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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-3-23 09:21:48 | 只看该作者 Only view this author

寻找过渡态报错不收敛

本帖最后由 jiangxia0909 于 2017-3-23 09:23 编辑
sobereva 发表于 2017-3-22 19:23
opt里写上noeigen,这是通常用TS方法找过渡态必写的

sob老师,寻找过渡态报错不收敛,是不是也跟普通的几何优化SCF收敛一样加其他关键词呢?

ts-.log

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不收敛报错

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-23 15:21:54 | 只看该作者 Only view this author
jiangxia0909 发表于 2017-3-23 09:21
sob老师,寻找过渡态报错不收敛,是不是也跟普通的几何优化SCF收敛一样加其他关键词呢?

就是用常规的SCF不收敛解决方法用的关键词来解决

如果你用的小核赝势,改成大核赝势往往收敛更容易
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发表于 Post on 2017-3-24 19:03:41 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,在高斯freq输出文件的
Sum of electronic and zero-point Energies(E0)
Sum of electronic and thermal Energies(E)
Sum of electronic and thermal Enthalpies(H)
Sum of electronic and thermal Free Energies(G)
这四项是不是后面三项经过零点能校正?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-24 19:35:03 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-24 19:03
请教老师,在高斯freq输出文件的
Sum of electronic and zero-point Energies(E0)
Sum of electronic a ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-3-24 20:13:17 | 只看该作者 Only view this author

那算速率常数的时候,用自由能垒,配分函数用Q(bottom)的原因就是:因为进行了零点能校正,去除了这部分能量,就应该用势阱的最低点的配分函数?
(本不想再问这个问题的,只是最近又和实验老师争执起来了,还请老师解答一下,谢谢老师)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-24 22:02:44 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-24 20:13
那算速率常数的时候,用自由能垒,配分函数用Q(bottom)的原因就是:因为进行了零点能校正,去除了这部分 ...

TST有两种形式:热力学形式和配分函数形式
用热力学形式的时候把自由能垒代进去就完了,没配分函数的事
用配分函数形式的时候,用delta_U(0)还是delta_E代进去,取决于配分函数用哪种。用delta_U(0)的时候配分函数用Q_v=0,用delta_E时候配分函数用Q_bot
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发表于 Post on 2017-3-25 10:15:24 | 只看该作者 Only view this author

优化杂三蝶烯,用m06/6-31g(d),出错信息l301

我想优化一下杂三蝶烯(分子内带Pt元素),尝试了用M06/6-31g(d)    B3lyp/6-31g(d),出错信息都是l301,基组问题?第一优化带金属元素的分子,不知道从哪方面下手
输入文件
%rwf=a1,40gb,a2,20gb
%nosave
%chk=test.chk
%mem=500MB
%nprocshared=12
# M06/6-31g(d) opt freq

Test

0 1
Pt                -2.40140000  -15.91120000   -5.79220000
Cl                -1.80980000  -15.53200000   -3.57970000
Cl                -2.87550000  -18.12960000   -5.21860000
P                 -2.26100000  -13.70810000   -6.05940000
P                 -2.63760000  -16.54180000   -7.91410000
O                 -4.97420000  -10.20380000  -10.03190000
O                 -0.73090000  -21.62350000  -10.34350000
N                 -1.85480000  -10.93010000   -6.33420000
N                 -3.16930000  -17.47830000  -10.52250000
C                 -3.07030000  -12.78030000   -7.40400000
C                 -4.01000000  -13.23110000   -8.31690000
H                 -4.24000000  -14.13070000   -8.33700000
C                 -4.61080000  -12.34780000   -9.20170000
H                 -5.22470000  -12.66200000   -9.82560000
C                 -4.29810000  -10.99740000   -9.15350000
C                 -3.35190000  -10.52410000   -8.23400000
H                 -3.13090000   -9.62240000   -8.20420000
C                 -2.75350000  -11.42370000   -7.37470000
C                 -0.59260000  -13.02100000   -6.18870000
C                  0.59100000  -13.74720000   -6.12500000
H                  0.57540000  -14.67130000   -6.00800000
C                  1.79340000  -13.06790000   -6.23630000
H                  2.59800000  -13.53300000   -6.18460000
C                  1.79260000  -11.69100000   -6.42670000
H                  2.60620000  -11.24620000   -6.49850000
C                  0.61390000  -10.96070000   -6.51160000
H                  0.62940000  -10.04270000   -6.66340000
C                 -0.57710000  -11.63590000   -6.35910000
C                 -2.84440000  -12.55390000   -4.74120000
C                 -3.55320000  -12.84960000   -3.58370000
H                 -3.79060000  -13.72480000   -3.38050000
C                 -3.89780000  -11.79700000   -2.73610000
H                 -4.36280000  -11.97860000   -1.95170000
C                 -3.56390000  -10.48940000   -3.03980000
H                 -3.80530000   -9.80400000   -2.45780000
C                 -2.87790000  -10.19980000   -4.18910000
H                 -2.64960000   -9.32050000   -4.39420000
C                 -2.53090000  -11.22990000   -5.04140000
C                 -4.69510000   -8.79220000  -10.01680000
H                 -5.24100000   -8.35160000  -10.67000000
H                 -4.88830000   -8.43930000   -9.14490000
H                 -3.76850000   -8.64730000  -10.22240000
C                 -1.95710000  -18.13310000   -8.47420000
C                 -1.12060000  -19.00620000   -7.79960000
H                 -0.85210000  -18.80630000   -6.93170000
C                 -0.67690000  -20.18120000   -8.40870000
H                 -0.11380000  -20.76260000   -7.94920000
C                 -1.07960000  -20.48110000   -9.69890000
C                 -1.89980000  -19.59980000  -10.40690000
H                 -2.15930000  -19.79570000  -11.27760000
C                 -2.32050000  -18.43090000   -9.79670000
C                 -2.01440000  -15.61580000   -9.35580000
C                 -1.17540000  -14.52440000   -9.38490000
H                 -0.88480000  -14.14300000   -8.58790000
C                 -0.76290000  -13.99000000  -10.59840000
H                 -0.18740000  -13.25760000  -10.61790000
C                 -1.21470000  -14.55300000  -11.77910000
H                 -0.96590000  -14.17560000  -12.59370000
C                 -2.03240000  -15.67290000  -11.76980000
H                 -2.31810000  -16.05640000  -12.56710000
C                 -2.41380000  -16.20940000  -10.56730000
C                 -4.33980000  -16.80920000   -8.47790000
C                 -5.46780000  -16.62360000   -7.71800000
H                 -5.40720000  -16.31760000   -6.84120000
C                 -6.70950000  -16.90100000   -8.29420000
H                 -7.48870000  -16.75210000   -7.81090000
C                 -6.78400000  -17.40080000   -9.58350000
H                 -7.61310000  -17.61500000   -9.94510000
C                 -5.63640000  -17.58230000  -10.33980000
H                 -5.69200000  -17.89850000  -11.21220000
C                 -4.41680000  -17.28650000   -9.78100000
C                  0.01060000  -22.60060000   -9.60690000
H                  0.12850000  -23.38600000  -10.14730000
H                  0.87010000  -22.24160000   -9.37230000
H                 -0.46820000  -22.83110000   -8.80780000


