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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-12-7 02:00:09 | 只看该作者 Only view this author

老师,想问一下这样的图该怎样用Multiwfn做出来。

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发表于 Post on 2016-12-7 11:35:27 | 只看该作者 Only view this author
plus 发表于 2016-12-6 23:07
用orca算下,几秒钟就出内坐标了

请问下怎么算呢,我想做扫描,没有内坐标怎么写呢:
%geom Scan
B 0 1 = 1.35, 1.10, 12 # C-O distance that will be scanned

不写内坐标,B 0 1 怎么表示呢,笛卡尔坐标的顺序也是按照0,1,2...排的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-7 12:51:54 | 只看该作者 Only view this author
喵帕斯 发表于 2016-12-7 02:00
老师,想问一下这样的图该怎样用Multiwfn做出来。

手册4.4.6节有例子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2016-12-7 13:20:41 | 只看该作者 Only view this author
请问 我用Multiwfn做CDA分析的时候出现下图结果,d-b的值与ECDA算出来的值相差很大,我想问下这个原因是什么?

QQ截图20161207131628.png (9.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

QQ截图20161207131628.png

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发表于 Post on 2016-12-7 13:32:09 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2016-12-5 15:02
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4385&highlight=EMSL有离线的基组库,可以好好看看

太感谢了,有用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-7 15:12:08 | 只看该作者 Only view this author
扯淡夜夜夜 发表于 2016-12-7 13:20
请问 我用Multiwfn做CDA分析的时候出现下图结果,d-b的值与ECDA算出来的值相差很大,我想问下这个原因是什 ...

用最新的3.3.9版试试。记得之前某个版本修正过一次ECDA的bug
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-12-7 16:58:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-7 15:12
用最新的3.3.9版试试。记得之前某个版本修正过一次ECDA的bug

老师,改用3.3.9版本处理,结果没有变化

QQ截图20161207165411.png (32.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

QQ截图20161207165411.png

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发表于 Post on 2016-12-8 08:51:47 | 只看该作者 Only view this author
dcckin 发表于 2016-12-7 11:35
请问下怎么算呢,我想做扫描,没有内坐标怎么写呢:
%geom Scan
B 0 1 = 1.35, 1.10, 12 # C-O distanc ...

直角坐标也可以做扫描。看手册。

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发表于 Post on 2016-12-8 08:57:24 | 只看该作者 Only view this author
plus 发表于 2016-12-8 08:51
直角坐标也可以做扫描。看手册。

好的,非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-8 17:26:39 | 只看该作者 Only view this author
扯淡夜夜夜 发表于 2016-12-7 16:58
老师,改用3.3.9版本处理,结果没有变化

确认片段中的核坐标和复合物完全对应,用的基组完全对应,别有弥散函数
ECDA其实没多大用,CDA结果正常就行了
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sobereva 发表于 2016-12-8 17:26
确认片段中的核坐标和复合物完全对应,用的基组完全对应,别有弥散函数
ECDA其实没多大用,CDA结果正常 ...

嗯 好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2016-12-9 09:18:33 | 只看该作者 Only view this author
请问 我在B3LYP/6-31G*下优化了一个配合物的结构,得到了极小值并且检验了稳定性。但在M06-2X/def2TZVP和M06-2X/6-311+G(d,P)下算单点能的时候遇到了SCF不收敛的问题。其他方法无效后使用scf=xqc成功收敛,但检验稳定性后得到has an internal instability. 此时应当如何处理?可以使用stable=opt稳定后的能量吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-9 17:32:37 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2016-12-9 09:18
请问 我在B3LYP/6-31G*下优化了一个配合物的结构,得到了极小值并且检验了稳定性。但在M06-2X/def2TZVP和M0 ...

解决SCF不收敛的方法一大把,我博文里有,qc容易收敛到参数空间非最小点,还特耗时,故极力不推荐用qc。
如果死活没辙必须用qc,这种情况用stable=opt自动获得稳定波函数,取其能量
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发表于 Post on 2016-12-10 21:16:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 286792125 于 2016-12-10 21:19 编辑

请问老师,我用VMware分了40g的空间装了Ubuntu,在里面装了高斯软件后,运行高斯里自带的例子进行计算,跑了几个都是出现segmentation fault:

请问这样的问题应该怎么解决啊?是linux版本的问题?还是系统没有设置对?
test000.log (6.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
非常感谢!


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发表于 Post on 2016-12-10 23:01:10 | 只看该作者 Only view this author

求问高斯如何输出原子轨道Fock矩阵

如题,请大佬们指点,谢谢!

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