简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

登登

老师您好，我想考察碳基加载钠（在碳基边缘链接-O-Na链）对CO2吸附解离过程的催化机理，搜完过渡态发现不加Na的碳基是先吸附CO2形成中间体然后再发生解离释放出CO。而加-O-Na链的碳基吸附解离一步发生并且能垒降低，过程如下图。如果我想深入去研究-O-Na在此过程中的作用机理，应该做哪些波函数方面的分析比较好。

lufenghxu

本人打算进行有机金属催化方面的计算，学习了好久不知道该学习哪些，望前辈指点一二。先说说我都学了哪些和困惑在什么地方。
1.找了好多英文书籍（中文的比较少或者说我没有找到，知识没怎么涨，英文阅读能力感觉涨的飞快。），quantum chemistry ，exploring chemistry with electronic structure methods，molecular modelling for beginner等。看完的感觉是，知识不成体系，不知道哪一部分知识解决了什么问题。自己感觉做有机反应机理就是找过渡态，不断地guess，不断试，只要能确定是过渡态就一切ok。但是觉得这样是不是没有理论深度。例如，分子轨道的term symbol不知道有什么用，看了上面说ground state 和excited state（不知道是否可以理解成transition state）之间转换有条件，可能涉及此处，singlet只能变为singlet。但是感觉很朦胧，不知道怎么用。
2.gaussview的使用不熟，网上找个视频（http://pan.baidu.com/s/1o7PAaiY 太大无法上传附件），感觉很好，但是不知道原理是什么。不知道有没有讲解gaussview各种技巧使用的书籍或者资料。这段视频测试了分子（波函数）的稳定性，看着有启发，但是不知道为什么要测试稳定性（gaussian手册有解释,个人觉得说的不清楚）。视频中的分组操作是怎么个意思啊？gaussview的操作也是在google上找到的，但是只有几个，不知道有没有系统讲解的资料啊。（有必要分享一下吗?）
鉴于本人目前入门阶段，有些问题可能问的不是很好，可能是个stupid question，请见谅。描述不清楚的请追问。

sobereva

追逐娃娃的梦 发表于 2017-2-6 14:27
老师，双杂化泛函是什么方法我看您之前的帖子“简谈量子化学计算中DFT泛函的选择”中说由于计算量大，很 ...

大是指相对于一般DFT泛函大，比起CCSD(T)的计算量完全忽略不计
双杂化随便google一下就知道含义
CBS-QB3算多组态方法，但要认清这是热力学组合方法，和一般的理论方法的用法和目的都有本质性区别

sobereva

Accelerator 发表于 2017-2-6 15:21
谢谢。因为之前的工作都是用D.01做的，那么不同子版本的G09算出的结果（构型、单点能）可以通用吗？

B01和D01之间还是comparable的

sobereva

lufenghxu 发表于 2017-2-7 09:40
本人打算进行有机金属催化方面的计算，学习了好久不知道该学习哪些，望前辈指点一二。先说说我都学了哪些和 ...

把科音的量化初级班和基础班都上过一遍该会的就都会了

sobereva

登登 发表于 2017-2-6 23:22
老师您好，我想考察碳基加载钠（在碳基边缘链接-O-Na链）对CO2吸附解离过程的催化机理，搜完过渡态发现不加 ...

可以考察一下带和不带-O-Na链时候对反应位点的福井函数、双描述符和静电势的影响，也可以考察对反映过程中原子电荷变化的影响

498746012

各位前辈好！能不能请教一下：我现在有SnO2的CIF文件，用什么软件可以画出像结构化学书里那样的晶胞，感觉Mercury不太好？如果我想把部分氧原子替换成氟原子该用什么软件，是gview吗？

15whyhq

InvSVX failed for QEq1.
Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l101.exe
高斯作业出现l101错误该怎么解决呢？谢谢！

ggdh

g09低版本的的bug
是时候升级一下你的gaussian09的版本了。

追逐娃娃的梦

sobereva 发表于 2017-2-7 13:48
大是指相对于一般DFT泛函大，比起CCSD(T)的计算量完全忽略不计
双杂化随便google一下就知道含义
CBS-QB ...

