计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

286#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-23 04:10:50 | 只看该作者 Only view this author
Maggie 发表于 2015-10-23 04:03
sob老师,你好。有两个问题想请教一下,麻烦了。
1.用CCSD(T)-f12c计算有机金属化合物中有机物部分的能量 ...

1 没法只算有机部分,只能算整个化合物的。计算体系中的所有原子都必须有基组,金属不可能不给它定义基组,除非你是把金属当成背景电荷来考虑。

2 有机部分涉及的原子不需要用赝势

你表达得不是太清楚。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

31

eV
积分
39

Level 2 能力者

287#
发表于 Post on 2015-10-23 05:33:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-23 04:10
1 没法只算有机部分,只能算整个化合物的。计算体系中的所有原子都必须有基组,金属不可能不给它定义基组 ...

1.不包含金属部分基组的有机物能量,就是只算它自己的。但是我当时把键长输错了,比正常范围超出太多,输出的时候就显示不收敛。请问这是为什么呢?
2.因为开始优化整个分子构型的时候是加了赝势的,但是后来包含所有基组计算有机部分能量(应该也就是将金属当作背景电荷)的时候不用赝势是为什么呢?
不好意思,因为是新手,很多东西都不知道,麻烦了~

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

288#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-23 05:37:39 | 只看该作者 Only view this author
Maggie 发表于 2015-10-23 05:33
1.不包含金属部分基组的有机物能量,就是只算它自己的。但是我当时把键长输错了,比正常范围超出太多,输 ...


1 前面已经说了,除非将金属当成背景电荷,否则金属部分不可能不加基组,不加结果一定没法用。绝对不是你不给某些原子用基组,就能排除某些原子对能量的贡献。如果你就是将金属当成了背景电荷,一定要描述清楚这点,这并不是常用的做法。

2 对第四及之后周期的元素用赝势才有意义。先弄懂什么是赝势,为什么要用赝势,此文有一部分讨论:
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

31

eV
积分
39

Level 2 能力者

289#
发表于 Post on 2015-10-23 06:16:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-23 05:37
1 前面已经说了,除非将金属当成背景电荷,否则金属部分不可能不加基组,不加结果一定没法用。绝对不是 ...

不加基组指的是将有机部分当作一个单个分子来算,有机部分中的所有原子都是有基组的。那这种情况下,如果输入的键长、键角超出了正常范围就会不收敛吗?
不好意思,这么晚了还在打扰你,感谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

290#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-23 07:23:55 | 只看该作者 Only view this author
Maggie 发表于 2015-10-23 06:16
不加基组指的是将有机部分当作一个单个分子来算,有机部分中的所有原子都是有基组的。那这种情况下,如果 ...


超出平衡距离越多,电子结构越复杂,SCF通常越难收敛
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

31

eV
积分
39

Level 2 能力者

291#
发表于 Post on 2015-10-23 16:31:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-23 07:23
超出平衡距离越多,电子结构越复杂,SCF通常越难收敛

嗯,明白了。谢谢

97

帖子

0

威望

337

eV
积分
434

Level 3 能力者

292#
发表于 Post on 2015-10-26 08:05:29 | 只看该作者 Only view this author
老师,你好,想请教一下:

用Gaussian 09 优化计算某分子激发态 (opt, 6-31Gdp, TDDFT b3ylp), 查看output file, 得到如下信息:

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State   1:      Singlet-A      3.4782 eV  356.46 nm  f=1.0054  <S**2>=0.000
      48 -> 49         0.71060
      48 <- 49        -0.10928

其中,同样是HOMO -> LUMO,但是箭头一个是正着的,另一个 48 <- 49 箭头是倒着的是什么意思呢?有什么物理意义吗?

计算贡献率,0.71060^2*2=1.0099,已结超过1了,这样合理吗?

谢谢~

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

293#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-26 11:04:10 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2015-10-26 08:05
老师,你好,想请教一下:

用Gaussian 09 优化计算某分子激发态 (opt, 6-31Gdp, TDDFT b3ylp), 查看outp ...

电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

97

帖子

0

威望

337

eV
积分
434

Level 3 能力者

294#
发表于 Post on 2015-10-27 15:17:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-26 11:04
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230

谢谢老师指教!

我学习了这篇帖子,有个疑惑:关于去激发de excitation,为什么有些分子有,有些没有呢?以前我没有遇到过这种情况。而且去激化的负贡献率一般都很小是怎么回事呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

295#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-27 15:38:54 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2015-10-27 15:17
谢谢老师指教!

我学习了这篇帖子,有个疑惑:关于去激发de excitation,为什么有些分子有,有些没有 ...


去激发是来自于TDDFT中的B矩阵,数值一般不大,忽略了B矩阵的形式叫做TDA。TDA和TDDFT激发能结果通常很接近,也即表明B矩阵,以及去激发的系数及其影响是很小的。
有没有、以及多大,这跟分子特征没必然关系。
曾经遇到过去激发系数特别大的情况,同时发现TDDFT结果有问题,改用TDA形式来算结果正常了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

97

帖子

0

威望

337

eV
积分
434

Level 3 能力者

296#
发表于 Post on 2015-10-28 09:38:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-27 15:38
去激发是来自于TDDFT中的B矩阵,数值一般不大,忽略了B矩阵的形式叫做TDA。TDA和TDDFT激发能结果通常很 ...

谢谢~~

125

帖子

1

威望

1047

eV
积分
1192

Level 4 (黑子)

297#
发表于 Post on 2015-11-2 20:36:50 | 只看该作者 Only view this author
请问计算过渡态时,对Frequency的理解这样对么?
计算得到的虚频越强,反应更容易进行。(主要想通过振动熵解释反应现象的)

谢谢!!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

298#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-2 22:35:30 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-11-2 20:36
请问计算过渡态时,对Frequency的理解这样对么?
计算得到的虚频越强,反应更容易进行。(主要想通过振动 ...

虚频只能说大小,没法说强弱。
反应是否容易进行得看自由能垒,没有其它条件的话,光从虚频没法判断。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

125

帖子

1

威望

1047

eV
积分
1192

Level 4 (黑子)

299#
发表于 Post on 2015-11-2 22:45:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-2 22:35
虚频只能说大小,没法说强弱。
反应是否容易进行得看自由能垒,没有其它条件的话,光从虚频没法判断。

我最近看到振动熵这个概念,顾名思义就是分子的伸缩振动的熵。我想用振动频率的大小来衡量振动熵。请问可以吗?如果针对虚频的情况下,是否可以呢?


谢谢SOB老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

300#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-2 22:49:48 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-11-2 22:45
我最近看到振动熵这个概念,顾名思义就是分子的伸缩振动的熵。我想用振动频率的大小来衡量振动熵。请问可 ...


熵通过配分函数来定义,分子的所有内运动模式都会对配分函数产生贡献,并对熵产生贡献,绝不仅仅是伸缩振动才产生贡献。反倒是那些低频扭转运动对熵产生的贡献是最大的。
而且注意计算配分函数的时候是不考虑虚频的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 09:36 , Processed in 0.166328 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list