计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

376#
发表于 Post on 2015-11-14 09:29:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-13 20:08
溶液中反应就用隐式溶剂模型

离子的反应稍微差点,因为隐式溶剂模型对离子描述没中性那么理想,但也能 ...

老师您说的有点差是计算速度慢,还是说计算的种类少?这个差指的是什么,计算速度慢可以接受的。

125

帖子

1

威望

1047

eV
积分
1192

Level 4 (黑子)

377#
发表于 Post on 2015-11-14 10:23:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-14 00:35
溶剂不溶解是什么意思?
除非算不动否则别用3。
2仅在隐式溶剂模型表现不了溶剂效应时候再用,计算量大 ...

化合物在溶剂中不溶解,所以在反应体系中溶剂应该不会起到溶剂化的作用。但是事实上,如果没有这个溶剂或者换成容易溶解的溶解,反应速率就会很慢了。

所以,我在想溶剂化模型是不是不适用这样的体系。

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17098

Level 6 (一方通行)

378#
发表于 Post on 2015-11-14 11:14:03 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2015-11-14 09:29
老师您说的有点差是计算速度慢,还是说计算的种类少?这个差指的是什么,计算速度慢可以接受的。

计算种类少是什么鬼
离子反应和溶剂作用强,本来隐式溶剂模型就不准,弱相互作用时相互作用数值小,误差小。离子反应数值大,作用形势和电场的作用模式差得远,误差大。
离子反应用显示模型+隐式模型,不过算起来又麻烦又慢

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
sobereva + 2

查看全部评分 View all ratings

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

379#
发表于 Post on 2015-11-14 12:06:06 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-11-14 11:14
计算种类少是什么鬼
离子反应和溶剂作用强,本来隐式溶剂模型就不准,弱相互作用时相互作用数值小,误差 ...

谢谢老师指教,我不太懂,问的不专业。总之就是可以用高斯算吧?

8

帖子

0

威望

39

eV
积分
47

Level 2 能力者

380#
发表于 Post on 2015-11-14 14:57:46 | 只看该作者 Only view this author
您好,我计算钌多吡啶配合物与DNA的结合,计算TD-DFT完成了,想用得到的chk继续算NTO,但是会提示This type of calculation cannot be archived.,不过最后还是正常结束了,纠结好久了,万分感谢
这个是计算NTO的gjf文件
%chk=copy4.chk
%nprocshared=4
%mem=2000MB
# B3LYP/chkbas Genchk pop=(NTO,saveNTO) Density=(check,Transition=1) Geom=allCheck Guess=(Read,only)

****

2 1

下面的是NTo的log文件最后部分
  1142         V              35.501919         88.958446
  1143         V              35.504512         88.953723
  1144         V              35.553527         89.010380
  1145         V              35.560064         89.013777
  1146         V              45.299437         10.285673
Total kinetic energy from orbitals= 2.227050745919D+03

This type of calculation cannot be archived.


ERWIN WITH HIS PSI CAN DO
CALCULATIONS QUITE A FEW.
BUT ONE THING HAS NOT BEEN SEEN
JUST WHAT DOES PSI REALLY MEAN.
-- WALTER HUCKEL, TRANS. BY FELIX BLOCH
Job cpu time:  0 days  0 hours  1 minutes  3.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    193 Int=      0 D2E=      0 Chk=    885 Scr=      2
Normal termination of Gaussian 09 at Fri Nov 13 10:41:02 2015.

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

381#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-14 17:52:38 | 只看该作者 Only view this author
suifeng 发表于 2015-11-14 14:57
您好,我计算钌多吡啶配合物与DNA的结合,计算TD-DFT完成了,想用得到的chk继续算NTO,但是会提示This type ...

这不是错误提示,无视
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

382#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-14 17:55:26 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2015-11-14 12:06
谢谢老师指教,我不太懂,问的不专业。总之就是可以用高斯算吧?

原理上可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

383#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-14 17:57:39 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-11-14 10:23
化合物在溶剂中不溶解,所以在反应体系中溶剂应该不会起到溶剂化的作用。但是事实上,如果没有这个溶剂或 ...

这说明此溶剂有特殊性,不光光是作为普通的溶剂场,而是或多或少直接关系到反应本身,这时必须用显式溶剂模型。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
小书童 + 2 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

545

帖子

0

威望

5972

eV
积分
6517

Level 6 (一方通行)

384#
发表于 Post on 2015-11-14 23:37:22 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我想算一个含第四周期过渡金属Ni的体系,我可不可以不使用赝势呢?因为我想计算两个片段的结合能,一部分含过渡金属,而另一部分不含有过渡金属,用赝势会不会对准确度有影响呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

385#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-14 23:39:41 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2015-11-14 23:37
请问sob老师,我想算一个含第四周期过渡金属Ni的体系,我可不可以不使用赝势呢?因为我想计算两个片段的结 ...

可以用,没问题。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

545

帖子

0

威望

5972

eV
积分
6517

Level 6 (一方通行)

386#
发表于 Post on 2015-11-14 23:51:28 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

545

帖子

0

威望

5972

eV
积分
6517

Level 6 (一方通行)

387#
发表于 Post on 2015-11-14 23:56:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-14 23:39
可以用,没问题。

sob老师,不好意思,我还想问一下,那我可不可以不用赝势,用b3lyp/6-311+G*呢

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

388#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-15 00:26:11 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2015-11-14 23:56
sob老师,不好意思,我还想问一下,那我可不可以不用赝势,用b3lyp/6-311+G*呢

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

545

帖子

0

威望

5972

eV
积分
6517

Level 6 (一方通行)

389#
发表于 Post on 2015-11-15 08:27:34 | 只看该作者 Only view this author

8

帖子

0

威望

39

eV
积分
47

Level 2 能力者

390#
发表于 Post on 2015-11-15 13:33:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-14 17:52
这不是错误提示,无视

谢谢老师,还有个问题 Alpha  occ. eigenvalues --   -0.53972  -0.53938  -0.53698  -0.52338  -0.52070
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.51255  -0.51170  -0.50997  -0.50744  -0.50509
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.50421  -0.50143  -0.49700  -0.48581  -0.47107
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.46496  -0.45977  -0.45129  -0.44940  -0.43916
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.43661  -0.43603  -0.42178  -0.41331  -0.40278
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.39940  -0.39480  -0.39394  -0.36987
Alpha virt. eigenvalues --   -0.26709  -0.26390  -0.26044  -0.25949  -0.25748
Alpha virt. eigenvalues --   -0.25363  -0.23989  -0.21854  -0.21048  -0.19165
Alpha virt. eigenvalues --   -0.18791  -0.18709  -0.18040  -0.18007  -0.17916
Alpha virt. eigenvalues --   -0.17029  -0.15621  -0.15225  -0.14804  -0.14724
这是NTO输出文件一部分,其实是和TD-DFT的一样的,也就是没进行NTO计算,这是为什么呢,谢谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 14:46 , Processed in 0.180594 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list