谢谢老师百忙之中给我回复，谢谢！谢谢！

ztl1978

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State   1:      Singlet-A      0.6386 eV 1941.38 nm  f=0.0010  <S**2>=0.000
      88 -> 90         0.52922
      89 -> 90        -0.46609
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -1399.02475707   
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State   2:      Singlet-A      0.7587 eV 1634.15 nm  f=0.0257  <S**2>=0.000
      87 -> 90         0.10523
      88 -> 90         0.46097
      89 -> 90         0.52690

Excited State   3:      Singlet-A      0.9725 eV 1274.88 nm  f=0.0048  <S**2>=0.000
      87 -> 90         0.69606

Excited State   4:      Singlet-A      1.4324 eV  865.60 nm  f=0.0000  <S**2>=0.000
      89 -> 91         0.70688

Excited State   5:      Singlet-A      1.5016 eV  825.69 nm  f=0.0000  <S**2>=0.000
      88 -> 91         0.70685

Excited State   6:      Singlet-A      1.7371 eV  713.75 nm  f=0.0004  <S**2>=0.000
      89 -> 92         0.70599

Excited State   7:      Singlet-A      1.8036 eV  687.43 nm  f=0.0001  <S**2>=0.000
      88 -> 92         0.70545

Excited State   8:      Singlet-A      1.8365 eV  675.11 nm  f=0.0000  <S**2>=0.000
      87 -> 91         0.70687

Excited State   9:      Singlet-A      1.8839 eV  658.13 nm  f=0.0055  <S**2>=0.000
      89 -> 93         0.70147

Excited State  10:      Singlet-A      1.9402 eV  639.02 nm  f=0.0019  <S**2>=0.000
      88 -> 93         0.70046

Excited State  11:      Singlet-A      2.1378 eV  579.97 nm  f=0.0001  <S**2>=0.000
      87 -> 92         0.70452

Excited State  12:      Singlet-A      2.2571 eV  549.31 nm  f=0.1957  <S**2>=0.000
      86 -> 90         0.54504
      86 -> 93         0.12665
      87 -> 93         0.42216

Excited State  13:      Singlet-A      2.2656 eV  547.25 nm  f=0.1277  <S**2>=0.000
      86 -> 90        -0.41243
      87 -> 93         0.55978

Excited State  14:      Singlet-A      2.6912 eV  460.70 nm  f=0.0001  <S**2>=0.000
      86 -> 91         0.70649

Excited State  15:      Singlet-A      2.8822 eV  430.17 nm  f=0.0086  <S**2>=0.000
      86 -> 92         0.69465
      86 -> 93        -0.11824

Excited State  16:      Singlet-A      3.0110 eV  411.77 nm  f=0.0001  <S**2>=0.000
      89 -> 94         0.70540

Excited State  17:      Singlet-A      3.0807 eV  402.46 nm  f=0.0000  <S**2>=0.000
      88 -> 94         0.70542

Excited State  18:      Singlet-A      3.1374 eV  395.18 nm  f=0.2065  <S**2>=0.000
      85 -> 90         0.47204
      86 -> 93         0.48884

Excited State  19:      Singlet-A      3.1827 eV  389.55 nm  f=0.0012  <S**2>=0.000
      89 -> 95         0.69219

Excited State  20:      Singlet-A      3.2485 eV  381.67 nm  f=0.0014  <S**2>=0.000
      88 -> 95         0.68293
      88 -> 99         0.11363

Excited State  21:      Singlet-A      3.2789 eV  378.13 nm  f=0.2587  <S**2>=0.000
      83 -> 90        -0.20014
      84 -> 90         0.39477
      85 -> 90        -0.33152
      86 -> 90        -0.12457
      86 -> 93         0.38753

