计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

31

帖子

0

威望

121

eV
积分
152

Level 3 能力者

2851#
发表于 Post on 2017-2-8 13:43:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-8 13:39
只要写了gen或genecp,就都会使用末尾自定义的基组

谢谢sob老师,那么就是前面比如写6-311那就是按6-311不按后面的自定义基组吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2852#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-8 13:48:11 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2017-2-8 13:43
谢谢sob老师,那么就是前面比如写6-311那就是按6-311不按后面的自定义基组吗

y
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2853#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-8 13:51:10 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-2-7 22:18
InvSVX failed for QEq1.
Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B ...

尝试E.01,如果还不行,去掉=qeq再试,如果去掉之后就行了,则在输入文件里直接自行指定原子电荷而不直接计算qeq电荷
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2854#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-8 13:57:40 | 只看该作者 Only view this author
ztl1978 发表于 2017-2-8 11:40
Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State   1:      Singlet-A      0.6386 eV 1 ...

1、2、3:看
http://sobereva.com/314
4:看http://sobereva.com/230
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

459

eV
积分
483

Level 3 能力者

2855#
发表于 Post on 2017-2-8 14:11:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-8 13:57
1、2、3:看
http://sobereva.com/314
4:看http://sobereva.com/230

sobereva老师您好,我尝试计算激发态,我也阅读了您推荐的您的文章,有些问题还是有点疑问,有些激发态轨道跃迁为负数是不是意味着贡献为负?还有有些激发态5个没有发现有较大的振子强度,增大后发现有,但是已经到S12,振子强度比较大,激发能也较大,这个有可能是最有可能的激发态吗?谢谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2856#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-8 14:16:16 | 只看该作者 Only view this author
ztl1978 发表于 2017-2-8 14:11
sobereva老师您好,我尝试计算激发态,我也阅读了您推荐的您的文章,有些问题还是有点疑问,有些激发态轨 ...

1 除非是去激发,否则贡献显然不可能是负的。组态系数为负值时求平方就成了正的。再仔细看博文
2 你一作UV-VIS图一看就知道了,只有振子强度大的跃迁才有较大吸收,有较大跃迁几率
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

459

eV
积分
483

Level 3 能力者

2857#
发表于 Post on 2017-2-8 14:27:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-8 14:16
1 除非是去激发,否则贡献显然不可能是负的。组态系数为负值时求平方就成了正的。再仔细看博文
2 你一作 ...

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State   1:      Singlet-A      0.6386 eV 1941.38 nm  f=0.0010  <S**2>=0.000
      88 -> 90         0.52922
      89 -> 90        -0.46609
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -1399.02475707   
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.
您看一下,89-90的跃迁为负值,意味着什么?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2858#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-8 14:41:15 | 只看该作者 Only view this author
ztl1978 发表于 2017-2-8 14:27
Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State   1:      Singlet-A      0.6386 e ...

组态系数为负。没必要关注组态系数正负,就看贡献就完了,怎么算贡献在博文里已经写得很清楚了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

459

eV
积分
483

Level 3 能力者

2859#
发表于 Post on 2017-2-8 15:19:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-8 14:41
组态系数为负。没必要关注组态系数正负,就看贡献就完了,怎么算贡献在博文里已经写得很清楚了

好的,谢谢

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

2860#
发表于 Post on 2017-2-8 20:31:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-2-9 10:19 编辑

有两个文件计算的件时候,ph1.gjf文提交计算在黑窗口直接显示错误;ph2.gjf调整了结构却可以计算,这是为什么?ph1.gjf文件中如果不勾选calculate force constan once,也可以运行,却又是为何?出错提示:log文件中的错误:Route card not found.Error termination via Lnk1e in /home/er23/g09/l1.exe at Thu Feb  9 10:16:03 2017. Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      0 Int=      0 D2E=      0 Chk=      0 Scr=      0
                 l命令窗口:  Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 00002b1c8a179fb7
   rdx 0000000000000d59, rsp 00007ffcea987928, rbp 00007ffcea987f10
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000000d59, r8  00002b1c89a28340
   r9  0000000000000000, r10 00007ffcea9876f0, r11 0000000000000206
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007ffcea987f58
   r15 00000000000003e6
  --- traceback not available
Aborted (core dumped)

附件:http://pan.baidu.com/s/1bNqIdw
上面这个例子是在《the transition state a theoretical approch》里面描述的,书中说到在单分子反应中,顺式生成反结构的H-P-P-H 分别有1325i(pph bending ) and 951(torsion)的imaginary vibrational frequencies。不解为什么会有两个过渡态?

ph1.jpg (2.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

ph1

ph1

ph2.jpg (3.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

ph2

ph2

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2861#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-8 20:38:58 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-2-8 20:31
有两个文件计算的件时候,ph1.gjf文提交计算在黑窗口直接显示错误;ph2.gjf调整了结构却可以计算,这是为什 ...

注明出错提示。并且注意看置顶的高斯求助FAQ帖
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

2862#
发表于 Post on 2017-2-8 21:02:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-8 20:38
注明出错提示。并且注意看置顶的高斯求助FAQ帖

老师,错误结果我粘贴上了,请再看一下。顺便问一下,linux窗口的执行结果是通过符号>>的方式追加到文件再粘贴出来,还是有什么简单的方法直接可以复制命令结果。有时候出错提示的内容比较多,看到有些帖子上是完整的格式,但是本人又不会。

559

帖子

0

威望

6216

eV
积分
6775

Level 6 (一方通行)

2863#
发表于 Post on 2017-2-9 08:34:56 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,计算氮原子掺杂石墨烯的形成能时,(1)文献中有用化学势计算的,有用能量计算的,用哪个更好?(2)氮原子能量用氮气能量的二分之一,还是用单独计算的单个氮原子能量?(3)如果用单个氮原子的能量,文献中用二态的氮原子能量,可氮原子基态为四态,这里用哪个?(4)碳原子能量计算要用石墨烯中碳原子能量,为什么不采用计算单个碳原子能量?这个石墨烯中碳原子能量如何计算?谢谢老师!!

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

2864#
发表于 Post on 2017-2-9 12:13:24 | 只看该作者 Only view this author

高斯作业l202怎么解决呢?

Symmetry consistency failure.
Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l202.exe
高斯作业出现l202该怎么解决呢?谢谢!

1-OH-2-6-ts-uff-no.zip

73.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 10

140

帖子

0

威望

823

eV
积分
963

Level 4 (黑子)

2865#
发表于 Post on 2017-2-9 14:54:45 | 只看该作者 Only view this author

计算出现segmentation violation错误

老师们好,我在计算一个体系优化的时候出现了错误,这是我的输入文件和输出文件末尾的错误,请老师指点一下,谢谢了

1.png (15.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

输入文件1

输入文件1

2.png (2.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

输入文件末尾

输入文件末尾

3.png (13.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

输出文件错误部分

输出文件错误部分

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 14:15 , Processed in 0.180102 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list