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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2015-11-18 01:25:21 | 只看该作者 Only view this author
搜。。一。。下。。会。。死。。吗。。
只要0.5秒哦亲



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发表于 Post on 2015-11-18 01:50:15 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2015-11-17 14:44
老师,一个概念问题理解的不是很清楚:在高斯计算中,第一性原理和量子化学的具体算法区别体现是什么?

...

这个量化计算 (quantum mechanics)应该是相对于classical mechanics 而言的,比如说经典力场下的分子模拟计算就是完全基于牛顿力学的。所以ab-initio 和dft应该都属于量化范畴。hf,MP2都是 ab-initio方法,MP2是HF方法的二阶Møller–Plesset 微扰近似。DFT(密度泛函理论)是另一种量化方法,b3lyp是DFT中的一个泛函。由于这些泛函构造中用了一些经验参数,所以仍然是半经验方法。量化计算当然还有许多其他的方法,远不止DFT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-18 02:23:00 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2015-11-17 14:44
老师,一个概念问题理解的不是很清楚:在高斯计算中,第一性原理和量子化学的具体算法区别体现是什么?

...

没必要分得那么清楚。一方面是语义本身,一方面是习惯上的称谓。

通常说的量子化学是通过量子力学方法研究孤立体系(分子、团簇),而第一性原理是搞物理的人爱用的词,一般是通过量子力学方法研究周期性体系,特别是材料,搞化学的则倾向于称为固体量子化学。

量子化学里面,HF、后HF、多参考方法、量子蒙特卡罗、密度矩阵重整化群等等都算ab initio,半经验方法不算ab initio,这是毫无疑问的。DFT怎么分不同人看法不同,也没必要纠结这个,泛函很多,有的带经验参数(特别是明尼苏达系列拟合参数都拟合疯了,但绝对不能因此把这和PM3、AM1那些半经验方法方法混淆),有的不带经验参数比如PBE。如今更清晰的划分是分为波函数方法和DFT,这就没有含糊性了。

量子化学和第一性原理计算都用到DFT。量化领域可以说如今>75%都是基于DFT做的,而第一性原理计算>95%都是基于DFT的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-18 02:31:01 | 只看该作者 Only view this author
wang1345 发表于 2015-11-17 18:37
我想问一下,在优化构型和频率计算的时候,有没有什么关键词是改变内存的呢?

什么程序?什么叫改变内存?
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发表于 Post on 2015-11-18 15:27:36 | 只看该作者 Only view this author

NBO计算错误



>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -5594.52965875     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.4982D-04             -V/T =  1.9931
KE= 5.633366541416D+03 PE=-5.962506944110D+04 EE= 2.521217235123D+04
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/gfm/g09root/g09/l502.exe at Tue Nov 17 23:01:19 2015.
Job cpu time:  1 days  5 hours  0 minutes 51.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   2579 Int=      0 D2E=      0 Chk=     75 Scr=      1

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发表于 Post on 2015-11-18 15:38:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-18 15:43 编辑

这和NBO没关系
l502错误是SCF不收敛,人家写着:
Convergence failure
收    敛       不

看:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

以及说明你问之前完全没去查。
不然你会看到有人让你用5/13=1(用了这个保证就没这提示了),不要用5/13=1!不要用5/13=1!不要用5/13=1!
以及不要盲目增加maxcycle

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发表于 Post on 2015-11-19 09:28:59 | 只看该作者 Only view this author

求一个研究 A+B 反应机理的计算过程 本人小白 求助

几何优化,振动分析,单点能,IRC  找过渡态、中间体  之类的过程。   图示或者文字说明一下就行   谢谢!!!

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发表于 Post on 2015-11-19 10:00:15 | 只看该作者 Only view this author
高斯说明书大把例子

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非柳暗花明 + 2 谢谢

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真诚相待,淡淡相处,方天久地长^^

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-19 11:40:29 | 只看该作者 Only view this author
非柳暗花明 发表于 2015-11-19 09:28
几何优化,振动分析,单点能,IRC  找过渡态、中间体  之类的过程。   图示或者文字说明一下就行   谢谢! ...


google学术搜索Gaussian 09 transition state、Gaussian 09 IRC,一搜一大把。

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xxu若白 + 4 我很赞同
非柳暗花明 + 3 谢谢

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发表于 Post on 2015-11-19 13:19:26 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2015-11-18 01:50
这个量化计算 (quantum mechanics)应该是相对于classical mechanics 而言的,比如说经典力场下的分子模拟 ...

谢谢!

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发表于 Post on 2015-11-19 13:19:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-18 02:23
没必要分得那么清楚。一方面是语义本身,一方面是习惯上的称谓。

通常说的量子化学是通过量子力学方法 ...

谢谢!

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发表于 Post on 2015-11-19 22:23:00 | 只看该作者 Only view this author
求教sob老师:
某论文在做结构优化时,采用的是如下方法: “We used Vanderbilt-type ultrasoft pseudopotentials and generalized gradient approximation (GGA) with Perdew-Burke-Ernzerhof (PBE) exchange correlation.”
请问上述方法在Gaussian里该怎么设置呢?PBE似乎是和B3LYP对应的词语,那么该论文所采用的基组是啥呢?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-19 23:45:50 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-11-19 22:23
求教sob老师:
某论文在做结构优化时,采用的是如下方法: “We used Vanderbilt-type ultrasoft pseudopo ...

这是第一性原理计算文章,超软赝势是第一性原理程序里支持的,没法用高斯来精确重现
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发表于 Post on 2015-11-20 11:04:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-19 23:45
这是第一性原理计算文章,超软赝势是第一性原理程序里支持的,没法用高斯来精确重现

Sob老师,我问过原作者,他是这么说的:“Based on the cif files that I sent to you, you can perform a
single-point periodic boundary condition calculation in Gaussian, using similar functionals, k-point samplings, and cutoffs as what we described in the summary. ”
如您所说,Gaussian无法精确重现超软赝势,但有没有比较接近的理论和基组搭配呢?然后,他提到的"k-point sampling"和“cutoff”是周期性计算才需要设置的吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-20 11:26:27 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-11-20 11:04
Sob老师,我问过原作者,他是这么说的:“Based on the cif files that I sent to you, you can perform  ...


理论方法是理论方法,原文用什么泛函就用什么泛函。
不知道你算的什么体系,过渡金属图便宜就用lanl2DZ,这跟分子体系计算一样
cutoff是截断能,高斯用的是高斯函数基组,根本没这个概念。
高斯PBC计算的k点是自动设的,公开的版本没法人为指定其分布。
作者说得有一定问题。
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