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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-3-20 20:07:28 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,量化目前对于溶剂环境体系下存在缺陷:对分子在溶液环境下考虑不够充分,比如溶质分子界面水考虑不够充分,导致在考虑弱相互作用时是否不够准确?如果有准确的方法,又是什么呢?

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发表于 Post on 2017-3-20 22:06:20 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,我最近在服务器上优化钯配合物的结构,但是任务总是莫名终止。不完整的log文件最后显示如下:
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  46.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  46.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  46.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  46.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  46.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  46.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  46.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  46.
请问这是什么原因?我怀疑是服务器的问题。因为同样的结构我在另一个服务器上是优化成功过的,这次只是没有加上溶剂化条件,就出现了这样的问题。希望不吝赐教!

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发表于 Post on 2017-3-21 00:31:33 | 只看该作者 Only view this author
harrypotty18 发表于 2017-3-20 20:07
Sob老师,量化目前对于溶剂环境体系下存在缺陷:对分子在溶液环境下考虑不够充分,比如溶质分子界面水考虑 ...

如果你想表现溶剂与溶质之间的相互作用,可以考虑溶质周围的几个显性溶剂分子,更远处使用溶剂化模型,这种部分显性+隐性的模型称为杂化溶剂模型

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-21 00:41:55 | 只看该作者 Only view this author
DENGZH 发表于 2017-3-20 22:06
请问Sob老师,我最近在服务器上优化钯配合物的结构,但是任务总是莫名终止。不完整的log文件最后显示如下: ...

不好说。换个g09修订版再试试
程序bug,软-硬件兼容性,与系统的兼容性,机子稳定性,都可能造成无故中断
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-21 00:43:58 | 只看该作者 Only view this author
harrypotty18 发表于 2017-3-20 20:07
Sob老师,量化目前对于溶剂环境体系下存在缺陷:对分子在溶液环境下考虑不够充分,比如溶质分子界面水考虑 ...

并不能简单说存在缺陷或考虑不充分,得看具体研究什么问题。量化上用隐式溶剂模型或显式溶剂模型,或者二者结合使用(杂化溶剂模型)来表现溶剂环境,不同方式有不同的优缺点。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-21 00:50:17 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-20 17:59
老师,我还有一个问题,请问一下,什么时候适合做柔性扫描,什么时候适合做刚性扫描呢?二者本质上有什么区 ...

柔性扫描的曲线更符合实际情况,诸如要用于拟合力场参数、考察某个变量变化时实际能量变化。每一步都会优化其它变量。
刚性扫描只是计算被扫描的点的单点能,计算耗时比柔性扫描低一个数量级,一般很少用,用的时候大多只是用来获得势能面的子空间。
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发表于 Post on 2017-3-21 09:55:07 | 只看该作者 Only view this author
gaussian计算时怎么按照原子个数,计算机组等条件分配cpu核数和内存大小?还有,cpu的核数应该指的是逻辑核数是吧?我提交完任务,top查看时每个核都是满负荷运转啊。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-21 14:27:27 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-3-21 09:55
gaussian计算时怎么按照原子个数,计算机组等条件分配cpu核数和内存大小?还有,cpu的核数应该指的是逻辑核 ...

没法自动来分配。你写多少就用多少
nproc设的是线程数,这和CPU的核数是两码事,最多不要超过逻辑核数,建议不超过物理核数
在高斯目录下的Default.Rou里面可以设默认用多少线程并行
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发表于 Post on 2017-3-22 09:39:56 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2017-3-17 14:05
(1)首先应该指明是什么软件的out文件(不过看你的描述,应该是Gaussian的out或log文件);(2)调节坐标 ...

(1)是高斯软件的opt的out文件;(2)为了以后好分析所以想调整坐标轴;

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发表于 Post on 2017-3-22 17:36:59 | 只看该作者 Only view this author

过渡态寻找总是L9999错误,但是圈数明显够了

优化好了Pu-OH配合物,想探究OH自由基对配合物的影响,猜测可能会夺取Pu-OH中的H,形成水和Pu-O自由基,于是我在找过渡态的过程中,拉大Pu-OH中的O与H之间的键长,让H靠近OH自由基的O,在优化过渡态的过程中,跑了2圈就停了,是L9999的错误,于是我读取坐标,加大圈数,不一会还是报9999的错误,像这样明显不是优化的圈数的问题,是我建的这个模型的结构不合理吗?试了好多都不行

ts.log

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ts-.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-22 19:23:58 | 只看该作者 Only view this author
jiangxia0909 发表于 2017-3-22 17:36
优化好了Pu-OH配合物,想探究OH自由基对配合物的影响,猜测可能会夺取Pu-OH中的H,形成水和Pu-O自由基,于 ...

opt里写上noeigen,这是通常用TS方法找过渡态必写的
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发表于 Post on 2017-3-22 21:42:55 | 只看该作者 Only view this author
麻烦问下老师,计算出HOMO和LUMO后能得到什么信息呢?一般都用作哪些分析?可以根据轨道形状得到什么信息呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-22 21:55:15 | 只看该作者 Only view this author
harrypotty18 发表于 2017-3-22 21:42
麻烦问下老师,计算出HOMO和LUMO后能得到什么信息呢?一般都用作哪些分析?可以根据轨道形状得到什么信息呢 ...

问题太大。先明确你要研究什么,再考虑分析HOMO、LUMO是否有意义
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发表于 Post on 2017-3-22 22:37:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-22 19:23
opt里写上noeigen,这是通常用TS方法找过渡态必写的

好的,我加上试试,谢谢SOB老师

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发表于 Post on 2017-3-23 07:48:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-22 21:55
问题太大。先明确你要研究什么,再考虑分析HOMO、LUMO是否有意义

可以从两个个分子的HOMO和LUMO轨道,可以从形状判断出范德华相互作用的强弱么

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