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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-12-13 09:00:24 | 只看该作者 Only view this author
截图没截到真正的报错,往上多看几行,截图别吝啬。
sobereva.com/61

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发表于 Post on 2016-12-13 13:14:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-13 01:31
结构都是复合物里的结构
E_A,bAB代表在复合物结构下,同时出现AB基函数的情况时计算的A的单点能。

也就是说,按照您那篇文章里的输入文件来做,直接就可以同时计算出
E_A,bAB和E_B,bAB两个数值了(.out文件后面),然后通过
E_interaction = E_AB - E_A,bAB - E_B,bAB
来计算结合能了?

我原以为需要把片段中的A、B两结构提取出来再各自单独计算片段E_A,bAB和E_B,bAB呢

谢谢老师,学习到了。

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发表于 Post on 2016-12-13 19:27:46 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-12-13 09:00
截图没截到真正的报错,往上多看几行,截图别吝啬。
sobereva.com/61

嘿嘿  谢谢  不吝啬了   这次呢  

360反馈意见截图16251118615849.png (40.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

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发表于 Post on 2016-12-13 19:53:47 | 只看该作者 Only view this author
老师,一个双自由基片段,用guess=mix和fragment的方法算得原子的自旋布局都为0,s**2也为0,用stable检测了波函数的稳定性,得到结果说是稳定的。那处理这种体系是不是和闭壳层一样了,是不是就不能用ub3lyp得用rb3lyp了

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发表于 Post on 2016-12-13 20:22:54 | 只看该作者 Only view this author
现在就好 发表于 2016-12-13 19:27
嘿嘿  谢谢  不吝啬了   这次呢

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发表于 Post on 2016-12-13 21:44:16 | 只看该作者 Only view this author

好的  谢谢你

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发表于 Post on 2016-12-13 22:07:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chengxing545946 于 2016-12-13 22:16 编辑

我的问题:以上单分子反应与双分子反应的反应速率的差别就差了一个kBT/P 项,那是对于气相反应而言的,那么对于液相下的反应(我用的是隐式溶剂模型),它的cɵ高斯是不是默认的就是1mol/L,那么,不管对于单分子还是双分子反应的k的计算,都只用公式二就行了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-13 23:31:06 | 只看该作者 Only view this author
珊珊来迟 发表于 2016-12-13 19:53
老师,一个双自由基片段,用guess=mix和fragment的方法算得原子的自旋布局都为0,s**2也为0,用stable检测 ...

此时基态就是闭壳层,U和R结果一样,前者耗时高,所以用后者
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-13 23:32:35 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-12-13 13:14
也就是说,按照您那篇文章里的输入文件来做,直接就可以同时计算出
E_A,bAB和E_B,bAB两个数值了(.out文 ...

做一次单点显然没法同时得到E_A,bAB和E_B,bAB
你做counterpoise任务,末尾直接就给你complexation energy,取这个当相互作用能就完了,根本不需要再手动加减
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发表于 Post on 2016-12-14 09:00:36 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-12-13 22:07
我的问题:以上单分子反应与双分子反应的反应速率的差别就差了一个kBT/P 项,那是对于气相反应而言的,那么 ...

Sob老师,以上公式我这样理解对么,恳请老师指导,感激不尽!感恩~

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发表于 Post on 2016-12-14 12:11:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-13 23:32
做一次单点显然没法同时得到E_A,bAB和E_B,bAB
你做counterpoise任务,末尾直接就给你complexation energ ...

谢谢Sob老师,问题已经解决,看到最后那个complexation energy了。

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发表于 Post on 2016-12-14 13:03:39 | 只看该作者 Only view this author

Sob老师,请问您一个问题。
有的文献中对于在UO22+分子的描述是用3sg3su1pg2pu来表示的,而不是HOMO/LUMO这种表达方式。
请问,这种3sg3su1pg2pu符号是怎么来的呀?如何来一一对应呢?

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-12-14 15:41:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好!最近计算Ti8Cn(n=9-15)体系团簇,看了许多相关文献,所用方法和基组五花八门有很多,我个人对方法基组相关使用不是很通彻,想请问下老师,对于该体系计算时选择何种基组和方法更合适点,非常感谢老师能够于解惑!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-14 18:33:34 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-12-14 13:03
Sob老师,请问您一个问题。
有的文献中对于在UO22+分子的描述是用3sg、3su、1pg、2pu来表示的,而不是HO ...

看这里5L的回复
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4685

HOMO、LUMO是以占据情况来划分的,sigma、pi是以轨道特征来划分的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-14 18:35:06 | 只看该作者 Only view this author
linuxprobe 发表于 2016-12-14 15:41
sob老师,您好!最近计算Ti8Cn(n=9-15)体系团簇,看了许多相关文献,所用方法和基组五花八门有很多,我个 ...

B3LYP、BP86、M06建议都算算,如果结果一致最好,不一致再上更高级别方法(双杂化)检验
优化时候基组C用6-311G*、Ti用Lanl2TZ,单点时候可以都用def2TZVP
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