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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-14 15:12:57 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-2-14 12:22
好像链接已经失效了。

没失效
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发表于 Post on 2017-2-14 16:00:36 | 只看该作者 Only view this author
general Amber force field (GAFF) 与  Amber力场的区别

文献是这样介绍的,General Amber force field (GAFF) is designed to be compatible with existing Amber force fields for proteins and nucleic acids, and has parameters for most organic and
pharmaceutical molecules that are composed of H, C, N, O, S, P, and halogens.(文献J Comput Chem 25: 1157-1174, 2004)

我的理解是,前者的应用范围更广,而后者仅仅能够适用于蛋白质和核酸?
不知道理解的对不对?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-14 16:07:09 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2017-2-14 16:00
general Amber force field (GAFF) 与  Amber力场的区别

文献是这样介绍的,General Amber force field  ...


GAFF主要是扩展Amber系列力场的适用范围而提出的。比如蛋白质+五花八门的小分子配体体系,Amber只能描述蛋白质,小分子就没得描述了。GAFF提出后小分子就可以用GAFF描述了。
GAFF和Amber力场是互补关系,用GAFF虽然也可以描述蛋白质、核酸,但结果会比Amber烂得多,毕竟不是专用的。
PS:非量化问题建议在分子模拟板块发帖问。
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发表于 Post on 2017-2-14 20:53:21 | 只看该作者 Only view this author
怎样让两个已优化的分子能够精确地摆放成面对面的构型

比如两个分子,C60与并五苯,两个分子已经分别单独优化好了,现在要将其摆放成面对面的构型(即C60的一个五边形或六边形与并五苯面对面摆放)
怎样让其摆放的刚好面对面,而不会破坏两个分子已优化好的构型?
难道直接使用手工摆放吗?
限制性优化的话,只能固定其中之一

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发表于 Post on 2017-2-14 21:54:45 | 只看该作者 Only view this author

老师,我算了一下自旋多重度为2的情况,按您说的将N+1的电荷数和自选多重度设为-1,1,N-1设为1,1.算出来的亲核和亲电的图是一样,而且按照说明书4.5.4算出来的双描述的图里面的没有出现等值面。CFF出来的f-和f+值也很相近(下图),但自旋多重度为1的情况算出来原子的亲核亲电活性基本是相反的,这样是正常情况吗?开壳的亲电和亲点活性是相同的吗?



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-14 21:58:34 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2017-2-14 20:53
怎样让两个已优化的分子能够精确地摆放成面对面的构型

比如两个分子,C60与并五苯,两个分子已经分别单 ...

直接手工摆放就行,把坐标拷到一起,然后在gview里调整相对朝向,没什么难度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-14 22:04:49 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2017-2-14 21:54
老师,我算了一下自旋多重度为2的情况,按您说的将N+1的电荷数和自选多重度设为-1,1,N-1设为1,1.算出来 ...


不是恰好一样,只是比较接近而已。属于巧合,没有必然性f+应当和f-相仿佛或必须差异明显
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sobereva 发表于 2017-2-14 21:58
直接手工摆放就行,把坐标拷到一起,然后在gview里调整相对朝向,没什么难度

那不是不太准了,手工总有误差啊

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赵云跳槽 发表于 2017-2-14 22:05
那不是不太准了,手工总有误差啊


只要方法对,耐心,就没什么误差。开着笛卡尔坐标轴做参考,在各个方向下,善用鼠标右键拖动来在平面内旋转,可以精确操纵
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发表于 Post on 2017-2-14 22:07:27 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-2-14 22:12:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-14 22:04
不是恰好一样,只是比较接近而已。属于巧合,没有必然性f+应当和f-相仿佛或必须差异明显

好的,谢谢老师回复

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发表于 Post on 2017-2-15 08:31:44 | 只看该作者 Only view this author
请问有时用Material Studio打开cif文件时不显示化学键只显示一个个原子怎么解决?(display里面调成了line,打开某些cif是有line的)

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发表于 Post on 2017-2-15 08:35:21 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-2-13 09:24
Gaussian常见简单报错及解决方法 (Ctrl+F 关键词检索,定位至相应段落):

            · 2070 Error  ...

谢谢您

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发表于 Post on 2017-2-15 09:28:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-2-15 09:58 编辑

老师有两个问题请教:
问题一:关于体系能量,一般书中把原子核和电子的作用,电子的动能,势能(电子之间的作用,电子和原子核的作用)放在一起考虑,但是原子核的动能,原子核之间的作用,是怎么考虑的?BO近似把核看做不动,那对构象优化时不断调整键角,键长后是怎么确定体系能量的?热力学分析时核的能量怎么考虑,gaussian计算出的能量值哪些是电子的,哪些是核的?
问题二:分子的translation,rotation,vibration和哈密顿算符中包含的电子的动能,势能之间是什么关系?感觉自己不能把他们之间的关系搞清楚。
这部分理解的比较乱,问题可能描述的不清楚。主要是区分不清楚哪些能量是核的,哪些是电子的?

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发表于 Post on 2017-2-15 10:12:34 | 只看该作者 Only view this author

做IRC最大步数设定问题

本帖最后由 zc000 于 2017-2-15 10:14 编辑

请问老师,我在做单个碳原子还原N2O的时候,做IRC的时候,由于默认的步数达不到想要的结果,我人为的增大步数到18,可以出来结果,但是进一步增大步数,计算过程中报错。输入文件见图一,报错窗口见图二。

本版积分规则 Credits rule

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