scf=tight 和opt=tight 是不是一个东西 ?

SCF和opt都是迭代过程,opt的每一轮循环都要将SCF迭代至收敛。opt算是外循环,SCF算是内循环。

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发表于 Post on 2016-12-3 12:37:37 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2016-12-3 12:30
SCF和opt都是迭代过程,opt的每一轮循环都要将SCF迭代至收敛。opt算是外循环,SCF算是内循环。

谢谢指教,那看来opt=tight和scf=tight不是一个东西了

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发表于 Post on 2016-12-3 17:36:54 | 只看该作者 Only view this author
老师,对过度态做IRC,优化其结构时,显示的是正常结束,但是分子构型发生变形,优化曲线上出现一个峰,这个该怎么解决呢

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发表于 Post on 2016-12-3 21:42:19 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您在qq群里说过:’算键能用单点就可以,算解离能得优化片段‘。我的理解是:
1.键能是分子内等价键的平均解离能,计算解离能的话针对个别键,而键能要计算所有同类型的键取其平均值。
2.对于RN-NO2 分子,计算N-N键解离能步骤:分别优化RN-NO2,RN,NO2,然后通过counterpoise计算校正后的能量。
3.计算解离能基组方法与相互作用能是不是一致?有机分子弱相互作用体系使用 counterpoise 校正,B3LYP-D3(BJ)/6-311+g**与 MP2/cc-pvtz 哪一个更合适?
我的理解对么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-4 00:10:04 | 只看该作者 Only view this author
上世纪的童话 发表于 2016-12-3 17:36
老师,对过度态做IRC,优化其结构时,显示的是正常结束,但是分子构型发生变形,优化曲线上出现一个峰,这 ...

信息量不足,IRC是IRC,几何优化是几何优化,不知道你想表达什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-4 00:12:20 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2016-12-3 21:42
Sob老师,您在qq群里说过:’算键能用单点就可以,算解离能得优化片段‘。我的理解是:
1.键能是分子内等价 ...

理解完全不对
1 每个键都有键能,想算哪个算哪个,这跟平均值什么的无关。
2 跟counterpoise、BSSE半点关系也没有,又不是算弱相互作用
3 根本没直接关系。算键解离能根本不牵扯弱相互作用,counterpoise、色散校正、弥散函数纯属多余
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-4 00:18:40 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2016-12-2 01:39
我有一个分子想查看一下各个构象的稳定性,构象搜索以后使用G09D01优化(# opt M062X/6-311+g(d,p) int=ult ...

考虑溶剂效应再试
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发表于 Post on 2016-12-4 09:27:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ShuangfeiZhu 于 2016-12-4 20:43 编辑
sobereva 发表于 2016-12-4 00:12
理解完全不对
1 每个键都有键能,想算哪个算哪个,这跟平均值什么的无关。
2 跟counterpoise、BSSE半点 ...

老师,我的体系是A+B有机分子,体系中有弱相互作用且主要考虑氢键。我的目的是研究B分子对A分子内N-NO2键解离能的影响。我使用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**级别优化体系。1.师兄教的计算BDE方法:使用counterpoise关键字定义两个片段:片段1为研究的N-NO2键中的NO2,片段2为除硝基外的其他R。
使用BDE=E(R)+E(NO2)-E(R-NO2)+E(BSSE)计算BDE。
2. 优化A+B并计算频率,取Sum of electronic and thermal Enthalpies值,再分别计算NO2片段频率和除NO2外其余片段频率,取Sum of electronic and thermal Enthalpies值,相减得到BDE。
这两个方法哪个是正确的?麻烦老师了。
(找到一篇相关文献:计算键解离能时使用了CP校正和ZPE校正)


几种新型六氮杂异伍兹烷衍生物结构与性能的理论预测—— 高能量密度化合物的寻求.pdf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-4 22:00:06 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2016-12-4 09:27
老师,我的体系是A+B有机分子,体系中有弱相互作用且主要考虑氢键。我的目的是研究B分子对A分子内N-NO2键 ...


计算化学键解离能考虑BSSE纯属多余,甭信你师兄的
计算整体和断键后两个片段的焓,一相减就完了
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发表于 Post on 2016-12-4 23:45:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-4 22:00
计算化学键解离能考虑BSSE纯属多余,甭信你师兄的
计算整体和断键后两个片段的焓,一相减就完了

可不可以把弱相互作用体系中的一个分子拿出来计算BDE?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-5 00:49:30 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2016-12-4 23:45
可不可以把弱相互作用体系中的一个分子拿出来计算BDE?

如果你是指分子参与弱相互作用,你要研究其中某个化学键的断裂,可以算BDE
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