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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-2-15 10:50:46 | 只看该作者 Only view this author
IRC(LQA,CALCFC,STEPSIZE=10,MAXPOINT=100)

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发表于 Post on 2017-2-15 11:05:10 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-2-15 10:50
IRC(LQA,CALCFC,STEPSIZE=10,MAXPOINT=100)

这个做何解释?老师

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发表于 Post on 2017-2-15 11:36:33 | 只看该作者 Only view this author
请教Sobereva大神,我用orca计算含锑的配合物,想用混合基组6-31G*/Lanl2DZ,即Sb用Lanl2DZ,其它用6-31G*,请帮我看下,下面的输入文件是否正确?

! UKS B3LYP/G 6-31G(d) ECP{LanL=[Sb]} OPT RIJCOSX
! pal4

* xyz 0 1
  coordinates

非常感谢!

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发表于 Post on 2017-2-15 11:43:57 | 只看该作者 Only view this author
  • Gaussian常见简单报错及解决方法 (Ctrl+F 关键词检索,定位至相应段落):

            · 2070 Error (Windows)
            · segmentation violation/segmentation fault (Linux)

            · L101,End of file in ZSymb.
            · L103,Error in internal coordinate system
            · L103,Linear angle in Bend
            · L103,FormBX had a problem
            · L123,Max corrector steps exceded
            · L123,GS2 Optimization Failure.
            · L502,Convergence failure
            · L502,Inaccurate quadrature in CalDSu.
            · L801,Excessive mixing of core and valence orbitals.
            · L1002,Inaccurate quadrature in CalDSu.
            · L9999,Optimization stopped.

            · Erroneous write
            · g_write
            · needs more words of memory.
            · NtrErr Called from FileIO.
            · Out-of-memory

            · Gaussian Bug 的“样式”及发现Bug后的可能做法


参阅置顶帖《Gaussian FAQ;新手求助报错时的注意事项(持续更新)http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829&extra=page%3D1
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发表于 Post on 2017-2-15 14:47:20 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-2-15 10:50
IRC(LQA,CALCFC,STEPSIZE=10,MAXPOINT=100)

Gaussian的默认IRC算法HPC为了使曲线平滑需做重校正,但常有校正步不收敛的问题。换用GS2算法时,其限制性优化有时也不收敛。

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发表于 Post on 2017-2-15 15:04:35 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-2-15 14:47
Gaussian的默认IRC算法HPC为了使曲线平滑需做重校正,但常有校正步不收敛的问题。换用GS2算法时,其限制 ...

我用你给的命令试了一下,问题解决了,出来的结果在两端都比较平了,我有点不明白的是括号里的LQA是什么作用

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发表于 Post on 2017-2-15 15:26:51 | 只看该作者 Only view this author
zc000 发表于 2017-2-15 15:04
我用你给的命令试了一下,问题解决了,出来的结果在两端都比较平了,我有点不明白的是括号里的LQA是什么 ...

local quadratic approximation,高斯手册上有的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-15 17:40:52 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2017-2-15 08:31
请问有时用Material Studio打开cif文件时不显示化学键只显示一个个原子怎么解决?(display里面调成了line ...

build - bonds,生成成键关系,看看能否解决,注意适当调整阈值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-15 17:45:22 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-2-15 09:28
老师有两个问题请教:
问题一:关于体系能量,一般书中把原子核和电子的作用,电子的动能,势能(电子之间 ...

计算单点的时候视为原子核不动。原子核间互斥势就用库仑公式来算。做振动分析的时候一般按照谐振子方式考虑核的运动以及对体系热力学量的贡献,并且再把体系当成刚性考虑体系整体平动和转动对热力学量的贡献。高斯做freq输出的热力学校正量都可以认为是核运动产生的(除了自旋多重度大于1的时候还把电子能级简并对熵的贡献考虑进去)
如果不用BO近似,还把原子核的运动以量子方式考虑,那就没法定义特定结构下的能量了,也就没法算单点能,也就没法定义势能面。


还是看看基本资料好好揣摩一下:
热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
更详细清晰的式子看此文的文档
Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-15 18:28:48 | 只看该作者 Only view this author
hee_csu 发表于 2017-2-15 11:36
请教Sobereva大神,我用orca计算含锑的配合物,想用混合基组6-31G*/Lanl2DZ,即Sb用Lanl2DZ,其它用6-31G*, ...


应该写
B3LYP/G 6-31G(d) ECP{LanL2=[Sb],LANLDZ} OPT
闭壳层体系用U白费时间
pople系列和lanl2DZ都没辅助基组,会使用def2的辅助基组,会带来显著误差
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发表于 Post on 2017-2-15 20:30:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-15 18:28
应该写
B3LYP/G 6-31G(d) ECP{LanL2=[Sb],LANLDZ} OPT
闭壳层体系用U白费时间


收到,非常感谢!

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发表于 Post on 2017-2-15 22:38:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-15 18:28
应该写
B3LYP/G 6-31G(d) ECP{LanL2=[Sb],LANLDZ} OPT
闭壳层体系用U白费时间


你说的“会使用辅助基组,会带来显著误差”,请问:
1)orca中的辅助基组是的是什么?
2)如何能消去该显著误差?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-15 23:03:00 | 只看该作者 Only view this author
hee_csu 发表于 2017-2-15 22:38
你说的“会使用辅助基组,会带来显著误差”,请问:
1)orca中的辅助基组是的是什么?
2)如何能消去该 ...

辅助基组的介绍这里有:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

不用RIJCOSX便可,或者用带有标配辅助基组的def2系列等,要么就让ORCA自动产生辅助基组
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发表于 Post on 2017-2-15 23:12:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-15 23:03
辅助基组的介绍这里有:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

非常感谢,我是这几天才接触orca,一直不明白辅助基组。
多谢您的指点!

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发表于 Post on 2017-2-16 16:52:14 | 只看该作者 Only view this author
基组选择不一样会不会影响过渡态结构。如果我先用简单结构找到过渡态,然后不改变结构,只改变基组,去寻找过渡态,这样一定会找到吗?

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