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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-12 15:22:20 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-12 15:15
很诡异的是,之前我用同一台机器算出来,有很多帧,只是算法和基组不同
那请教老师应该怎么修改我的输入 ...

去掉初值,否则只会被当成普通优化任务
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发表于 Post on 2017-3-12 18:01:23 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想通过计算相互作用能判断一个周期性晶体中水分子组成的两种不同笼形结构的稳定程度,相关文献中提到先对这两种笼形结构进行几何优化。想请教下老师是应该对这个周期性晶体结构整体进行几何优化后再单独分析笼形结构相互作用能,还是应该这两种笼形结构提取出来单独进行几何优化

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-12 20:00:23 | 只看该作者 Only view this author
qw7706885er 发表于 2017-3-12 18:01
sob老师,我想通过计算相互作用能判断一个周期性晶体中水分子组成的两种不同笼形结构的稳定程度,相关文献 ...

如果你是指要计算两种笼当中所有水之间的相互作用能来判断稳定性,那还是看研究晶体环境还是真空环境了。考察晶体环境就先优化周期性晶体结构然后再提出来笼结构计算,计算真空环境就直接优化两种笼
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发表于 Post on 2017-3-12 22:22:50 | 只看该作者 Only view this author

电荷密度

请问要显示分子中各原子的电子的电荷密度,应该用什么软件观看?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-12 22:30:55 | 只看该作者 Only view this author
落花飘雨679 发表于 2017-3-12 22:22
请问要显示分子中各原子的电子的电荷密度,应该用什么软件观看?


你这问题没法确切回答,因为问得不清楚

要么说原子的净电荷(计算原子电荷),但这没法作图
要么把电子密度绘制成图像(曲线图、平面图、等值面图),但这没法讨论各个原子的

反正用Multiwfn都能实现
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发表于 Post on 2017-3-13 09:39:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-12 20:00
如果你是指要计算两种笼当中所有水之间的相互作用能来判断稳定性,那还是看研究晶体环境还是真空环境了。 ...

老师,我试着用MS的Dmol3模块对周期性晶体结构进行优化,选择了PBE泛函和DNP基组,结果发现优化还没开始就显示失败,想请教下老师这是什么情况

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hydrate_CO2.outmol

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发表于 Post on 2017-3-13 10:01:30 | 只看该作者 Only view this author
老师,含过度金属的有机分子的多重度是不是主要看金属原子的多重度?如果是自由基+过度金属的情况是不是都需要考虑二者的单电子数目?

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发表于 Post on 2017-3-13 10:24:20 | 只看该作者 Only view this author

oniom输入文件电荷和自旋多重度设定

请教大家,在oniom的输入文件中,如果分两层,想问一下这三组电荷和自旋多重度是如何生成的呢?谢谢大家了

360反馈意见截图16460531134458.png (796 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6)

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发表于 Post on 2017-3-13 11:43:33 | 只看该作者 Only view this author
https://www.x-mol.com/groups/fan_jianzhong

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发表于 Post on 2017-3-13 12:12:05 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,这是文献里的图,是一种材料电催化氧气,探究了三个路径的可能性,对于图里面的Free Energy数值,我是这么理解的,材料结合氧opt优化后,计算单点能得A,然后分别优化材料和氧气,然后计算单点能为B和C,那么自由能就是A-B-C,这样对吗,不然的话应该怎么算呢,谢谢Sob老师的耐心解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-13 13:12:56 | 只看该作者 Only view this author
现在就好 发表于 2017-3-13 10:24
请教大家,在oniom的输入文件中,如果分两层,想问一下这三组电荷和自旋多重度是如何生成的呢?谢谢大家了
...


看手册ONIOM关键词里PER-LAYER CHARGE AND SPIN MULTIPLICITY部分
http://sobereva.com/g09/k_oniom.htm

根据实际情况设定
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-13 13:20:17 | 只看该作者 Only view this author
qw7706885er 发表于 2017-3-13 09:39
老师,我试着用MS的Dmol3模块对周期性晶体结构进行优化,选择了PBE泛函和DNP基组,结果发现优化还没开始 ...

看不出来,这里没有有用的信息
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-13 13:39:17 | 只看该作者 Only view this author
suifeng 发表于 2017-3-13 12:12
Sob老师您好,这是文献里的图,是一种材料电催化氧气,探究了三个路径的可能性,对于图里面的Free Energy数 ...

自由能得通过freq任务得到,看此文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

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发表于 Post on 2017-3-13 14:09:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-13 13:39
自由能得通过freq任务得到,看此文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva. ...

谢谢Sob老师的解答,如果是用E来衡量,读取的是那个能量呢

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发表于 Post on 2017-3-13 15:41:42 | 只看该作者 Only view this author
自旋多重度的设置,限制性非限制性的选择会影响过渡态结构吗?

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