输出文件
Rotational constants (GHZ):      0.0817250      0.0474806      0.0408748
Standard basis: 6-31G(d) (6D, 7F)
Atomic number out of range for 6-31G basis set.
Error termination via Lnk1e in /data2/G09/g09/l301.exe at Fri Mar 24 20:58:27 2017.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  4.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     32 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      2


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发表于 Post on 2017-3-25 10:57:26 | 只看该作者 Only view this author
Pt不能用6-31G(d)这个基组,要用赝势,你可以在手册里面找到相关的用法

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发表于 Post on 2017-3-25 14:14:09 | 只看该作者 Only view this author
问:由偶极矩x、y、z方向分量μ(x)、μ(y)、μ(z)求总μ公式。

谢谢!

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发表于 Post on 2017-3-25 15:28:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lyqiang 于 2017-3-25 19:22 编辑
fhh2626 发表于 2017-3-25 10:57
Pt不能用6-31G(d)这个基组,要用赝势,你可以在手册里面找到相关的用法

%rwf=a1,40gb,a2,20gb
%nosave
%chk=test.chk
%mem=500MB
%nprocshared=12
#p m06/gen

Test

0 1
坐标
C H O N Cl 0
6-31g(d)
****
Pt 0
LanL2MB
****

Pt 0
LanL2MB



输出信息
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RM06) =  -4175.66591804     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.7112D-03             -V/T =  2.4811
KE= 2.819298158864D+03 PE=-2.873155545092D+04 EE= 1.155381597896D+04
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /data2/G09/g09/l502.exe at Sat Mar 25 18:12:13 2017.
Job cpu time:  0 days  8 hours 48 minutes  5.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    298 Int=      0 D2E=      0 Chk=      9 Scr=      2


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发表于 Post on 2017-3-25 20:40:03 | 只看该作者 Only view this author
lyqiang 发表于 2017-3-25 15:28
%rwf=a1,40gb,a2,20gb
%nosave
%chk=test.chk

看 Gaussian FAQ 中的解释 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-25 23:49:43 | 只看该作者 Only view this author
lyqiang 发表于 2017-3-25 15:28
%rwf=a1,40gb,a2,20gb
%nosave
%chk=test.chk

甭用lanl2MB,质量太烂
最最最起码也得lanl2DZ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-25 23:58:03 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2017-3-25 14:14
问:由偶极矩x、y、z方向分量μ(x)、μ(y)、μ(z)求总μ公式。

谢谢!

就是求矢量的模的公式
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发表于 Post on 2017-3-26 17:30:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在6-311++G**下,分别使用B3LYP和M026X计算CHNO体系的弱相互作用能,前者结果为-7.83kcal/mol,而后者为-14.79kcal/mol,差距这么大合理么?

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发表于 Post on 2017-3-27 13:06:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-25 23:58
就是求矢量的模的公式

谢谢!

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