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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-3-27 13:45:39 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师,我在用muliwfn做AIM分析后,导出的Cps.txt 文件后,请问该文件中每一列对应的是什么参数?

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发表于 Post on 2017-3-27 13:51:11 | 只看该作者 Only view this author
darknesseye 发表于 2017-3-27 13:45
sob 老师,我在用muliwfn做AIM分析后,导出的Cps.txt 文件后,请问该文件中每一列对应的是什么参数?

另外,sob老师,我导出的paths.pdb文件导入到VMD后提示我下面错误,请问该怎么解决?

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发表于 Post on 2017-3-27 17:44:41 | 只看该作者 Only view this author

同一个结构,在B3lyp方法下没有虚频,但是在PBE0下有虚频,这是怎么回事?

同一个结构,在B3lyp方法下没有虚频,但是在PBE0下有虚频,这是怎么回事?可以把这个结构当成稳定结构吗?

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发表于 Post on 2017-3-27 18:12:12 | 只看该作者 Only view this author
频率和优化必须在同一水平进行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-27 18:20:40 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2017-3-26 17:30
sob老师,我在6-311++G**下,分别使用B3LYP和M026X计算CHNO体系的弱相互作用能,前者结果为-7.83kcal/mol, ...

正常,说明前者精度烂
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-27 18:21:02 | 只看该作者 Only view this author
darknesseye 发表于 2017-3-27 13:45
sob 老师,我在用muliwfn做AIM分析后,导出的Cps.txt 文件后,请问该文件中每一列对应的是什么参数?

仔细看屏幕上的提示,都写着
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-27 18:21:37 | 只看该作者 Only view this author
DUNING 发表于 2017-3-27 17:44
同一个结构,在B3lyp方法下没有虚频,但是在PBE0下有虚频,这是怎么回事?可以把这个结构当成稳定结构吗?
...

跟理论方法没直接关系
确保优化和频率分析在相同级别进行,若还有虚频看此文
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-27 18:22:18 | 只看该作者 Only view this author
darknesseye 发表于 2017-3-27 13:51
另外,sob老师,我导出的paths.pdb文件导入到VMD后提示我下面错误,请问该怎么解决?

如果你打开paths.pdb看到里面内容为空,或许你还没有生成键径。现在multiwfn里观看,确保键径已经产生了
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发表于 Post on 2017-3-27 19:51:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-27 18:21
跟理论方法没直接关系
确保优化和频率分析在相同级别进行,若还有虚频看此文
Gaussian中几何优化收敛后 ...

谢谢老师,我的结构优化和频率计算都是在B3LYP、6-311+G*方法下进行的,只是后来我发现有文献报道过用PBE0优化并计算频率时有虚频,我也进行了验证,的确是这样,但是我后面对这个结构的性质分析都是基于B3LYP进行的,不知道我后面的分析还是可行的吗?

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发表于 Post on 2017-3-27 21:50:23 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,如果优化的激发态结构正常结束,输出文件中六个态的振子强度都为0,能说明这个分子不发荧光吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-27 23:10:24 | 只看该作者 Only view this author
DUNING 发表于 2017-3-27 19:51
谢谢老师,我的结构优化和频率计算都是在B3LYP、6-311+G*方法下进行的,只是后来我发现有文献报道过用PBE ...

不用管那个文献,你当前的级别没问题。

文献里发现有虚频,那也是因为他没充分优化所致。
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旺旺雪饼 发表于 2017-3-27 21:50
sob老师,如果优化的激发态结构正常结束,输出文件中六个态的振子强度都为0,能说明这个分子不发荧光吗?


光从当前数据上可以这么说
但实际也可能检测到很弱的荧光,由于振动耦合等效应所致
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发表于 Post on 2017-3-28 08:46:12 | 只看该作者 Only view this author
老师好。我用B3LYP/6-31G*优化一个配合物结构,用M06结合高水平基组算单点能,发现单线态的电子能量始终比三线态稍低(不超过3kcal/mol),但考虑吉布斯热校正量后三线态能量总是较低(6kcal/mol左右)。此时应当如何判断体系的自旋态?ps根据化学意义,体系是单线态的可能性较大。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-28 10:04:06 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2017-3-28 08:46
老师好。我用B3LYP/6-31G*优化一个配合物结构,用M06结合高水平基组算单点能,发现单线态的电子能量始终比 ...


建议用B3LYP*也试试,这一般认为考察不同自旋多重度能量差比较理想,而且优化和算单点时候泛函统一起来。
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发表于 Post on 2017-3-28 11:54:33 | 只看该作者 Only view this author

三重态结构优化出问题

请问,在优化三重态结构时,输入如下命令行#P B3LYP/6-311+G(d,p) opt 5d 7f freq=noraman nosymm TD=(triplets,nstates=20)

优化结构可以正常结束,从GView中看谱图不出峰,但实验上是可以出峰的。
对应输出文件Excited State处会出现Triplet-?Sym,见附件
命令行中加nosymm是为了消虚频,曾试过不加nosymm也是同样正常结束但不出峰
也尝试了PBE0方法,结果一样不出峰。
想请教各位大神,是否还有别的方法可试,或指明我的问题所在,谢谢!

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