简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

ccccn345

老师，你好

请问，在gview中，我使用opt+freq来优化激发态分子，尝试多次总是报错，但是只用opt优化激发态却没有问题，不知道为什么？

另外，不是非常明白 geom=connectivity 的具体含义，一般在gview里设置时，默认自带这个，但是有人说删掉也没影响，我觉得应该是关联坐标的，不知道理解的对不对？

liyuanhe211

ccccn345 发表于 2015-11-3 12:05
老师，你好

请问，在gview中，我使用opt+freq来优化激发态分子，尝试多次总是报错，但是只用opt优化激发 ...

报错报的是什么错（别告诉我2070），去输出文件最后找，然后去网上搜，再不行再问。geom=connectivity是对应了下面文件中“************************”标出的部分，用来指示原子间键联关系。HF、post-HF、DFT等方法中都不需要键级做输入（查阅SCF过程），只对分子力学等有用，除此之外geom=connectivity和*..*段落同时存在或同时删掉没有影响。GaussView里也可以设置默认不加上geom=connectivity。

1. #p opt freq b3lyp/3-21g geom=connectivity
   
2. 
   
3. Title Card Required
   
4. 
   
5. 0 1
   
6. O                 -4.53642413    0.66225165    0.00000000
   
7. H                 -3.57642413    0.66225165    0.00000000
   
8. H                 -4.85687872    1.56718748    0.00000000
   
9. 
   
10. ************************
    
11. 1 2 1.0 3 1.0
    
12. 2
    
13. 3
    

复制代码

brothers

ccccn345 发表于 2015-11-3 12:05
老师，你好

请问，在gview中，我使用opt+freq来优化激发态分子，尝试多次总是报错，但是只用opt优化激发 ...

印象中你这个问题是Gaussian09.D01的bug。同时，即使不是bug也建议opt和freq不要放在一起做。
connectivity那个参数如楼上所述。又及，看了你发的帖子，也是用GView来做输入文件，这里也是。这样得不到锻炼，而且GView有很多参数也用不了。建议试着自己来写gjf文件~·

vigaryang

请教sob老师: 我优化一个分子的构型并计算频率，log文件显示正常结束，但是用gaussview打开这个log文件时却提示"failure reading molecular specifications"，请问是什么原因？百度没找到答案，谢谢！

sobereva

vigaryang 发表于 2015-11-3 16:47
请教sob老师: 我优化一个分子的构型并计算频率，log文件显示正常结束，但是用gaussview打开这个log文件时却 ...

百度是无价值的，要搜用google。

没有你的输出文件没法判断，如果压缩之后小于2MB可以传上来我看看。

vigaryang

sobereva 发表于 2015-11-3 16:58
百度是无价值的，要搜用google。

没有你的输出文件没法判断，如果压缩之后小于2MB可以传上来我看看。

已经解决了，重新安装GaussView就可以打开了。估计是我之前为了解决打开GaussView时老出现弹窗的问题，修改了安装目录下几个文件所导致的。谢谢！

不过有另外一个问题需要向您请教。请问“The value of the electrostatic potential at the donor H nuclear position (excluding the H's own infinite nuclear contribution)" 这个参数可以通过何种方式计算得到？multiwfn可以吗？有文献说该参数可以较好地反映酸性，因此我想试着算算。

sobereva

vigaryang 发表于 2015-11-3 20:51
已经解决了，重新安装GaussView就可以打开了。估计是我之前为了解决打开GaussView时老出现弹窗的问题，修 ...

可以，看手册4.1.2节的例子，就用到了这个量

ccccn345

liyuanhe211 发表于 2015-11-3 12:35
报错报的是什么错（别告诉我2070），去输出文件最后找，然后去网上搜，再不行再问。geom=connectivity是 ...

谢谢

ccccn345

brothers 发表于 2015-11-3 14:40
印象中你这个问题是Gaussian09.D01的bug。同时，即使不是bug也建议opt和freq不要放在一起做。
connectiv ...

谢谢，但是不太会自己写inputfile，请问除了手册有专门的教材讲解怎么写gif/com文件吗？

brothers

ccccn345 发表于 2015-11-4 13:37
谢谢，但是不太会自己写inputfile，请问除了手册有专门的教材讲解怎么写gif/com文件吗？

多看gaussian的帮助文档；
多看sob帖子里的输入文件；
多参考其他高手的输入文件；
你可以把gv生成的输入文件一点点修改，逐步简化或者复杂化，观察每个参数或变量会带来什么后果；
多多多多调试；
计算出错的话，不如试着把输入文件里的过多参数都删掉，先保证最简单的设定能够算通；然后逐步往里面增加参数，看看到底是哪里引起的错误。

ccccn345

brothers 发表于 2015-11-4 13:58
多看gaussian的帮助文档；
多看sob帖子里的输入文件；
多参考其他高手的输入文件；

谢谢

vigaryang

请教sob老师，有没有什么图形化的方式来描述分子内某一个化学键的极化情况？我想研究吸电子取代基对某个化学键的影响，键长和电荷虽然能有所反映，但感觉过于表象，想从波函数图形的角度对化学键极化情况的变化进行更深入的展现，不知道是否可行。谢谢！

14xlliu

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小书童

计算单独一个金属原子的焓值，计算了单点能Eele，然后OPT+Freq计算，焓值修正加Eele得到了H焓值。计算中发现没有ZPE这一项，这是为什么呢？单个原子就没有ZPE零点能修正了吗？

sobereva

vigaryang 发表于 2015-11-5 21:13
请教sob老师，有没有什么图形化的方式来描述分子内某一个化学键的极化情况？我想研究吸电子取代基对某个化 ...

你可以对取代前后的状态对那个键的区域作密度差图，看看往哪边极化了。当然，用的结构必须相同否则无法作密度差图，即姑且假定不同取代基时那个键涉及的原子的坐标是一样的。