计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

21

帖子

0

威望

262

eV
积分
283

Level 3 能力者

2881#
发表于 Post on 2017-2-10 11:26:29 | 只看该作者 Only view this author

寻找过渡态Severe Error Message # 2070 !

寻找but-1-ene ----->(E)but-2-ene过程中老是出错,还有过程中使用connection editor是什么作用?enabling auto这个选项不能直接用吗?是不是每次寻找过渡态都要把原子用connection editor对应起来?
初学者问题有些白痴,请大家指教

%chk=D:\Gaussion\g09w\chuxuejisuan\1,3-hydrogen shift\1,3shift-qst2.chk
# opt=qst2 freq b3lyp/6-31g geom=connectivity
Title Card Required
0 1
C                 -1.70000009    0.08333333    0.00000000
H                 -1.16683635   -0.84437159    0.00000000
C                 -1.02472579    1.25831063    0.00000000
H                 -2.77000009    0.08333333    0.00000000
C                 -1.79208296    2.59351210    0.00000000
H                  0.04527421    1.25831063    0.00000000
H                 -2.40698173    2.65149526   -0.87374908
H                 -2.40727530    2.65132712    0.87355355
C                 -0.78902831    3.76205021    0.00028147
H                 -0.17384716    3.70424443   -0.87328057
H                 -1.32219206    4.68975513    0.00029855
H                 -0.17411841    3.70405705    0.87402205
1 2 1.0 3 2.0 4 1.0
2
3 5 1.0 6 1.0
4
5 7 1.0 8 1.0 9 1.0
6
7
8
9 10 1.0 11 1.0 12 1.0
10
11
12
Title Card Required
0 1
C                 -1.02472579    1.25831063    0.00000000
H                  0.04527421    1.25831063    0.00000000
C                 -1.70000010    0.08333333    0.00000000
H                 -0.31906692   -1.31061209   -0.87462771
C                 -0.93264293   -1.25186814    0.00000000
H                 -2.77000009    0.08333333    0.00000000
H                 -0.31612944   -1.30892330    0.87267166
H                 -1.62956888   -2.06377355    0.00195600
C                 -1.79208296    2.59351210    0.00000000
H                 -2.40698173    2.65149526   -0.87374908
H                 -1.09515538    3.40541845    0.00019557
H                 -2.40727530    2.65132712    0.87355355
1 3 2.0 2 1.0 9 1.0
2
3 6 1.0 5 1.0
4 5 1.0
5 7 1.0 8 1.0
6
7
8
9 11 1.0 10 1.0 12 1.0
10
11
12

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

2882#
发表于 Post on 2017-2-10 11:57:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-8 13:13
可以试试VESTA、Crystalmaker之类其它的晶体可视化程序
gview不是干这个的。

谢谢sob前辈,感谢您在百忙之中给予帮助

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2883#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-10 12:00:45 | 只看该作者 Only view this author
ltotorosy 发表于 2017-2-10 11:26
寻找but-1-ene ----->(E)but-2-ene过程中老是出错,还有过程中使用connection editor是什么作用?enablin ...


贴输入文件的时候应当直接把输入文件当做附件传上来,否则空行可能会被吞掉。不知道是否你的输入文件里本来就没空行,还是贴上来的时候弄没了。空行必须有。

初学者我强烈建议用opt(TS,calcfc,noeigen)为关键词,直接提供一个恰当的初猜结构找过渡态,方便得多。QST2我很不建议用,不仅使用麻烦,还得确保两帧结构的原子顺序相互对应,而且效果并不比opt=TS好,所以没有特殊情况不要使用。
connection editor是帮助你使得两帧结构原子顺序对应的工具。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

262

eV
积分
283

Level 3 能力者

2884#
发表于 Post on 2017-2-10 12:05:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-10 12:00
贴输入文件的时候应当直接把输入文件当做附件传上来,否则空行可能会被吞掉。不知道是否你的输入文件里 ...

