简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

冰释之川

lufenghxu 发表于 2017-1-25 20:41
Rotational temperatures (Kelvin)     14.79343    12.63554     6.81480 Rotational constants (GHZ):    ...

hopedream

社长以及各位前辈好，我想用Opt(CalcFC,TS)优化一下过渡态，就是练习的Exploring chemistry with electronic structure methods中例子。我关键词和那个实例的程序一样，但是就是一直错误。
实例的程序如下：
%Chk=formts
#T RHF/6-31G(d) Opt(CalcFC,TS) Freq Test

H2 + CO <-> H2CO Opt Freq

0,1
O
C,1,1.13
H,2,1.1,1,164.0
H,3,1.3,2,90.0,1,0.

我的程序如下：
%chk=D:\gas\11.chk
# opt=(calcfc,ts) freq rhf/6-31g(d) geom=connectivity test

Title Card Required

0 1
C              
O                  1            B1
H                  1            B2    2            A1
H                  1            B3    2            A2    3            D1    0

   B1             1.22731700
   B2             1.11045737
   B3             1.11045737
   A1           116.48770373
   A2           121.09000000
   D1          -118.80855594

1 2 3.0 4 1.0
2
3
4

1 2 3.0 4 1.0
2
3
4

1 2 3.0 4 1.0
2
3
4

我的报错信息如下：
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l9999.exe at Tue Jan 31 18:30:40 2017.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  3.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

我后来想了很久就是分子的坐标不一样，难道这就是造成它不收敛的原因啊？好奇怪啊

lufenghxu

《exploring chemistry with electronic structure methods》中p32页的实例，1-fluoropropene构想中，trans（180）中找到imaginary frequency。做了irc 不知道对不对？刚学习计算，请指点。

sobereva

hopedream 发表于 2017-1-31 18:41
社长以及各位前辈好，我想用Opt(CalcFC,TS)优化一下过渡态，就是练习的Exploring chemistry with electroni ...

虽然初猜结构不好绝对不是导致几何优化不收敛的必然原因，但也有一定概率导致。

解决方法看http://sobereva.com/164

sobereva

lufenghxu 发表于 2017-2-4 16:25
《exploring chemistry with electronic structure methods》中p32页的实例，1-fluoropropene构想中，trans ...

播放一下IRC动画立马就看出对不对了
如果过渡态结构和期望的一致，虚频方向正确，跑出来这样的IRC曲线一般也是合理的

dreamyeye

1：量子化学计算程序当中对分子的熵的计算公式在哪里可以找到呢？
2：构象熵是不是分子多个构象的综合效应？有没有计算公式呢？

hopedream

sobereva 发表于 2017-2-4 23:33
虽然初猜结构不好绝对不是导致几何优化不收敛的必然原因，但也有一定概率导致。

解决方法看http://sob ...

谢谢社长！

sobereva

dreamyeye 发表于 2017-2-5 11:34
1：量子化学计算程序当中对分子的熵的计算公式在哪里可以找到呢？
2：构象熵是不是分子多个构象的综合效应 ...

1 看shermo程序的文档，公式非常清晰：http://sobereva.com/315
2 构象熵指的是由于分子可以在多个构象之间变换导致的熵。与之相对的是振动熵，是在单个结构附近振动对熵的贡献。

dreamyeye

sobereva 发表于 2017-2-5 20:58
1 看shermo程序的文档，公式非常清晰：http://sobereva.com/315
2 构象熵指的是由于分子可以在多个构象 ...

谢谢，构象熵似乎和分子内坐标定义的分子结构有关，对于一个具体的分子，是否有一个确定的计算构象熵的公式呢？我试图在文章中找到它，但失败了，如果sob已知，能否告知下？

追逐娃娃的梦

Sob老师您好，我想请教您几个问题。
1. MRCI 是一种什么计算方法，该方法的命令和M06-2X有什么不同吗，我曾试过在M06-2X命令的基础上该，但都提示错误。
2.我在计算时用的是M06-2X的方法，审稿人建议我用some multiconfigurational approach，并与DFT作比较。我不知道用什么方法。是用CCSDT 嘛，这个方法太慢了，我根本算不动，您有好的建议吗？
希望老师能在百忙之中回复一下，谢谢老师！

Accelerator

老师们好。我在济南超算上安装G09 D.01后运行g09 xxx.gjf命令时发现输出文件总是只有如下内容：

1. Entering Gaussian System, Link 0=g09
   
2. Input=test.gjf
   
3. Output=test.log
   
4. Initial command:
   
5. /home/export/base/service012/g09/l1.exe "/home/export/base/service012/scratch/Gau-10018.inp" -scrdir="/home/export/base/service012/scratch/"

复制代码

似乎是调用l1.exe后立刻结束了整个程序。请问是什么原因呢？
（之前提示超算上自带的glib-2.5版本太低，因此手动编译升级成了glibc 2.7.询问了超算的技术人员后得到的答复是“也许Gaussian不支持Rhel 5.5”。是否就是由于操作系统的原因呢？）

sobereva

Accelerator 发表于 2017-2-6 12:16
老师们好。我在济南超算上安装G09 D.01后运行g09 xxx.gjf命令时发现输出文件总是只有如下内容：

似乎是 ...

尝试版本老点的g09，如B.01。某些版本高斯与系统兼容性问题会导致此现象

sobereva

追逐娃娃的梦 发表于 2017-2-6 11:05
Sob老师您好，我想请教您几个问题。
1. MRCI 是一种什么计算方法，该方法的命令和M06-2X有什么不同吗，我 ...

1 是极为昂贵的方法，精度极高，普适性广，但使用略复杂，高斯也不支持
2 这是一大类方法，没有具体指代。CCSDT算，但高斯不支持，且只能算几个原子的体系。要用比M062X精度更高的方法，建议用双杂化泛函

追逐娃娃的梦

sobereva 发表于 2017-2-6 13:49
1 是极为昂贵的方法，精度极高，普适性广，但使用略复杂，高斯也不支持
2 这是一大类方法，没有具体指 ...

老师，双杂化泛函是什么方法我看您之前的帖子“简谈量子化学计算中DFT泛函的选择”中说由于计算量大，很少提及，您能具体给我说一下吗？如果我用CBS-QB3计算，您觉得符合multiconfigurational approach的要求吗？

Accelerator

sobereva 发表于 2017-2-6 13:44
尝试版本老点的g09，如B.01。某些版本高斯与系统兼容性问题会导致此现象

谢谢。因为之前的工作都是用D.01做的，那么不同子版本的G09算出的结果（构型、单点能）可以通用吗？