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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-2-20 08:59:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-20 01:11
已经回复了,用R是因为势垒用的是每mol的
或许有自由能垒,计算IRC每个点的自由能。如果连自由能垒都没 ...

谢谢老师的回答,我知道了,很抱歉一直纠缠您,给您添麻烦了

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发表于 Post on 2017-2-20 10:38:01 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,请问老师通过NIST可以查得物质各压力下吉布斯自由能吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-20 19:07:09 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-2-20 10:38
谢谢老师,请问老师通过NIST可以查得物质各压力下吉布斯自由能吗?


数据基本都是标况的,各压力下估计没有
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发表于 Post on 2017-2-20 19:37:24 | 只看该作者 Only view this author
kisthelp报错如图,请问应该怎么解决呢?请指教!

S44Z6HHRU@6W(VSYYRYX[O0.png (3.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

S44Z6HHRU@6W(VSYYRYX[O0.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-20 20:04:16 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-2-20 19:37
kisthelp报错如图,请问应该怎么解决呢?请指教!

光从这不好判断。
可以联系开发者,把输入文件一起附上。
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发表于 Post on 2017-2-20 21:49:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2017-2-20 22:13 编辑

通过https://bse.pnl.gov/bse/portal查的cc-pvdz自定义基组如下有如下内容:
aug-cc-pVDZ ****C     0
S   8   1.00  
6665.0000000              0.0006920           
1000.0000000              0.0053290            
228.0000000              0.0270770            
64.7100000              0.1017180            
21.0600000              0.2747400              
7.4950000              0.4485640            
2.7970000              0.2850740              
0.5215000              0.0152040        
S   8   1.00   
6665.0000000             -0.0001460           
1000.0000000             -0.0011540           
228.0000000             -0.0057250            
64.7100000             -0.0233120            
21.0600000             -0.0639550            
7.4950000             -0.1499810            
2.7970000             -0.1272620            
0.5215000              0.5445290        
S   1   1.00     
0.1596000              1.0000000      
S   1   1.00      
0.0469000              1.0000000      
  P   3   1.00      
9.4390000              0.0381090            
2.0020000              0.2094800              
0.5456000              0.5085570      
P   1   1.00      
0.1517000              1.0000000      
P   1   1.00     
0.0404100              1.0000000        
D   1   1.00   
  0.5500000              1.0000000      
D   1   1.00   
  0.1510000              1.0000000      
****
查的 aug-cc-pVDZ Diffuse如下:
****C     0
S   1   1.00      
0.0469000              1.0000000      
P   1   1.00     
0.0404100              1.0000000        
D   1   1.00      
0.1510000              1.0000000        
****
问题1:aug-cc-pVDZ Diffuse 是不是仅仅指增加的diffuse functions?如果让aug-cc-pVDZ再加diffuse functions,是不是要把这两个自定义基组叠加?
问题2:aug-cc-pvdz里面的dz在上面的基函数中怎么体现?我看有些资料里面说DZ sets have two basis functions per orbital. 可以我看不出来。
问题3:cc-pVDZ是correlation consistent-polarized ,only valenced ..double zeta functions,cc-pCVDZ有指代什么?有什么区别?
问题4:文献中这样描述一组基组,the los alamos relativistic effective core potentials (ECPs) were used for the core electrons of Ni and a (541/541/311/1) basis set was empoyed for its valence electrons.个人理解,ECP(PP)基组仅仅是把内层的电子看做整体,还要加valence basis。在网址https://bse.pnl.gov/bse/portal中我没有找到和文献中一样的基组(ECP+(541/541/311/1) basis set),如果我要重复文献,是不是必须从文献中获取?网站https://bse.pnl.gov/bse/portal中,gaussian格式只有gaussian98,和gaussian09 适用吗?
问题比较多,先谢谢老师了!

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发表于 Post on 2017-2-20 22:22:50 | 只看该作者 Only view this author
为什么总是出现错误2070,只是用Gaussian View对甲烷分子做优化,MaxMem=2GB,大一点的分子也一直是2070

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-20 22:32:14 | 只看该作者 Only view this author
lmhzhm 发表于 2017-2-20 22:22
为什么总是出现错误2070,只是用Gaussian View对甲烷分子做优化,MaxMem=2GB,大一点的分子也一直是2070


如果是windows 32bit版Gaussian,最大也就能设1500MB~1600MB
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-20 22:39:26 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-2-20 21:49
通过https://bse.pnl.gov/bse/portal查的cc-pvdz自定义基组如下有如下内容:
aug-cc-pVDZ ****C     0
S ...


1 aug-cc-pVDZ Diffuse指的是aug-cc-pVDZ的弥散部分,显然不能“让aug-cc-pVDZ再加diffuse functions”

2 直接从这上面不容易看出来,除非你把高斯基函数作出径向图和原子轨道来对比

3 多出来的C代表专门用于考虑内核轨道相关能的版本(用的时候也因此不能带着冻核近似)。一般没必要用

4 文献里说得不对,lanl赝势对Ni根本没有考虑相对论效应,所以不是相对论赝势。从第五周期才开始才算相对论赝势。

甭管他那个赝势基组,而且这只是告诉你基组的收缩方式,并没告诉你具体怎么定义的。用lanl赝势应当用主流的诸如lanl2TZ、lanl2TZ(f)这些赝势基组

格式和09一样
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发表于 Post on 2017-2-21 11:25:37 | 只看该作者 Only view this author
我想问一下大家,每次进行高斯计算前都需要先检验一下stable吗?如果不是,那么哪些情况下需要先进行stable计算?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-21 11:46:41 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-2-21 11:25
我想问一下大家,每次进行高斯计算前都需要先检验一下stable吗?如果不是,那么哪些情况下需要先进行stable ...


没这个必要。诸如有机体系几乎总能收敛到稳定波函数
计算电子结构复杂,以及体系有对称性时不确定是否能得到基态波函数的时候才需要
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发表于 Post on 2017-2-21 13:55:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-21 11:46
没这个必要。诸如有机体系几乎总能收敛到稳定波函数
计算电子结构复杂,以及体系有对称性时不确定是否 ...

我看网上说通常不用管stable,只要高斯下优化成功(不报错)且无虚频产生就算目的达成,您看这样理解的可以吗?因为我做的是实际催化材料的模拟计算,感觉自己无法直观判断画出来的结构是否为基态。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-21 21:42:47 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-2-21 13:55
我看网上说通常不用管stable,只要高斯下优化成功(不报错)且无虚频产生就算目的达成,您看这样理解的可 ...

不要信网上乱七八糟地方的说法,这种说法大错特错。
比如氧分子的基态是三重态,但是你用单重态来优化,最后也没有虚频,但你做stable时Gaussian就会告诉你这不是真正的基态电子态。

stable检测的是波函数是否对应当前结构下基态波函数,不是“结构是否是基态”
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发表于 Post on 2017-2-21 22:12:26 | 只看该作者 Only view this author
Electron density surfaces from any computed density和Electrostatic potential surfaces有什么区别?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-21 22:18:13 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-2-21 22:12
Electron density surfaces from any computed density和Electrostatic potential surfaces有什么区别?

电子密度显然和静电势不是一码事
看这里的介绍
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219
以及这里第11节的一些讨论
http://sobereva.com/298
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