谢谢老师,请问在寻找过渡态的时候,用connection editor是什么作用?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2885#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-10 12:07:14 | 只看该作者 Only view this author
ltotorosy 发表于 2017-2-10 12:05
谢谢老师,请问在寻找过渡态的时候,用connection editor是什么作用?

connection editor是帮助你使得两帧结构原子顺序对应的工具。
QST2、QST3才用得到,opt=TS不需要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

262

eV
积分
283

Level 3 能力者

2886#
发表于 Post on 2017-2-10 12:10:04 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师。您那有没有gaussview使用指导?中英文都可以,我感觉跟着视频教程算一算还是对gaussview很不熟悉

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2887#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-10 12:12:42 | 只看该作者 Only view this author
ltotorosy 发表于 2017-2-10 12:10
谢谢老师。您那有没有gaussview使用指导?中英文都可以,我感觉跟着视频教程算一算还是对gaussview很不熟悉

要么看手册。要么参加4月份第二届科音初级量子化学培训班,这些都会详细讲
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

262

eV
积分
283

Level 3 能力者

2888#
发表于 Post on 2017-2-10 12:13:44 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师

53

帖子

0

威望

733

eV
积分
786

Level 4 (黑子)

2889#
发表于 Post on 2017-2-10 15:45:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 登登 于 2017-2-10 20:55 编辑
sobereva 发表于 2017-2-7 14:07
可以考察一下带和不带-O-Na链时候对反应位点的福井函数、双描述符和静电势的影响,也可以考察对反映过程 ...

老师,我按您说的做了双描述符的比较发现-O-Na的确可以提高活性位点的值,但从反应过程来看,在反应过程中-O-Na也影响了CO2的解离过程,如下图-O-Na的碳基中CO2的吸附解离一起发生,而不加-C-O-Na的碳基,CO2的吸附和解离分开发生存在两个能垒。为了分析这个过程,我按照您的帖子通过和ELF/RDG等值面动画研究化学反应过程,但不怎么会分析。
对比两种情况发现两个问题
(1)不加-O-Na,吸附过程中CO2整体往碳基面这边弯折,而且CO2中间的的C和碳基面中间形成了一个定域性区域,在此定域性下方出现了一个互斥作用的RDG促使CO2向上倾斜,随着解离发生定域性降低,这个定域区可以理解为是与碳基形成的键吗?而加-O-Na的情况,为什么CO2整体向碳基反方向弯折,而且似乎CO2中间的C与Na形成了定域性区域。
(2)发现加-O-Na在CO2要发生解离时候,Na对CO2的成吸引作用而对CO2的碳成互斥作用,是不是可以理解为Na通过这两种作用促使CO2解离吸附的能垒降低。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2890#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-10 17:59:33 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2017-2-10 15:45
老师,我按您说的做了双描述符的比较发现-O-Na的确可以提高活性位点的值,但从反应过程来看,在反应过程 ...


太忙,就大概看了下,应该可以说Na对于CO2的氧加成到芳香碳上起到了明显的稳定化作用,产物能量被拉低了,过渡态能量也被拉低了。由于氧加上去CO2产生了显著的弯折,和CO的作用显著被削弱,加上去的氧也就没有额外能力与剩下的CO构成一个PES极小点,CO直接就跑了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

53

帖子

0

威望

733

eV
积分
786

Level 4 (黑子)

2891#
发表于 Post on 2017-2-10 18:32:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-10 17:59
太忙,就大概看了下,应该可以说Na对于CO2的氧加成到芳香碳上起到了明显的稳定化作用,产物能量被拉低 ...

谢谢老师回复,老师PES是什么概念,有没有相关资料?另外为什么-O-Na的定域性区域都分布在原子周围,从ELF和RDG可以判断O和Na成键形式是配位键还是离子键吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2892#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-10 18:55:36 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2017-2-10 18:32
谢谢老师回复,老师PES是什么概念,有没有相关资料?另外为什么-O-Na的定域性区域都分布在原子周围,从EL ...

PES=势能面,资料一搜一堆
O和Na之间只能是离子键
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

53

帖子

0

威望

733

eV
积分
786

Level 4 (黑子)

2893#
发表于 Post on 2017-2-10 18:58:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-10 18:55
PES=势能面,资料一搜一堆
O和Na之间只能是离子键

好的,谢谢老师,接触计算不久,很多概念不熟悉,只是照猫画虎。

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

2894#
发表于 Post on 2017-2-11 10:45:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-2-11 11:16 编辑

提交opt计算任务,windows下可以文本形式打开log文件,显示normal terminal,但是无法再gv中打开,显示failure reading molecule specification。linux下生成chk文件,但是没有log文件,chk文件用gv打开时显示can't find gaussian formchk utility。用formchk命令转换格式后,可以用gv打开。gjf文件已经上传。



360截图20170211102901076.jpg (9.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

error

error

proopt2.gjf

1.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2895#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-11 14:25:36 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-2-11 10:45
提交opt计算任务,windows下可以文本形式打开log文件,显示normal terminal,但是无法再gv中打开,显示fail ...


从头到尾仔细看一遍log文件,如果没看出原因,说明gv版本太老或者有bug,也可尝试用chemcraft打开
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 15:48 , Processed in 0.264775 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list