Excited State  22:      Singlet-A      3.3540 eV  369.66 nm  f=0.0076  <S**2>=0.000
      84 -> 90        -0.14158
      89 -> 96         0.28521
      89 -> 97         0.51145
      89 -> 98        -0.25221
      89 -> 99        -0.21197

Excited State  23:      Singlet-A      3.3762 eV  367.23 nm  f=0.0576  <S**2>=0.000
      83 -> 90         0.13631
      84 -> 90         0.47528
      85 -> 90         0.21792
      86 -> 93        -0.13159
      88 -> 97        -0.17026
      88 -> 98         0.11416
      89 -> 96         0.34666

Excited State  24:      Singlet-A      3.3856 eV  366.21 nm  f=0.0200  <S**2>=0.000
      84 -> 90        -0.18957
      85 -> 90        -0.11272
      86 -> 93         0.10265
      88 -> 97         0.13719
      89 -> 96         0.52781
      89 -> 97        -0.28991
      89 -> 98         0.16689

Excited State  25:      Singlet-A      3.3999 eV  364.67 nm  f=0.0501  <S**2>=0.000
      83 -> 90         0.11799
      84 -> 90         0.21472
      85 -> 90         0.12390
      86 -> 93        -0.10676
      88 -> 95         0.10549
      88 -> 96         0.14735
      88 -> 97         0.47364
      88 -> 98        -0.30255
      88 -> 99        -0.21761

Excited State  26:      Singlet-A      3.4150 eV  363.06 nm  f=0.0001  <S**2>=0.000
      87 -> 94         0.70454

Excited State  27:      Singlet-A      3.4498 eV  359.40 nm  f=0.0005  <S**2>=0.000
      88 -> 96         0.67277
      88 -> 97        -0.13741
      88 -> 98         0.14105

Excited State  28:      Singlet-A      3.4818 eV  356.09 nm  f=0.0047  <S**2>=0.000
      83 -> 90        -0.27321
      89 -> 97         0.22653
      89 -> 98         0.57156
      89 -> 99        -0.17112

Excited State  29:      Singlet-A      3.4993 eV  354.31 nm  f=0.1203  <S**2>=0.000
      83 -> 90         0.56566
      85 -> 90        -0.20639
      86 -> 93         0.14221
      89 -> 97         0.12242
      89 -> 98         0.24171

Excited State  30:      Singlet-A      3.5450 eV  349.74 nm  f=0.0233  <S**2>=0.000
      83 -> 90         0.11174
      88 -> 97         0.29828
      88 -> 98         0.57989
      88 -> 99        -0.19973
有几个问题请教一下，第一：Singlet-A      0.6386 eV 激发能是表示什么意思？第二：振子强度越大的一定越有可能是激发态吗？第三：Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -1399.02475707   这个能量代表什么意思？第四：从不同轨道激发的有些是负数是什么意思？谢谢

我本是个娃娃

http://sobereva.com/314

PS：只需要贴上前五个激发态就足以说明问题了，20多个根本就没必要

jhlwc545454

sob老师您好，请问gauss在一开始比如设置了 opt freq b3lyp/6-311+g(d,p)或 opt freq b3lyp/genecp 但是在输入文件结尾具体对元素重新定义了基组 比如
h   0   
3-21g
****
o   o
6-311g*


那这样基组是选用哪一个呢？还是用b3lyp/gen才是使用自定义基组呢
谢谢！

sobereva

498746012 发表于 2017-2-7 15:34
各位前辈好！能不能请教一下：我现在有SnO2的CIF文件，用什么软件可以画出像结构化学书里那样的晶胞，感 ...

可以试试VESTA、Crystalmaker之类其它的晶体可视化程序
gview不是干这个的。

sobereva

jhlwc545454 发表于 2017-2-8 11:47
sob老师您好，请问gauss在一开始比如设置了 opt freq b3lyp/6-311+g(d,p)或 opt freq b3lyp/genecp 但是在 ...

只要写了gen或genecp，就都会使用末尾自定义的基组