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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-13 14:03:31 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-1-13 12:50
Sob老师,不好意思又来打扰您。
我目前已经通过PBE方法得到了一个分子的基态电子结构,想做一下激发态曲线 ...

根本用不着TDDFT,直接根据轨道不可约表示,调整初猜顺序,让初猜电子态和你要考察的一致就完了。做扫描即可得到曲线图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-1-13 15:13:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 登登 于 2017-1-13 20:04 编辑

老师,又来打扰您了,我的反应搜到这一步(如图),想让图中红色的C、O原子以CO形式从碳基中脱附出来,我要怎么判断和CO下面的链接的3个碳碳键哪个先断开,看文献中有用键级去判断,有什么靠谱的方法可以预判一下?还是必须一个一个试。

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发表于 Post on 2017-1-13 16:53:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-1-13 14:03
根本用不着TDDFT,直接根据轨道不可约表示,调整初猜顺序,让初猜电子态和你要考察的一致就完了。做扫描 ...

谢谢老师
您的意思是不是,直接从基态下的前线轨道能级找到几种可能的跃迁方式,然后强制指定电子从高占据轨道跃迁至几个低非占据轨道啊?
会不会存在跃迁禁阻呢?或者对称性和来源相近的轨道之间跃迁几率很低(如f=>f, d=>d)。

我这方面学的很差,搞不明白该选择哪几种跃迁,还望老师指点。

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-13 19:41:56 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2017-1-13 15:13
老师,又来打扰您了,我的反应搜到这一步(如图),想让图中红色的C、O原子以CO形式从碳基中脱附出来,我要 ...

用键级最省事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-13 19:46:16 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-1-13 16:53
谢谢老师
您的意思是不是,直接从基态下的前线轨道能级找到几种可能的跃迁方式,然后强制指定电子从高占 ...


先要明确你要用什么方式来算各个态的能量,调轨道顺序这种方式是对于delta_SCF方式来算各个态能量而言的
当前只需考虑各个态的能量,跟禁阻不禁阻完全无关
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发表于 Post on 2017-1-13 20:02:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-1-13 19:46
先要明确你要用什么方式来算各个态的能量,调轨道顺序这种方式是对于delta_SCF方式来算各个态能量而言 ...

既然与禁阻无关就好了,谢谢老师帮我解决了这问题。

我要做一个势能面曲线,也就是改变键长并固定Oh点群,计算若干个结构的单点。
但是我的体系中有分数占据的情况,如三重兼并轨道有一或两个电子,这种情况下计算的单点能准确吗?有没有必要降为D4h点群使T分为A+E,然后重新计算每个优化后的结构的单点。

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-1-13 20:04:34 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-14 05:27:43 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-1-13 20:02
既然与禁阻无关就好了,谢谢老师帮我解决了这问题。

我要做一个势能面曲线,也就是改变键长并固定Oh点 ...

这不叫什么分数占据。调完了占据方式,一方面让自旋多重度和要算的一致,一方面让波函数的空间部分和要算的一致,就完了。
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发表于 Post on 2017-1-14 09:51:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-1-14 05:27
这不叫什么分数占据。调完了占据方式,一方面让自旋多重度和要算的一致,一方面让波函数的空间部分和要算 ...

空间部分?怎么调整波函数和要算的一致?
谢谢

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发表于 Post on 2017-1-16 01:24:31 | 只看该作者 Only view this author
请问有没有什么网站或者软件,可以利用MM3力场计算各种力场参数?只找到CHARMM力场的……谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-16 06:57:17 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2017-1-16 01:24
请问有没有什么网站或者软件,可以利用MM3力场计算各种力场参数?只找到CHARMM力场的……谢谢!

Tinker支持MM3,源码也开放
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发表于 Post on 2017-1-16 11:56:14 | 只看该作者 Only view this author

gaussview使用晶体工具时,复制分子后软件好像挂了。

使用gaussview的晶体工具复制分子时,在c方向复制一个五元环时,点击combine后,取消晶体结构后(lattice dimension选择none),软件成下面这样了:

QQ截图20170116115141.png (56.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

QQ截图20170116115141.png

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发表于 Post on 2017-1-16 17:10:00 | 只看该作者 Only view this author

关于VMD用显示轨迹中粒子的空间密度分布的方法

Sob老师您好,
    之前看过您的一篇文章,关于用VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法。我的体系中有四种物质,用gromacs作了分子动力学模拟之后,用了用等值面显示的方法显示密度分布,用其中三种物质分别对另外一种物质作等值面的密度分布时,得到的等值面总是有一个组合处于不光滑的状态,另外两个组合处于光滑的状态。我在gromacs里换了盒子模拟计算之后也是这样,就是不能达到一个平衡——三种等值面不能同时都处于光滑的状态,请问这是什么原因?有没有什么解决的办法?
    另外,我见到文献中有用我类似的体系做空间密度分布函数,在VMD中用颜色深浅显示某原子在不同位置出现的概率的方法,如下图,但是我也是第一次使用VMD,没能做出来这种空间密度分布的图,但是想做一下这种空间密度分布的图,所以有几个问题想请教一下您:(1)我的gromacs计算出来的体系中,用VMD显示的话是调用哪个轨迹文件。(2)文本控制台控制的话,具体操作顺序是怎样的?我先输入了"set file filename; source dis.tcl",然后运行"draw material a" ,然后再输入"dis 444 4444",这样就可以了吗,我的VMD的display里面为什么什么都没有显示呢,我尝试调用了.pdb文件,这个什么都没显示;还调用了.cube文件,只显示了打开.cube之后的状态,没有空间密度分布显示出来;我还尝试了调用.tpr和.trr文件,这个什么都没有显示。这个是为什么呢?是不是因为我调用的文件不对?
    期待老师的解答!万分感谢老师!

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发表于 Post on 2017-1-16 20:31:57 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算荧光发射时,为什么结果输出中发射是从低轨道向高轨道?

计算tdopt得到的应该是荧光发射图,但是结果文件里面,为什么电子的跃迁不是从高轨道向低轨道,而是从低轨道向高轨道跃迁呢?对于这一点有些迷惑,望能得到前辈们的解答,谢谢!
Excited State   4:      Singlet-A      3.7480 eV  330.80 nm  f=0.4076  <S**2>=0.000
     141 ->142        -0.68846
This state for optimization and/or second-order correction.
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.


上面是否应该是142->141?

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发表于 Post on 2017-1-16 20:44:40 | 只看该作者 Only view this author
是不是应为没有显卡?

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