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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-3-13 16:04:08 | 只看该作者 Only view this author

Not enough space in DoHrmC. 报错求助?

各位老师,同学:
   学生遇到如下问题,希望得到各位老师,同学的帮助。
Petite list used in FoFCou.
Not enough space in DoHrmC.
Error termination via Lnk1e in /Gaussian09/g09/l401.exe at Mon Mar 13 15:19:41 2017.
Job cpu time:  0 days  0 hours 30 minutes 55.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   2148 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
输入文件:
%chk=23-AQ-0.5Li.chk
%mem=142MW
# 6-31g(d) pbe1pbe
23-AQ-0.5Li
0 2
C                  5.51120000    3.06490000    3.42050000
C                  6.75540000    2.49640000    3.65080000
C                  7.11750000    2.03010000    4.91890000
C                  6.19470000    2.12110000    5.97910000
C                  4.93510000    2.69060000    5.74150000
C                  4.58750000    3.15320000    4.47460000
C                 13.11080000    1.71970000    1.74440000
C                 14.37570000    2.19810000    2.04070000
C                 14.70600000    2.62430000    3.34190000
C                 13.70250000    2.60710000    4.35490000
C                 12.42090000    2.14270000    4.03100000
C                 12.12890000    1.69230000    2.74940000
C                 13.98190000    3.11540000   21.31620000
C                  8.46860000    1.44490000    5.10740000
O                 13.12320000    3.10890000   22.22550000
O                  9.27410000    1.39390000    4.16040000
H                  5.26900000    6.94060000    2.51160000
H                  7.48910000    2.40180000    2.85540000
H                  4.27220000    2.80480000    6.60660000
H                  3.61010000    7.08760000    4.36290000
H                 12.88340000    1.37970000    0.73220000
H                 11.65190000    2.12530000    4.80290000
H                 11.12900000    1.32450000    2.53360000
等等

具体log文件:

1.log

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发表于 Post on 2017-3-13 16:45:08 | 只看该作者 Only view this author
求助:本人在linux下不论计算什么任务都会galloc:  could not allocate memory.报错,求各位老师同学解惑。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-13 16:57:24 | 只看该作者 Only view this author
如果是高斯,%mem设得太大,超过了当前机子空余物理内存
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-13 16:57:59 | 只看该作者 Only view this author
@liyuanhe211 这个问题也可加到FAQ里
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-13 17:16:42 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2017-3-13 16:04
各位老师,同学:
   学生遇到如下问题,希望得到各位老师,同学的帮助。
Petite list used in FoFCou.

500多个原子,DFT/6-31G*用这么点内存肯定跑不动
你换成D.01或E.01或许能避免这个报错,但即便不报错你的机子也肯定跑不动
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-13 17:16:59 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-3-13 15:41
自旋多重度的设置,限制性非限制性的选择会影响过渡态结构吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-13 17:17:37 | 只看该作者 Only view this author
suifeng 发表于 2017-3-13 14:09
谢谢Sob老师的解答,如果是用E来衡量,读取的是那个能量呢

E是个很含糊的符号
通常如果文献里没特意说明,就是指的电子能量

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发表于 Post on 2017-3-13 17:21:47 | 只看该作者 Only view this author
老师求问怎么算一个分子某一个原子的电子密度。是要先优化么?

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发表于 Post on 2017-3-13 17:32:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-13 16:57
如果是高斯,%mem设得太大,超过了当前机子空余物理内存

好的,谢谢sobereva老师,十分感谢

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发表于 Post on 2017-3-13 17:36:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-13 17:16
500多个原子,DFT/6-31G*用这么点内存肯定跑不动
你换成D.01或E.01或许能避免这个报错,但即便不报错你 ...

好的,sobereva 老师 我改一下内存。谢谢您

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发表于 Post on 2017-3-13 17:40:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-13 16:57
@liyuanhe211 这个问题也可加到FAQ里

已补充~~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-13 20:38:46 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-3-13 17:21
老师求问怎么算一个分子某一个原子的电子密度。是要先优化么?

“原子的电子密度”这种说法就不对
看本帖3170L,以及此文第6节
《量子化学中的一些常见不良写法和用词》(http://sobereva.com/298
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发表于 Post on 2017-3-14 13:55:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-12 15:22
去掉初值,否则只会被当成普通优化任务

sob老师,又来打扰您了
指导老师非要用CVT,
我的想法就是用opt=modredundant,得到37帧后,分别将它们进行在1000K下的freq计算,得出所需的热力学值Sum of electronic and zero-point Energies以及配分函数Q(V=0),按照广义变分过渡态理论的公式尽心计算,得到一系列k值,但是我的k值一直都是下降的,没有极小值,请老师指教是哪里出了问题了呢?

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发表于 Post on 2017-3-14 17:07:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 suifeng 于 2017-3-14 17:21 编辑
sobereva 发表于 2017-3-13 17:17
E是个很含糊的符号
通常如果文献里没特意说明,就是指的电子能量

不好意思Sob老师,电子能量是freq的那个能量?Sum of electronic and zero-point Energies=A
Sum of electronic and thermal Energies= B
Sum of electronic and thermal Enthalpies=C
Sum of electronic and thermal Free Energies=D
还是单点能?
Sob老师,我对这些能量理解不清楚,有没有推荐的文献呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-14 18:15:58 | 只看该作者 Only view this author
suifeng 发表于 2017-3-14 17:07
不好意思Sob老师,电子能量是freq的那个能量?Sum of electronic and zero-point Energies=A
Sum of el ...

单点能

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